第二件事是祈雨。万历十三年（1585）北京及周边地区久旱不雨，皇帝决定去天坛祈雨，为表示心诚，斋戒三天，并步行到天坛，并在大太阳虔诚地跪下，向上天做检查，表决心，决定要亲贤人远小人，一心扑在工作上，请求老天爷原谅。二十余天后，大雨倾盆，人们以为皇帝的诚心感动了上苍。
申时行走钢丝
张居正死后，接任首辅的是山西人张四维，可首相的椅子还没坐热，就丁忧回家。快丁忧期满，重返朝廷时，张四维死在家乡。二张接连离开中枢后，申时行当了八年的首辅，和他一起在内阁的还有他的苏州同乡兼同年、后来接任他做首辅的王锡爵。申是吴县人，王是太仓人，两年都是嘉靖四十一年的进士，会试时王锡爵是第一名，殿试时申时行是头名状元，王锡爵是第二名榜眼。科举名次入了一甲，官当到首辅，这恐怕是那个时代多数读书人最高的愿望，这两人都实现了，他们可算是明朝文官制度培养的精英中的精英，既有学问才气，又有治国能力。
这申时行科场、官场都一帆风顺，少年得志的他完全有牛气冲天的本钱。可恰恰相反的是，和敢为天下先不怕别人议论的楚人张居正相比，这位吴人性格柔和，善于平衡各种矛盾。这样的人只埋头办事，对皇帝、对上司没有咄咄逼人的威胁感。因此张居正当国时，“时行以文字受知张居正，藉蕴不立崖异，居正安之。（《明史·申时行传》）”在张居正推荐下，万历六年申时行入阁。
万历帝清算张居正，是申时行做首辅后的第一个考验。张居正的前车之鉴摆在那里，申时行当然得如履薄冰，小心翼翼地维护皇帝的权威，不敢自作主张。批倒批臭张居正是皇帝决定的，申时行只能执行。但申时行不是那种落井下石的小人，张居正的功勋以及张居正的知遇之恩，他并没有忘记，想尽一切办法写信给具体办案的官员，希望给张家一些人道主义的关怀，尽管效果不明显，但在年轻皇帝一定要清算张居正来立威的大环境下，申时行只能做到这一步了，他首先要保护好自己。
中国人喜欢算历史旧账，喜欢以人划线。申时行是张居正提拔的，朝廷官员普遍认为他是张的人。张居正被清算的一条罪状是钳制言路，这一下言官们扬眉吐气了，特别是那些在清算张居正这场斗争中立功的言官，更是气焰嚣张。那些曾因夺情上疏而得罪张居正的官员，恨乌及屋，觉得内阁里的申时行、许国、王锡爵以及几位尚书，都是当年张居正比较欣赏的，不应该再留在重要位置上。那位曾被廷杖的吴中行，上书弹劾申时行等人，还摆好了不怕丢乌纱帽的架势，说现在这些辅臣还把臣等张居正当年的仇人，看成了敌人。吴中行可是当年反对张居正的英雄人物，他这样一说博得了舆论的喝彩，申时行的压力可想而知。
吴中行这类不畏权势的官员，当然有值得敬重的一面，但这类人的毛病是总觉得自己真理在握，别人都是心存不良的小人。这样的君子有胆量，说话的调子也很高，可治国不能靠这样的人。万历帝不是糊涂蛋，他一方面下诏挽留吴中行这种反张英雄，来证明清算张居正的正确性；但另一方面他继续让申时行等人留在内阁，满朝大多数高级干部是张居正当首辅十余年里成长起来的，全部驱逐，就靠那些反张斗士，这政权根本没法正常运转。
少壮派的价值（1）
万历帝虽然需要申时行这些元老替自己扛活，但他不愿意辅臣们的权力太大，尽管申时行小心翼翼摆出一副听话的小媳妇模样，但万历帝还要不时敲打申时行等人，他被张居正压抑得太久了。
提拔少壮派，来压制元老派，往往是皇帝或一把手的惯用手法，万历帝也是这么干的。
万历帝最器重的少壮派御史是李植、江东之、羊可立，这三人在清算张居正、驱逐冯保的政治运动中立下了汗马功劳。这一目的达到后，万历帝还需要这些人来造元老们的反，使这些曾受张居正恩惠的大官们噤若寒蝉，对皇帝唯唯诺诺。有了万岁爷的支持，这些言官们更是鼻孔朝天，不把那些元老放在眼里。
