2月，处理完长沙大火后，调往蒋介石侍从室任第一处主任，主管军事机要。
第七部分十四、张治中将军年谱话（4）
1940年（民国二十九年，庚辰）五十岁
9月，张治中被任命为军委会政治部长兼三青团书记长。
1940年，政治部所属在四川綦江的战时干部训练团第一团，原是康泽、桂永清等搞的集中营，当时发生关杀拷打学生事件，张据报调查属实，曾亲往綦江处理，将首事人员押交军法机关查办，立即释放尚在关押学生，并慰问。不久，就下令将战时干部训练团各团予以撤销。
1941年（民国三十年）五十一岁
1941年1月7日，“皖南事变”发生，15日何应钦以参谋总长名义召集各部委负责人开会，研究对新四军的处置。白崇禧力主撤销番号，张则主张不撤销番号，或两种处理方式同时签呈蒋介石选择。言语之间，争执至面红耳赤。白拍桌厉声而言：你身为政治部长，怎能说这种话！白、张是保定三期同科、同班、同桌、同寝室的同学，由此感情几至破裂。未几，美国总统罗斯福私人代表居里来华，目的在了解中国情况，到重庆后拟约见周恩来。国民党党政军联席会议上竟有人提出，将周软禁一天，不使与居里会见。当时议论纷纷，莫衷一是。张力排众议：此事委员长当已知道，现在既未交议办，我们怎能擅作主张：况如此处理，殊不高明，徒然引起美国人误会。至3月2日，张向蒋上万言书，力陈对中共问题处理的失策，并举上述两事为例。
7月9日，三青团成立三周年发表《告全国青年书》，在第一次全国团干部工作会议上宣布对团员进行总考核，制定《干部政策纲要》。
12月8日，日本偷袭珍珠港，太平洋战争爆发，美国态度由助日转而助华。张对美印象向来不佳，但由此开始转变，逐渐认为为了争取抗战胜利和民族解放，非对内争取国共两党团结、对外争取苏美两大国援助不可。
1942年（民国三十一年）五十二岁
1942年，中共中央加派林彪到重庆参加谈判。林是黄埔四期生，蒋介石当即派张为代表，谈判地点是重庆上清寺桂园，张的公馆。经八个月商谈，至1943年春，周恩来与林彪提出最后意见四条。同年夏，蒋对张说：我想请毛泽东到重庆来，当面谈一切问题，你看好不好？张兴奋地答：很好，很好！蒋当即书就亲笔函交张。当时适逢林彪要回延安，张在家设宴饯行，将函交林带返延安。但延安未回复。
昆明组织力量倒孔祥熙。
1943年（民国三十二年）五十三岁
1944年（民国三十三年）五十四岁
3月29日，在渝召开第一次青年团全国代表大会。
5月，中共中央派林祖涵继续商谈，蒋介石派张与王世杰为代表，时间从5月到9月底，地点从西安到重庆，谈判内容包括军事、政治、根据地等，因双方意见距离甚远，无结果。9月国民参政会开会，张与林在会上分别作谈判报告。林旋即回延安。
8月，开展知识青年从军运动，组青年军。
9月初，美总统私人代表赫尔利来华建议调停两党争端。国共双方表示同意。国民党代表除张与王世杰外，加派宋子文。中共代表为周恩来。赫尔利每会均在场。谈判至1945年3月，无结果。
11月，新疆伊宁爆发“三区起义”，消灭国民党驻军，先后占领伊犁、塔城、阿山三个专区，建立了“东土耳其斯坦共和国”和政府。
1945年（民国三十四年）五十五岁
5月，国民党召开六大，张再组人员进行倒孔祥熙活动。
1945年8月日本投降，蒋介石于14、20、23日三次电邀毛泽东到重庆。张作为蒋的代表与赫尔利于27日飞到延安，28日迎接毛主席到重庆——这是一到延安。张将上清寺桂园住家腾出，供毛主席、周恩来每日会客用。毛主席到重庆后，蒋即举行欢宴，面对面多次交换意见后，蒋即指定张与张群、王世杰、邵力子为代表。中共代表是周恩来、王若飞。不久，蒋内定派张治中赴东北接收，组织东北行营。张已做好准备，连主要负责人名单都拟好了。讵料于1944年，率众“暴动”的新疆伊犁、塔城、阿山三区人民武装进攻绥来，威胁迪化，9月13日，张奉派赴新了解情况，14日飞新，16日返重庆。继续参与和谈。不久，苏联政府致国民党政府，表示愿参与伊、塔、阿三区与新疆政府间纠纷的解决。
