第二天，美国宪兵前往排名榜首的东条英机的宅邸。当宪兵们将消息告诉从书房窗口探出身来的东条；等待他打开大门时，东条坐在一把扶手椅上，拿起一枝从击落的美国飞行员那里缴获的32毫米口径的“科尔特”自动手枪，对事先用炭笔标出位置的心脏开了一枪。颇具讽刺意味的是，子弹刚巧错过了他那颗畸型的细长心脏。破门而入的宪兵叫来医生，给他缝好前胸后背的贯通伤口后将他送往医院，在那里给他输了几位美国士兵献的血。东条逐渐恢复了健康，不得不接受同盟国的审判。
12日，日本内阁匆忙通过一项决议：由日本自己的司法机构抢在盟国审判之前逮捕并审讯战犯嫌疑人。东久迩首相奏请天皇裕仁批准这项决议，却遭到拒绝。天皇声称这些战犯都是竭尽忠诚的人，不忍心以自己的名义加以处置。东久迩为了表示日本政府的存在，仍然从美军那里接过了逮捕战犯嫌疑人的任务，然后再将其转交给美国宪兵。
同一天，尚未被列入逮捕名单的杉山元元帅在第1总军司令部里开枪自杀。
前东条内阁的厚生省大臣小泉亲彦和前近卫内阁的文部省大臣桥田邦彦二人双双服毒自尽。
有“东条的副官”之称的海军大将岛田繁太郎被美军宪兵从家中带走。
渐渐地，第一批剩下的战犯嫌疑人除东乡前外务大臣外，都经日本政府之手，送往横滨刑务所了。东乡茂德是因心脏病由美军军医诊断后，被允许在自己家中受监禁的。在这些人自首前，木户内大臣的秘书向他们其中最重要的人物传达了天皇的慰问之情。
13日，第二批战犯嫌疑人的名单转给日本政府，其中有前首相广田弘毅等与右翼势力有关系的人，绪方书记官长也名列其间。重光外相急忙赶赴盟军总司令部，声称逮捕重臣和内阁阁员并不稳当。结果，绪方的名字被去掉了，但盟军对东久迩内阁的不信任情绪已流露出来。
为此，内阁里出现了“战时内阁的阁僚必须去职”的呼声。当时，东久迩内阁里有近卫、米内和重光三人曾任战时内阁阁员。米内倒是想辞职，但近卫和重光却以为自己在战争末期曾遭主战派的迫害，因而不会遭致盟军仇视。尤其是重光，一手包揽了与盟军联络的工作，不把其他阁僚放在眼里。结果，在17日的内阁改组中，重光外相被吉田茂替代。
19日，盟军总司令部命令日本政府，将以荒木贞夫为首的11名战犯嫌疑人逮捕后关进巢鸭监狱，其中有曾任天皇侍卫长的本庄繁大将。本庄得知消息后立即自杀身亡。
眼看着逮捕战犯嫌疑人的浪潮日益逼近皇宫，日本统治集团惊慌失措之余开始谋划天皇与麦克阿瑟会晤的问题。他们希望通过此举使天皇摆脱被指为战犯嫌疑人的可能，从而为天皇制的延续创造条件。
由于美国政府已在内部表明，要利用天皇在日本国民心中的威望来改造日本，因此，麦克阿瑟同意与天皇见面。
日本统治集团闻之大喜。27日，天皇一行乘坐四辆轿车，在没有摩托车开道的情况下，前往美国大使馆。麦克阿瑟为了显示自己的身份，只在二楼会议厅的门口迎接天皇。随后，他们两人通过奥村胜藏的翻译，进行了大约30分钟的秘密会谈。据麦克阿瑟在其《回忆录》里的记载，天皇表示对因为日本推行战争而发生的一切问题和事件负有全部责任。天皇的谦卑态度打动了具有贵族派头的麦克阿瑟，两人的会谈在和谐的气氛中进行。
第六部分落太平洋（5）
天皇和麦克阿瑟会谈的具体内容，宫内省和盟军总司令部都予以高度保密。此时，在同盟国方面，苏联和中国都强烈要求废除天皇制，美国国内的一部分舆论也认为天皇应对战争负有责任。因此，盟军总司令部表现得很谨慎，只是向各报社传送了一张天皇和麦克阿瑟的合影。在照片上，身着开领衬衣、身材高大魁梧的麦克阿瑟与身着燕尾服、身材矮小的天皇裕仁形成了强烈的反差，深刻地反映了日本战败后的窘境。东久迩内阁特别召开内阁会议，决定将准备发表照片的“朝日”、“每日”、“读卖”三大报纸予以停止发行和停刊的处分。