当年张居正当权时，应天乡试的主考官高启愚出的试题照例是四书中的一句：“舜亦以命禹”，到了万历十二年（1584），御史丁此吕上疏算历史旧账，说这是暗含让皇帝禅位给张居正的险恶用心。——凡是文字狱其实都是无耻文人出的馊主意，皇帝没这么敏感。这样的牵强附会实在太不靠谱了，吏部尚书杨巍驳斥这种谬说。万历帝毕竟不是清朝的皇帝，明白这种说法实在联想太丰富了，下旨训斥：“言官论列，须审雅正，据实秉公，岂可逞臆造言，诬善乱政。”本来皇帝是让丁此吕调到京外，但他所器重江东之、李植等人跟进附和丁此吕之说，王士性更是弹劾杨巍阿媚阁臣，阻塞言路。这王士性学问是相当不错的，写过一本很有价值的人文地理书《广志绎》。几位少壮派言官结成统一战线，猛烈向元老们开火，皇帝还需要这些言官替自己冲锋陷阵。于是改变了初衷，留任了丁此吕，而让丁所弹劾的高启愚闲住——相当于保留级别却不管政事。这下，把一帮元老级高级官员惹怒了，他们认为皇帝偏袒这些造反派言官，以首辅申时行、次辅（第一副总理）许国以及吏部尚书杨巍上疏乞休，许国更是指出这帮御史是“浮薄轻进好言喜事之人”，紧接着，户部尚书、刑部尚书、工部尚书、左都御史、吏部两位侍郎、工部两位侍郎，左副都御史、大理寺卿纷纷上书，挽留申时行，斥责言官。
这些少壮派言官可不是好惹的，明太祖当初用小官监督大官的监察制度，很有威力，李植纠集一帮言官，上疏说这些大臣挽留宰辅是树党。大臣和言官分成两派，互相攻讦，朝局乱了起来。
也许文官集团内部有一定的分裂和冲突，是皇帝愿意看到的事情，皇帝并没有立刻采取措施平息这种局面。因为曾治理黄河取得罕见政绩的刑部尚书潘季驯上疏为张居正说了两句公道话，李植揣测皇帝不高兴，上疏弹劾潘季驯，潘被削职为民。万历帝为了奖赏这些敢于冲锋的言官，亲自下诏给吏部，提拔李植为太仆寺少卿（正四品），江东之为光禄寺少卿（正五品），羊可立为尚宝司少卿（从五品），在此之前，他们都只是七品御史。受到皇帝犒赏的少壮派，这下攻击弹劾那些元老的积极性更高了。以为自己以笔为刀，横扫千军，没有他们扳不倒的元老。
申时行等一帮元老们，久历宦海，经验老到，他们知道这些少壮派有皇帝的支持，气焰嚣张不可正面接招。就像《水浒传》中林冲和洪教头比武一样，不管洪教头如何张牙舞爪，气势汹汹，林冲以静制动，寻找对方的破绽。
前文曾说道，亲政后的万历帝摆出一副要有所作为的样子，万历十三年（1585）春夏之交华北大旱，皇帝步行到天坛，冒着酷暑求雨。按照董仲舒等人倡导的天人感应之说，凡有大旱等天灾，往往是上天对执政者示警，警告天子朝政出现了问题，那么不是从皇帝自身找原因，就是从臣僚身上找原因。御史中间也有看人看不惯李植等人趾高气扬的样子，江西道狱史蔡系周上疏弹劾李植，说“古者朝有权臣，狱有冤囚，则旱。”他把大旱的原因归结为李植等人的乱政，以及原刑部尚书被冤枉。而且还把李植得意洋洋给众官吹牛皮的话讲给皇帝听。李植说皇帝呼他为儿子，对他如何如何宠爱等等。在同事面前公开夸耀一把手和自己亲密关系，现在也是很犯忌的事情，皇帝知道了当然会不舒服。将旱灾和奸臣联系起来，也是瞎扯，可李植等人弹劾别的官员也是这样牵扯唯恐不及，真是可怜剃头者，人亦剃其头。另一位御史孙愈贤跟着上疏，赞同蔡系周的观点。李植等人当然要回击，羊可立上疏攻击蔡、孙两御史是张居正、冯保的余党。一时间，朝廷又是互相攻讦，唾沫遍地，申时行这些元老当然支持蔡御史等人。
少壮派的价值（2）
皇帝看完双方的奏折，很生气，说朕正为旱灾忧虑，各位怎么就如此争吵不休？便出来和稀泥，给都察院一个手札，让都察院管好御史，说“谏官务存国家大体，何得以私灭公，挑激事端，淆乱国是。”皇帝不好正式下诏谴责弹劾李植的蔡系周等人，因为御史就是干这活的，他重用的李植等人在当御史时弹劾别人比这过分得多，总不能双重标准太明显。同时在羊可里的奏疏上御批，说冯保、张居正的案子是朕独断的，早就结案了，不能借奸党攻讦。看起来是各打五十大板，但实质上是让大臣们不要继续争论下去，因为李植几人在朝臣中是少数，再争论下去会吃亏的。
