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12月18日，罗森等和英、美等国的外交官想返回大使馆，遭日军拒绝。罗森写道：“因为日本人不愿让我们看到恐怖的日本军队对南京市民失去理智的报复行为。”至翌年1月25日，罗森从上海返回南京，看到的是市区商业中心完全毁坏了，市内到处有火光。罗森不仅把看到的日军破坏南京的情况写成报告寄回国内，还把美国传教士麦奇拍摄的胶片记录资料送往柏林。迟至1938年3月4日，罗森还不断将日军在南京的暴行材料发回德国，称日军是“兽类的集团”。法西斯德国的一个外交官，站在纳粹德国的立场上，认为日本法西斯军队的残暴行为“制造了一种有利于共产主义的危险气候”，对德、日法西斯的全球战略极为不利，是丧失了“理智”。但他发回柏林的报告，却真实地反映了南京大屠杀中日军的暴行和对六朝古都南京的蹂躏，成为日军暴行真实而珍贵的佐证。
第二部分不安全的安全区
南京失陷前，在南京的未撤退的各国人士、教会神职人员等，效仿上海沦陷后的做法，自愿组织了国际救济委员会，在南京市内设立一个安全区，以使南京市民有避难之处。安全区的总负责人是德商雷伯，总办事处设在国民党外交部长张群的公馆内。安全区的范围，南起汉中路，东为中山路，北为山西路及其以北一带，西为西康路。每一条出路口，都以红十字会会旗为标志。安全区内有几个难民收容所。实际上，安全委员会是一个难民救济机构。在南京沦陷前，原南京市长马超俊，选拨450名警察协助维持秩序，还拨米、面、盐等生活必需品和现金，供国际委员会救济难民使用。因此，直到沦陷前，南京难民区内秩序良好，一切井然。当时在难民区避难的男女老幼约30余万人，他们怀着在安全区内可以躲避战火的幻想，扶老携幼来到安全区内。国际救济委员会曾向中日双方交涉，要求承认安全区的中立地位，不驻扎军队，不设军事机关，不轰炸，使留在安全区内难民可以避难。中国当局完全同意并承认安全区。日本方面表示安全区内不驻扎军队，则日军“不致故意加以袭击”。可以说，日军基本上是同意安全区存在的。但日军攻城开始后，根本不受任何限制地开炮。12月11日上午，日军炮弹便打中了安全区内法籍人开的福昌饭店，当即炸死40余名难民。13日南京陷落后，未来得及逃出的士兵纷纷跑到安全区内要求保护，据当时在安全区服务的一位外籍人士记述道：“我们忙着解除他们的武装，表示他们缴械后可以保全生命。”国际委员会主席亲赴汉中门，与进城的日军说明难民区的情况，并交上一份公函和保护难民的计划，同时也向日方提出对放下武器的中国士兵“望贵军当局重视人道，保护俘虏”并“避免牵累无辜平民”的要求。这天上午11时，一队凶神恶煞般的日军官兵进入安全区，20多个难民见后惊慌奔跑，日军举枪便射，奔跑的难民当即毙命。当时，不管在哪儿，“凡遇见日军而奔跑者”，一概格杀勿论。此后日军按照上级指令，在难民区内大肆搜捕和押走已放下武器的中国士兵和青壮年男子，甚至一般市民，将其驱至屠杀场所。日军完全违反1929年7月签订的《日内瓦国际公约》中有关在战争中对待俘虏的规定，残暴地屠杀俘虏和无辜市民。12月16日是日军在安全区内疯狂搜捕和屠杀的一天。这一天，日军从司法院内难民所中搜捕散兵和青壮年男子、警察2000余人，押至汉中门外集体屠杀。晚上，日军又把附近一个难民所中的1300余人押走，还从五条巷4号难民区内抓走数百人，在中山路法官训练所内抓走100多人，从华侨招待所抓走全部中、青壮年男子，他们当中有散兵，但大部分是普通市民。