盟军第二天获知此事后，立即以麦克阿瑟的名义发出指令，立即撤消对通信及新闻报道所加的一切限制。29日当天下午，登载着那张照片的报纸就与日本国民见了面，在很少有机会看清天皇模样的国民心中引起了强烈的震动。
东久迩内阁虽然在盟军总司令部的压迫下，被迫作了一些改革，但其反动的本性依然未改变。内务大臣山崎严声称，充满法西斯色彩的《治安警察法》的精神应予以保存，仍然要取缔有损国家组织的言论和行动，对释放政治犯也不予考虑。
盟军不能容忍山崎的倒行逆施。10月4日，盟军总司令部突然下令立即释放政治犯，废除思想警察（特别高等课），罢免山崎内务大臣、警察首脑和处理思想案件的检察官。第二天，东久迩内阁被迫总辞职，由74岁的币原喜重郎出任新首相。
10月6日，即币原首相开始组阁的那天，麦克阿瑟收到了华盛顿的简明答复：“立即继续拘捕战犯……未经进一步协商，不得采取有损于天皇的行动。” 12月2日，盟军总司令部公布了第四批59名战犯嫌疑人名单，其中包括以皇族梨本亲王为首的原首相平沼骐一郎、高级特务儿玉誉士夫等人。币原内阁曾经恳请盟军总司令部暂缓逮捕 72岁的梨本亲王，但遭拒绝。更令日本统治集团吃惊的是，四天后，包括近卫文、木户幸一在内的9人也收到了逮捕令。天皇的亲属和近臣相继被逮捕，一时间让人预感到似乎天皇也在所难逃。
16日，曾经三次组阁、对发动侵华战争负有不可推卸的责任的近卫文在他的宅邸 “荻外庄”服毒自尽，逃脱了远东国际军事法庭的审判。
12月6日，被任命为国际检察团首席检察官的美国人约瑟夫·基南率领手下38人飞抵厚木机场。8日，日军偷袭珍珠港4周年纪念日，麦克阿瑟任命基南为盟军总司令部所属的国际检察局局长，从此加快了对日本战犯嫌疑人的调查取证工作。
1946年刚开始9天，麦克阿瑟发出设立远东国际军事法庭、专门审判日本甲级战犯的消息。1 0天后，又公布了远东国际军事法庭宪章（条例）。该宪章规定，远东国际军事法庭审理的犯罪为：破坏和平罪（侵略战争的策划、准备、开始、实施或其中任何一项的共同阴谋和策划罪），违反战争法规或惯例罪，对人道的犯罪（战前战时的屠杀、毁灭、奴役、流放及其他非人道行为）。
宪章规定，被告所具有的公共职务或被告履行政府、上司命令的行动，均不得作为免除犯罪责任的理由，但这种情况可以作为减刑的理由予以考虑。
国际检察局陆续增加了英国、中国、澳大利亚、苏联等远东委员会10个国家的检察官代表。他们在市谷高地旧陆军省（后为远东国际军事法庭）先后传讯了以冈田启介、米内光政、若NFDCC礼次郎、宇垣一成等大人物为首的所有要人直至最下级的官吏，甚至还有普通百姓。对东条英机的讯问是在巢鸭监狱进行的。被传讯的人，到提出起诉书为止不下100多人；书面证词的数量也非常庞大。
传讯长达五个月。经过这一段时间，检察团基本弄清了应对日本发动战争负责、进行国际战争犯罪的实体。给检察官们提供了很大帮助的材料之一是《木户日记》。木户从“九·一八事变”前后一直到战败，都认真地记了日记。《木户日记》里所记录的事实，对弄清错综复杂的日本政治真相，是很好的线索材料。
3月底，国际检察团开始对日本的战争犯罪进行综合性总结，同时逮捕了新的嫌疑人——原海军军令部总长永野修身、原海军省军务局长冈敬纯、原陆军省军务局长武藤章等。这是第一次由国际检察团决定的逮捕令，显示出检察团已把利刃深深地插进了战争犯罪的核心部位。4月26日，重光葵和梅津美治郎被捕。
三天后，天长节的当天，国际检察团以盟国的名义把起诉书送到了远东国际军事法庭。起诉书认定28名日本人为甲级战犯，他们是：荒木贞夫、土肥原贤二、桥本欣五郎、俊六、平沼骐一郎、广田弘毅、星野直树、板垣征四郎、贺屋兴宣、木户幸一、木村兵太郎、小矶国昭、松井石根、松冈洋右、南次郎、武藤章、永野修身、冈敬纯、大川周明、大岛浩、佐藤贤了、重光葵、岛田繁太郎、白鸟敏夫、铃木贞一、东乡茂德、东条英机、梅津美治郎。