至9月下旬，两党谈判已基本获得协议，但外间谣言纷纷，有人甚至向毛主席提出“三十六计，走为上计”的秘密劝告。周找张密商：“毛主席想早点回去，早点签订协议好不好？”张问：“预定哪一天？”周说：“预定10月1日”，并说：“让毛主席一个人回去我可不放心啊！”张慨然说：“我既然接毛先生来，当然要护送他回去。但10月1日不行，我的活动很紧张，都安排好日程，须10月10日后才行”。周说：“好，我回去商量看。”
10月8日，张于军委礼堂为毛主席举行盛大欢宴晚会。参加者全体参政员、重庆文化界、新闻界以及党政军人士五百多人。席间，张和毛主席作简单致词。
10月10日，谈判达成协议，在桂园签订《政府与中共会谈纪要》（一般称为《双十协定》）。签字后，毛主席会见双方代表。11日，张护送毛主席回延安——这是二到延安。离开重庆时，张毛同车去机场。毛对张说：我经过调查，你是真正希望和平的人。张说：何以见得？毛说：有事实可证，你能把《扫荡报》改为《和平日报》，不简单。康泽在四川綦江办的集中营被你撤销，是做了好事。
张13日飞新疆，与伊、塔、阿三区代表继续举行和谈。
12月1日，昆明学生举行反内战游行，遭受国民党镇压，发生“一二一”特案。延安、重庆举行支援学生大会。16日，由周恩来、董必武、王若飞、叶剑英、吴玉章、陆定一、邓颖超组成的中共代表团由延安飞重庆参加政协会议。12月15日，美国总统杜鲁门发表对华政策声明，20日派遣特使马歇尔来华调处中国内战。
12月20日，蒋经国奉派去莫斯科会见斯大林，路过迪化，向张治中传达蒋介石意旨，望张早日结束新疆和谈，返回重庆。
12月30日，马歇尔来华，国、共、美三方会谈亟待开始。蒋介石致张急电：“此间有要事待理，希冀暂时回渝为要。”
第七部分十四、张治中将军年谱话（5）
1946年（民国三十五年）五十六岁
1月2日，新疆和平条款政治部分签订，张治中3日离乌鲁木齐回重庆，途中因事耽搁，6日才到达。
1月13日，召开中国政治协商会议，通过政府改组、国民大会、和平建国纲领、党法草案及军理问题等五项决议。
2月10日，国民党制造“校场口事件”，打伤民主人士多人。
2月14日，张与周恩来、马歇尔组成军事三人小组会议，开始商谈，至25日签订《关于军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》。谈判中，由于中共保留数字问题，争执激烈，几度陷于僵局。某月，张向蒋介石汇报，建议对中共部队数字作让步，言语之间，蒋生气发怒。适蒋的侍从参谋兼翻译皮宗敢陪马歇尔来见。马见状，问何事。蒋忿然说：我正在和中共代表谈判。张急以手向皮示意，不要照译，并假以他语。
3月29日，乘机离渝赴新，途中因故于4月4日到达乌鲁木齐，开始了历时两月的艰苦谈判。
5月5日，张在迪化纪念大会上宣布，不管谈判结果如何，决心在新省实行和平、民主、统一、团结的方针，并严厉取缔贪污、赌博、鸦片三大毒害，与民更新。
和平条款签订之后，发表《告全体将士书》。明确指出：军队的职责在卫国保民，地方事务与地方政府职责，绝对禁止军队干政，绝不容许有歧视轻视各族人民之事，尤其对各族的语言、文字、风俗、习惯、宗教更应十分尊重。
6月6日，签订新疆和平条款有关军事部分的文件，即附文二，准许伊方保有民族军队骑兵、步兵为三个团，总人数不超过一万两千人，均按国家军队编制，归国家领导，由国家补给。