他们被押到大方巷塘边，被机枪射死。在农村师资训练学校收容所内的70多个难民，被无辜拖出枪毙了。任何一个人，只要发现手上有硬茧，日军就认为是当兵的证据，必杀死无疑。因此，黄包车夫、木匠和其他体力工人，往往被捉去杀死。安全区内，分散被杀的难民尸体横陈街头。逃入难民区内的妇女并未幸免于难，她们常被闯入的日军奸淫蹂躏，或被掠走，作为日军官兵奸淫行暴的工具。在金陵女子大学避难的妇女，在校内被强奸的有11岁的小女孩和53岁的老妇。12月15日夜，大批日军闯入金陵大学校舍，当场强奸30名妇女，有几名妇女被6名日兵轮奸。而金陵大学与日本大使馆近在咫尺，隔街相望。试想一向标榜有严明纪律的“皇军”，若不得最高当局的认可，胆敢在大白天肆无忌惮地行奸施虐？这一天，在难民区内，一昼夜间发生的强奸、抢掠、殴打事件有100件以上。被强奸的妇女至少有1000人，有一位妇女被强奸17次之多。一个兽兵在强奸时，旁边一个5个月的婴儿哭声不断，兽兵竟活活将婴儿闷死。金陵女子大学内住有数千名妇女，有外国人负责把门看护，使日本兵白天不能闯进去行奸。但每当夜晚，他们便翻墙进去“摸彩”，抓住妇女，即行奸污。失去人性的日军，只要碰见妇女，不分场合和时间，便行奸施暴，竭尽野蛮之行为。1937年12月20日，国际委员会致日本大使馆公函，指出：“难民区内每天有许多妇女横遭蹂躏，其中有牧师的妻子，有青年会工作人员的妻子，有大学教授的妻子，他们平时都是洁身自爱，清白无瑕。”国际委员会先后向日本大使馆交上428件《日军暴行报告》，12月13日至年底向日本当局递交170件《日军暴行报告》，1938年1月1日至1月12日又交上17件《日军暴行报告》，这些报告所述日军暴行都是发生在难民区内。1月28日，侵华日军司令部下令解散难民营，强令难民返回自己住处。因此，1月14日至2月9日国际委员会提交日军当局的240件《日军暴行报告》，大部分是记录难民离开难民区后被杀、被抢、被奸淫的日军暴行。
第二部分屠杀新招数
12月22日，驻南京日本宪兵司令部公布“签发平民护照”令，在市内张贴布告。布告中说：“自12月24日起，宪兵司令将签发平民护照，以利居留工作。凡各平民均须向日军办事处亲自报到，领取护照，不得代为领取，倘有老弱病人，须家属伴往报到。无护照者，一概不得居留城内，切切此令。”此令公布后，在南京市内设立多个良民登记处，当时的金陵大学、宁海路、上海路、金陵神学院、金大附中等地均设良民登记点。在难民区内设良民登记点，一方面是因为这里有30余万难民，更主要的是为搜查中国散兵。从满铁株式会社派到南京的“南京特务班”写回的报告，就可以看出日军当局放发“良民证”之真正用意和目的。“南京特务班”是12月24日进入南京开始工作的，1938年1月21日写回的第一次报告中说：“我军认为，由于南京整个被皇军包围，完全没有逃跑余地，因而在这些难民中必然潜伏着很多残败兵、不法分子。因此，直至1月6日，每天进行严格搜查，努力将其查出。查问全体人员之后，已清除多数残败兵，对其他普通无辜良民发给证明其为良民的‘安居证’，使其安居乐业。”《满铁档案中有关南京大屠杀的一组史料》，载于《民国档案》1994年第2期。为了能让当过兵的人自首，在金陵大学登记点，日军采取欺骗手法，以“如自动承认”、可以保全生命、获得工作为诱饵，致使难民区内二三百人上当受骗，甚至没当过兵的平民，为得到一份工作，也去自首。