起诉书认为，从1928年1月1日到1945年期间，这28名被告支配和领导了日本的对内外政策。
在对内政策方面，被告有组织地向日本国民灌输民族优越感，在政治上把和纳粹党或法西斯党一样的组织纳入日本议会中，用作为侵略服务的工具；在经济上，把日本的大部分资源用于战争目的；加强陆海军对政府的威胁和压迫，创设翼赞会，倡导国家主义的扩张政策；对报纸广播严加管制，在精神上把国民舆论引向侵略战争。
第六部分落太平洋（6）
在对外政策方面，被告和纳粹德国和法西斯意大利统治者一起共同策划由侵略性国家对世界进行统治和剥削压榨。计划、准备并开始实行对各和平国家的、违反国际法及条约的侵略战争。
另外，被告在挑起世界性纠纷、发动侵略战争的同时，违反战争法规，虐待俘虏并屠杀一般民众。
5月3日上午10点，远东国际军事法庭正式开庭。28名被告被带上被告席，以韦伯为首的法官们、以基南为首的检察官们、以穗积重威和清濑一郎为首的辩护律师们各就各位。在起诉书的朗读声中，长达两年多的东京大审判正式拉开了帷幕。
6月，检察方面开始立证。1947年1月，开始由辩护方面辩护。此后，再由检察、辩护双方进行辩论，检察方面进行最后论罪求刑，辩护方面进行最后申述。直到1948年4月16日，审理才告结束。在此期间，大川周明因发疯被送往精神病院，永野修身和松冈洋右因病死亡。
1948年11月4日，韦伯审判长宣读了对25名甲级战犯的最终判决。东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章等7名被告被判以绞刑，东乡茂德被判以有期徒刑20年，重光葵被判以有期徒刑7年，其余16名被告都被判以无期徒刑。
远东国际军事法庭对日本甲级战犯的审理及判决，无疑反映了全世界广大爱好和平的人民的心声，是对日本军国主义分子们的严厉打击。它的正义性和进步性理应得到充分肯定。但是，由于战后国际局势的变化，被美国控制的国际检察团没有充分的时间去发掘更多的证据，因而在具体量刑上存在着少许的偏颇之处。极为明显的是，法庭仅仅将审判矛头对准了执行天皇命令的法西斯军人和少量文官，而对拥有发动战争权力的天皇的责任避而不谈。更令人气愤的是，盟军不仅陆续释放了28名甲级战犯以外的全部战犯嫌疑人，而且还将被判有期徒刑和无期徒刑的18名甲级战犯在几年后予以释放。这就是说，对“九·一八事变”、“七· 七事变”和太平洋战争承担罪责的只有被判处绞刑的7个人。而那些被释放的人，在不久后《旧金山和约》生效即日本获得独立时，立即受到关照，被解除整肃，重新在政界、财界和舆论界活跃起来。
东京大审判似乎给后人留下了虎头蛇尾之感。
制定新宪法要想彻底埋葬军国主义化的旧日本，创造一个民主化的新日本，除了消灭旧时代的遗迹、采取许多革新措施以外，最重要的是，要在国家根本大法——宪法中把所有改革措施固定下来，使一代又一代的日本人按照宪法规定的方向下去。
麦克阿瑟在这方面立下了不小的历史功绩。他敏锐地抓住了修改宪法的核心问题，即天皇制问题。由于美国政府在战后初期对日政策中规定要利用天皇制达到改造日本的目的，因此，麦克阿瑟在苏、中、澳等国舆论要求追究天皇的战争责任时，以强硬的态度拒绝了这种要求。但是，在另一方面，为了把具有古代神权和近代绝对主义双重性质的天皇制改变为象征性天皇制，麦克阿瑟做了大量的工作。
首先，为了破除笼罩在天皇制周围的神秘气氛，麦克阿瑟决定拿作为日本国教的神道教开刀。神道教系从日本原始宗教发展而