少壮派一旦得志，不会见好就收。李植等人并没有看到皇帝的和稀泥是在保护他们，树欲静而风不止。几天后，京城流传一份揭帖，说大学士许国授意蔡希周、孙愈贤攻击李植等人。朝中许多人怀疑这张大字报是李植等人写的，刑科给事中刘尚志上书，影射李植等正得圣眷的少壮派，说有一些人想将万历十年前，和张居正共事的人都说成是同党，希望全部赶走才罢休。这说到了问题的实质，万历帝对所有当年在张居正手下干过的大臣都不信任，但全部赶走又没这个气魄，政权还得靠老练的文臣来维持运转。
皇帝假装让锦衣卫去侦缉写大字报的人，但这只是故意摆出来的姿态。几位不满少壮派的御史继续上疏为潘季驯鸣冤叫屈，万历将这些人罚俸，可还是遏制不住大鸣大放大辩论的势头，皇帝很恼火。
政治暴发户被皇帝抛弃了
老谋深算的首辅申时行在等待中终于看到了少壮派的破绽，立刻出手给予凌厉的一击。
皇帝给自己造陵墓，从秦始皇开始，就是帝国的一号政治工程，年年轻轻的万历帝尤为重视这事。十三年八月，接受礼部尚书徐学谟的建议，派人去昌平大峪山勘探陵墓地址，申时行也赞成徐尚书的建议。李植几位少壮派一看，机会来了。这首辅是元老派的领头人，把他赶走，换上一个和自己交情不错的，那么朝政就基本上可以操纵了。以该地有大石头，并非吉壤为由，和江东之、羊可立这三人帮联合上疏，说“此地若是吉壤就不应当有石头，有石头则应另行卜地，徐学谟以个人意见当成公议，申时行因与其是故旧亲戚（儿女亲家）而赞许徐学谟的建议，这都不是大臣谋国尽忠的行为。” ——反正，什么事都可能拿来做政治斗争的武器。
申时行知道选择大峪山做地宫是皇帝自己的主意，他知道这点对方攻不倒自己。这回上疏为自己申辩了，他说，皇帝起初巡察此地时，李植、江东之不提出异议。过了两年，突发此议论，他们借此想陷害我的意图太明显了。这下皇帝没法庇护李植了，下诏训斥说，阁臣的职能是佐理政事，怎能以风水师的要求去责备他？并重申吉壤是自己选定的，安慰申时行，李植三人被罚俸三年。——不过历史很有趣，坟墓最不吉利的就是被掘，后来万历帝葬于大峪山的定陵是十三陵中唯一被挖掘的。
事以至此，三位少壮派没有觉察出时势已发生变化，还想一不做二不休，采取强攻，把申时行拉下马。他们上疏一方面推荐通晓风水的侍郎张岳、太常寺卿何源重新勘察大峪山，另一方面极力推荐李植的老师王锡爵出任首辅。但他们低估了王锡爵的政治智慧和政治品德。此时，李植三人除了皇帝喜欢，在文官集团中几乎成为大多数人所不齿的小人，王锡爵已经是离首辅只有一步之遥的大学士，如果此时接受学生的推荐，那就等于和大多数元老为敌，必将为士林耻笑，而且皇帝最不喜欢老师和门生拉帮结派。三人推荐王锡爵等于把人家架到火上去烤，王锡爵当然没那么傻，立马上疏辞职来撇清自己，说：“大臣不能帅群臣，当去；师不能训子，当去；老成而为恶少年所推，亦当去。”直白地把自己学生名之为“恶少年”，而且对同年兼同乡的首辅申时行深表同情和理解：“今大学士申时行泊然处中，唾面不拭，以强陪诸臣之颦笑，不过为重国体，惜人才耳。”王锡爵认为李植之流把申时行为大局忍辱负重当成软弱可欺。王锡爵的高洁更显出李植等人的龌龊，一个连老师都以其为耻的官员，其个人信用可以说完全破产了，这下那些讨厌这三人的御史更是借势弹劾，皇帝看到了三位少壮派已经成为满朝官员的敌人，再庇护下去等于皇帝摆明要和众臣对立，万历帝当然不会这样傻，而且三人作为御用打手的价值已经利用完了。于是批示让三人