结果，这二三百人全部被押走杀害了，只有10余人死里逃生，逃回难民营中。在宁海路登记点，有数十人承认当过兵，结果全被杀害。一个从虎口逃回的人回忆说：“有一天上午，我记得是个晴天，日本兵在我家一带挨户搜查，已经将许多人集中在宁海路上，查看他们手中有没有老茧，头上有没有帽箍，主要看是不是当兵的。我自料逃不出去，只好躲在家里。吃过中饭以后，大概一两点钟的样子，四五个日本兵到我家搜查，他们发现我手上有打铁留下的硬茧，就硬要把我带走。我母亲哭着说：‘他不是当兵的，是做铁匠的。’并拿出铁匠工具给他们看，他们根本不理睬，还恶狠狠地用枪托把我父母打倒在地，吆喝着把我强行带走。……日本兵把我带到宁海路，那里已经有200多个被抓来的人……我们被赶到一个凹地上，旁边有一个水塘，日本兵在四周居高临下架起机枪……日军军官一声令下，机枪一齐向我们射击，一颗子弹从我头上擦过，鲜血直流，我只觉得头上挨了一闷棍，顿时倒下去。
……当我醒来时，已是深夜，日本兵早已走了。我从死尸堆里慢慢爬出来，满身是血污，顺着原路摸回了家。”由此例可以看出，日军当局发放良民证是继续屠杀的新招数。当年曾参加过攻占南京的一个日本兵冈本健三战后说：“本人曾经在现场亲眼看到，日本军占领南京之后，对于谁是良民，谁是便衣队，是分辨不出来的。因此，日本军队就制发一种良民证，我隶属的部队每天都在办理登记，叫他们填写出生年月、性别、职业等项目。可是，会写字的中国人很少，对于不会写字的人，就以口头说明，由于语言不通，能讲得清楚的，算他运气不坏，如果吞吞吐吐、前言不搭后语的，就认为他可疑，把他搁在一边，解决掉了事。当枪声响起的时候，场内哭声大作，争先奔逃。可是，四面八方都喷出机关枪火焰，结果都是死路一条。那一次大概解决了四五百人。”在良民登记骗局中，有多少人被杀，已无法统计出精确的数字，但我们从“南京特务班”写回的第二份报告中，可以知道，“自去年（1937年）12月22日至本年（1938年）1月5日，协助中岛兵团进行的盘查活动，清出了大约4000名的残败兵和抗日分子。1月6日到2月25日间，特务机关得到天谷警备支队的协助，又在城内外继续进行盘查，清出约500名”。由此看出，从1937年12月22日至1938年2月25日之间，仅“南京特务班”参与的“良民”登记，就将4500人屠杀了。“南京特务班”的第三份报告中说，在南京沦陷前，留在南京的人口是38万，截止到1938年3月末，登记领取良民证的只有23。5万余人，分散住在市内5个区内。当时，登记工作还没完全完成，但38万人与23万人之间的人数差额之去向，该报告并未说明。其实也用不着说明，他们之中的多数被屠杀了。日军最初6周的大规模屠杀、奸淫、烧抢等暴行，世界各国均有报道，并遭到国际社会舆论的抗议和谴责。但日军当局我行我素，屠杀几乎持续了3个月。究其原因，是日本统治集团制定的对华方针造成的。1937年8月15日，日本政府就发表声明，“为膺惩中国军之暴戾，促使南京政府反省，今已不得不采取断然措施”，已经表明日本将不惜采取任何手段对待中国人民的反抗斗争。华中派遣军司令松井石根率军进犯南京时，就曾充满杀气地说：“降魔的利剑现在已经出鞘，要发挥它的神威！”正是日军实行的“大体上采取不保留俘虏的方针，故决定全部处理之”，以及参谋长下达的“杀掉俘虏”的命令，造成了震惊世界的南京大屠杀，30余万中国骨肉同胞被残杀了。
第二部分销尸灭迹
侵华日军为掩盖大屠杀的罪证，在血腥屠杀的同时，就进行销尸