个层次都享有充足的住房”。看起来，这是个亲善仁爱的提案，但却很快遭到了代表郊区和小城市的南方参议员和众议员们的反对。经过修订后的议案更加强调小型社区，很有可能会抑制后者，但南方的反对意见却坚定不移——他们反对有可能主要服务于市内黑人、使得住宅资产经理处主任罗伯特·韦弗成为内阁里第一个美籍非洲人部长的议案。该议案同时还受制于因为虽有改善却仍然疲软的经济和增加的国防开支而造成的预算紧缺。肯尼迪不愿意为他眼里并非第一重要的事情而斗争，这种态度与经济和南方的反对意见一样，拖了大刀阔斧行动的后腿。
于是，5月，肯尼迪提议立法通过有限减少与收益增加相关的赋税来刺激经济。他将自己的建议描述为“建设性改革道路上第一个紧急步骤”。他说，他计划于 1962年向国会提供一份更加全面的税收改革计划，以刺激“更大幅度的经济增长，（并创建）一种更加合理的税收结构和更加简单的税法”。与此同时，他提议以厂房和设备现代化和扩建信贷的形式为企业提供税收奖励。为了弥补在这方面的收入损失，他提议终止美国人在经济发达国家海外收入的免税政策和海外不动产的资产税豁免政策、代扣利息税和股息税、继续收取原定于7月份减少或者停止征收的企业税和消费税，同时向民用航空供应商征税，以帮助支付联邦航空系统的运营和改造费用。
倾向于折旧津贴而不是用于新厂房和设备费用税务信贷的商界领导人们成功地阻止了肯尼迪的议案，表现出了他们游说的能力，以及白宫方面的疏忽大意。由于担心抢风头而削弱约翰·F·肯尼迪作为国内领导人的地位，白宫没有让林登·约翰逊——他在政府内是最有经验的立法人——在对付国会方面发挥重大作用。相反，肯尼迪过去从来没有表现出对重大议案获得通过而需要的那种合作努力有什么好感，依赖的是没有什么经验的助手们来推进他的立法安排。约翰逊抱怨自己在国会山的那些关系没有得到利用，说，“你知道，在那方面他们从来没有问过我一次！”可以想像，其结果是，肯尼迪的立法努力步履维艰。
虽然在成立住宅部和税收改革方面遭遇了失败，肯尼迪在国内事务方面并非没有收获。国会同意了一项区域再开发法案（Area Redevelopment Act），实现了他在竞选期间帮助缓解西弗吉尼亚和另外9个州失业痼疾的承诺。此外，国会在几个现有计划中接受了肯尼迪要求的重要增添内容：提高失业福利；提高最低工资，其中包含360万不受益的工人；增加社会保障；资助各城市改善住宅和交通；保护国家河流的一项控制水污染法案；继续资助艾森豪威尔期间开始的一个国家公路系统；提高农民收入、长期保持“我们文明社会中一个最突出的成就······以少于世界上任何一个国家的人力生产出多于世界上任何一个国家的粮食”的一项农业法案。
虽然有了这些进展，但政府却无法从其最初的国内成绩中获得多少满足。除了区域再开发以外，白宫并没有取得任何重大立法业绩。肯尼迪的“头等大事清单”、税收改革、联邦政府对初级和中级教育的援助、大学奖学金和老人健康保险等，从来没有获得国会各委员会的通过。历史学家欧文·伯恩斯坦（Irving Bernstein）——他密切研究了围绕教育和健康议案而展开的斗争——将这些斗争描述成为政治上难以忍受的场面。对于保守人士来说，联邦政府参与教育领域，是个无法容忍的问题，因为他们希望维持地方上的控制权。在公共资金资助教会学校问题上，天主教徒与新教徒之间的激烈争辩形成了一种无法弥合的鸿沟。肯尼迪决心要履行自己在竞选期间有关政教分开的承诺，从而导致天主教的坚决反对，指责他拒绝支持对教会学校的直接援助。有人批评他在教育问题上的立场，抗议他恪守传统思想；与此同时，他对老人在社保中健康保险方面的支持也招致了相反的回应——警告政府的计划是在模仿共产党国家的医药社会化。健康保险议案同样无法获得众议院赋税委员会的批准——该委员会主席、来自阿肯色州的威尔伯·米尔斯（Wilbur Mills）只批准获得绝对多数支持的议案。