同日，释放被盛世才逮捕关押的中共人员一百三十一名，并派专人与车护送回延安，于7月11日安抵陕甘宁边区。幸于蒋介石发动全面反共及人民战争之前数日到达，如有延误，不堪设想。
在和伊方谈判期间及和平条款签订之后的几个月内，为了缓和省内民族矛盾、争取新省和平安定局面以利于从事改革和建设，张治中断然采取一系列重要措施：
7月1日，新省政府改组，除省主席、秘书长等少数委员由中央直接任命外，其余均由省内十区保荐，中央加以委任，组成民族民主联合政府，宣誓就职。三区领袖阿合买提江任副主席，拉希木江、阿巴索夫、赛福鼎任省府委员。泛土耳其主义者麦斯武德就任新省监察使，艾沙、伊敏任省府委员。分别代表激进派与保守派。
7月1日明令宣布，自即日起全省免除税收半年，农牧税一年，所有征收局一律撤销，人员全部集中乌鲁木齐进行甄别和培训。省政开支请准由中央补贴。
同时组设人民财产清查委员会，凡被盛世才及其手下非法没收的财产，准许当事人具报，一经查明，原物在此的一律发还，原物不在此折价赔偿。这是一个非常复杂、困难而又重要的工作，费力很大，只能尽量做到。
7月18日，由省政府全体会议讨论、通过和颁布《新疆省政府纲领》。主旨在保障全省和平，拥护国家统一，实行民主政治，加强民族团结，促进中苏亲善，进行经济建设，切实严禁贪污、赌博和鸦片。对政治、民族、外交、经济、财政、交通、教育、文化、卫生各方面，均有明确规定。
7月19日，明令宣布释放全省政治犯。盛世才统治下，新疆全省是一个大监狱，被监禁的人充斥各地监狱，究竟有多少，谁也不清楚。经过三个月的清查，才基本弄清，规定凡属政治性人犯，不论案情如何，一律释放。这件事是办得比较彻底的。
8月28日至9月4日，张治中访问伊犁，到伊犁专区所属各县视察，直至中苏边界的霍尔果斯。此行和各族各界人士以及苏联领事等有广泛接触，了解了基层许多情况，掌握了第一手材料。和平条款签订不久，伊犁、塔城、阿山三区刚易帜，张到伊宁市时，东土耳其斯坦共和国的国徽、国旗残存痕迹还不少。最值得注意者为三区革命暴动时，由于历史上造成的民族仇恨太深，以致发生对汉人乱砍乱杀之事。视察各地办理救济工作时，发现残余汉人甚少，有些地方只剩了老弱妇孺数十人，在伊宁残留的汉人中，也是老弱妇孺占大多数。阿合买提江曾主动对张治中说：革命起来时，有人主张大杀汉人，我是不赞成的，如果听任这些极端分子去干的话，恐怕一个汉人也剩不下来。在伊宁暴徒大杀汉人时，阿巴索夫曾保护了好些汉人。阿是新省府副秘书长，其爱人是汉人。
9月2日，三区革命初起，塔城官吏军警和群众一千四百多人逃入苏境，和平条款签订，这批人由苏归来，一进入国境，沿途遭三区暴徒凌辱、殴打、屠杀，经查明者三十五人，造成塔城额敏惨案。新疆人民激愤，阿合买提江等感到处境狼狈，心情不安。
11月15日至12月25日，蒋介石不顾各方强烈反对，悍然单方面召开国民大会，新疆产生代表十八人，伊、塔、阿三区有阿合买提江、阿巴索夫等七人。会议期间，新省部分代表提出“请在中华民国内将新疆改为东土耳其斯坦共和国并给予高度自治案”。张对此有脱离祖国、分裂民族倾向的提案，曾详电于右任，邵力子、蒋经国、王世杰、白崇禧等人做了大量工作，才把提案打消。
自新省政府成立后，张治中即筹划新疆建设，从年底开始，先后成立了西北民生实业公司、西北文化建设协会和新疆建设技术辅导团，邀请一些学者专家参加工作，先后修建了乌鲁木齐的红雁池水库、和平渠、阿克苏的帕化塔什防洪工程、乌鲁木齐市的天山大厅等，并勘测和试航塔里木河。
省内暂告稳定，张治中即采取若干措施，以增进中苏在新疆的亲善。他做的第一件事是撤销乌市归化族文化促进会，准许在新苏联人组织苏侨会（归化就是大民族主义的名词）。其次是恢复乌市中苏文化协会，亲任会长，请苏驻新总领事萨维列也夫