教育和健康议案的支持者们埋怨肯尼迪领导力度不够。事实上，他在大选期间曾经为这两项举措发表强有力的讲话，将其描述成优先立法内容。但是，理查德 ·诺伊施塔特新近出版的《总统权力》（Presidential Power）一书加深了肯尼迪对总统个人影响力有限性的理解，同时使他进一步认识到，在保守型南方民主党人士与共和党人结盟控制下的国会中为没有希望的举措而斗争是极其愚蠢的。在第87届国会第一次会议上，这些议案几乎败局已定的情形促使他不愿意将大量政治资本投入进去。
由于肯尼迪在支持学校教育和健康议案中一直非常谨慎，因此民意测验经办人卢·哈里斯敦促他要明白创造更加实质性国内业绩的必要性。肯尼迪政府的“第二阶段”工作“现在已经开始，如今是营造一个新的上升势头的时候，”哈里斯在6月份写信告诉他。“总统需要一些重大、明确的得分重点领域。由于外交政策危机大量占用了······（你的）时间和精力，因此最迅速、最容易理解并且收益最显著的领域很可能是在国内问题上。”哈里斯建议他为教育议案发动一场9月份返校之战。它应当成为“一个新的、国内头等大事”。在一项教育议案获得通过后，哈里斯鼓励他宣布“1962年实现老人保健计划”。他建议发动一场3阶段进攻：“正面攻击美国医学协会为一股阻碍进步的势力”；“可能会把肯尼迪议案当作自己号召力量的······老年人”发起的一场“群众”运动；然后“通过 3次独立的电视节目”直接向全国观众发出呼吁。鉴于1961年的国会结构，哈里斯的主意与其说是聪明政治手段的一种表现，倒不如说是表达了肯尼迪也有同感的愤懑之情，即总统没有能力在全国最急迫的2个社会需求方面、在能够为民主党于1962年国会竞选中赢得重大优势的问题上取得进展。肯尼迪虽然不情愿在秋天再次提出其中的任何一个议案，但他发誓明年要再次发动攻势。
风流韵事总统媒体与风流韵事（3）…（图）
但是，最令肯尼迪恼怒的某过于民权领域。在1960年整个竞选期间以及在他担任总统的大部分时间里，他觉得自己没有得到民权活动家们的充分理解。在观察了肯尼迪担任总统以来头几个月的表现后，马丁·路德·金预计，新政府将停留在“强有力地”争取“象征性融合的有限目标”。他告诉哈里斯·沃福德，“在大选期间，在我公开表示支持肯尼迪的时候，我当时的印象是，他具有那种智慧、技能和道义热情来实施我们一直在等待的领导风格，并做出任何一个总统都从来没有做到的事情。现在，”在观察了他任职以来的表现后，“我确信，他具有那种理解力和政治技能，但迄今为止，我怀疑他并没有那种道义热情。”学生非暴力型统一行动委员会（Student Nonviolent Coordinating Committee； SNCC）的詹姆斯·福曼（James Forman）却不那么相信总统的良好意愿，认为肯尼迪在民权问题上不过是“巧舌如簧、口是心非”。争取民族平等大会（Congress of Racial Equality； CORE）的创始人贝亚德·拉斯廷认为，肯尼迪是“很久以来我们遇到过的最聪明的政治家”。根据拉斯廷的说法，他会把黑人领袖们召集在一起，承诺帮助他们获得选民登记所需要的资金。一转过脸，他会拼命巴结“南方民主党人，给他们提供南方种族主义法官，以确保黑人得到的钱不会达到目的”。拉斯廷补充说：“这是所有总统的行径。他们给予你的尽可能少。而这么做的原因之一是，他们是所有民族的总统，他们不得不满足各个群体······所以他们经常在权衡，如果我不采取行动的话，对我来说问题的压力在哪儿？”拉斯廷相信，“我们从肯尼迪那里得到的任何东西都来自客观的形势和政治上的需求，而不是来自约翰·肯尼迪的内心。他是个保守派。”
在肯尼迪担任总统的头6个月里，大部分不满情绪集中在：他既不签署答应过的行政命令来废除联邦政府投资的住宅中的种族隔离政策，也不要求国会制订民权法律。他觉得这2项举措中的任何一项都一定会激怒南方人，并失去其他改革措施获得支持的所有机会。肯尼迪曾经批评艾森豪威尔拒绝就住宅问题采取行动，强调说这只需要大笔一挥，现在他开始在邮件中收到钢笔，提醒他在竞选活动中说过的话。作为回复，肯尼迪“不断嘟囔、取笑说，自己竟然会做出大笔一挥的承诺”。
5月，民主党全国委员会副主任、美籍非洲人路易斯·马丁写信对特德·索伦森说，总统在这个问题上的沉默，表明政府“胆怯，不愿意全力以赴支持民权立法······他的政敌们现在正在取得一个机会，可以指控他在一个至关重要的领域的不作为”。批评声激怒了总统和博比。他们认为自己在目前的局限性下正在为民权事业做出最大努力。事实上，当1月份的盖洛普调查询问南方的人们是否会有一天黑人和白人将共用公共住宅时，76％的人回答是肯定的。但是，所有其他民意调查数据表明，无论是在北方还是在南方，大多数人都没有很快实现这一点的心理准备。盖洛普调查问道，如果联邦政府资助教育，是否资金应当流入所有的公立学校，包括那些实施种族隔离的学校？在将近 7年前最高法院宣布“隔离而平等的”学校为违反宪法、全国2/3的人表示支持公立学校以及所有公共交通形式中废除隔离之后，68％的美国人作出了肯定的答复。在5月和6月期间，在被问及是否应该在不远的将来竭尽全力实施种族融合时，只有23％的人表示同意；61％的人倾向于循序渐进的变革。肯尼迪兄弟两人与大多数人的心态相同，认为挑战南方种族隔离法律的和平示威行动只能是有害于、而不是有利于融合。
但是，束缚他们手脚的不仅仅是公众舆论。肯尼迪在司法部的律师们认为，白宫在种族不公平问题上可以作为的局限性十分显著。司法部民权部门的负责人伯克·马歇尔（Burke Marshall）告诉马丁·路德·金，立宪联邦制严格限制了政府在干预学校种族融合或警察暴力案件方面的权力。司法部惟一拥有的主要回旋余地在于保护选举权，而即便在这个领域，他们仍然不得不与南方当地官员在恢复黑人自由方面的阻力作斗争。
在3月和4月期间，南卡罗来纳州查尔斯顿就全国内战委员会（National Civil War Commission）一名黑人委员在饭店就宿问题爆发了一场争论——该黑人计划参加萨姆纳堡战斗的纪念活动。肯尼迪给该委员会负责人尤利塞斯·S·格兰特三世（Ulysses S。 Grant III）将军写信，敦促他公平对待委员会的所有成员。这时，参加该活动的南方代表们公开谴责肯尼迪未经授权干涉一家私人拥有的饭店的行为。格兰特表示委员会没有义务干涉“种族事宜”，肯尼迪无法说服查尔斯顿的任何饭店满足自己的要求，纪念活动的晚餐后来决定转到附近的一个实施种族隔离的美国海军基地——肯尼迪为此大为尴尬，更加坚定了他回避“种族政治”的决心。
肯尼迪在1961年与马丁·路德·金的关系反映了政府在避免过多地卷入民权斗争问题上的欲望。金没有被邀请参加宣誓就职典礼，没有被邀请参加3月6日在博比办公室举行的民权领袖会议。正如金的传记作家泰勒·布兰奇（Taylor Branch）所说的，“金的名字在当时太敏感，与当时正在进行的令南方政治家们大光其火的示威活动关系太密切。”3月下旬，当金要求私下会晤肯尼迪时，奥唐奈告诉金，在“目前的国际形势”下——老挝、非洲、古巴和苏联的难题——总统不可能抽出时间会晤。到了4月底，白宫才同意在华盛顿的梅弗劳尔饭店（Mayflower Hotel）一个私人宴会厅里进行一次秘密的、非正式讨论，参加人员是金、博比、路易斯·马丁以及司法部的几个官员。会上，金非常谦逊、和蔼，结果他后来在白宫获得了与肯尼迪会晤几分钟的机会，而且博比向他提供了司法部官员约翰·西根萨勒和伯克·马歇尔的私人电话，说明他可以在选民登记人员无法联系上联邦调查局的时候随时给他们