可是，张居正是利用太监冯保与首辅高拱的矛盾，取得神宗生母李太后的支持，排挤掉高拱，才当上首辅的。张居正执政时，由于过于专权，处事严刻，因而结怨颇多。他的骄矜自负、炫耀权势与奢侈生活，也暴露了其弱点。在太监冯保被劾后，张居正随即也遭到了廷臣参劾，并有人诬以谋反。此时，神宗不仅给张居正夺官夺谥，而且抄了他的家。从此以后，没有张居正的明朝，便开始走下坡路了。一方面，神宗在张居正被劾以后，对臣下便产生了一种不信任的心理；另一方面，继张居正当首辅的申时行，便学乖了，一反张居正严正的作风，采取所谓“宽柔任事”、“调和折中”的态度。同时，由于张居正被参劾以后，原先反对张居正的官员，纷纷被起用复职，原先拥护张居正的官员，则大都受到了降、调、罚、黜的处分。文官班子里的衅隙已开，门户之见，朋党之私，就渐渐在演变中使“内斗”发展起来了。
后来，神宗宠幸郑贵妃，想立郑妃所生的“三皇子”常洵为太子，而朝廷中的大臣们，则大都坚持“有嫡立嫡，无嫡立长”的原则，认为皇后无子，应该立恭妃（王氏）所生的“皇长子”常洛为太子，才是合乎祖制的。群臣与皇帝意见不合，便不免要发生冲突：皇帝愈是滥用专制权威对群臣施行降、调、罚、黜的处分，群臣便愈要坚持以儒家“礼法”和明朝“祖制”来制约皇帝的行为。一个“请立东宫”的臣子被罚了，便会有五六个人出面疏救；神宗连续罚黜了一批“请立东宫”的臣子，下面“请立东宫”的奏疏仍然像雪片般往上飞。继张居正为首辅的申时行，在皇帝与臣下对立的情势已经形成的时候，他既要对上顺旨，又要对下循情，只得便事事都采取调和折中、因循保守、息事宁人的态度。这时，他便教给了神宗对付那些奏疏可以“留中”、“不报”（搁置宫中，不作批示答复）的缓冲办法。
神宗也懂得了，对这些儒臣，如果老是给予惩罚，那就反而会使他们因直谏受罚而成“忠直”之名。他不动气，别人反而会称颂皇上“大度”。后来他觉得这是臣下故意与他为难，便采取了一种名为“默摄”的怠工方式，与群臣对抗。从万历十八年（1590年）起，他就不上朝，不出席讲筵（听大臣们讲习儒家经典的例会），对臣下的奏疏，一律“留中”、“不报”，说这些都是“故事”（老一套）。阁部大臣请他每月上朝或出席讲筵一两次，他也推脱有病。就这样，和群臣“斗气”式地僵持着，把“立太子”的事，不声不响地拖下去了。
皇帝尽管对朝政怠工，但对有些事情，却抓得很紧。从二十多岁起，他就在经营自己的陵园。为了修陵和建三大殿，他派了许多太监，做矿监、税使，去全国各地搜刮矿、盐、茶、油、布、舶等各种税，弄得民怨沸腾，反抗之声迭起。许多地方激起了民变，甚至聚众把矿监税使打死，出了不少乱子。
而“皇帝怠工”的后果之一，是群臣为议立太子而受罚的人日益增多，他们不能不怨及郑妃。群臣里面平日意见相左的人，也日益明显地分成了趋附郑妃的一派与维护皇长子的一派。连阁部大臣也不例外。首辅申时行本来也主张立皇长子，但因为不愿与阁部大臣联名（逼迫式地）请皇上“册立东宫”，受到了大臣们的参劾，说他“阳附廷臣请立之议，阴为自交宫掖之谋”。他感到在皇帝和臣下之间采取“调和折中”的方式，已经无法继续下去，只好疏请告归。申时行是神宗比较信任的人，在首辅位置上干了八年。他一走，和他对立的次辅许国也同时致仕。继任首辅的王锡爵，又因神宗要搞“三王并封”，群臣力持不可，既不能顺神宗之意，又不会调和折中，不久也便告归。而到朱赓、沈一贯入阁时，由于沈一贯被目为“浙党”之首，群臣中的内斗就更激烈了。
群臣中由于地域、乡谊、同年、学统、私交的原因，已经形成了许多复杂的关系。所谓“西北”（山西、陕西），被看做是与“东林”一气的；所谓“昆”（江苏昆山）、“宣”（安徽宣城），则被看做是与“浙党”一气的；其他还有“齐”（山东）、“楚”（湖北）的朋党，有时附“东”（东林），有时附“南”（浙江）。虽然势力大小不同，其党同伐异则是一样的。总之，在为立太子而发生“国本之争”的这一时期，朝廷中朋党之风盛行起来，“窝里斗”便成了难解之结。
当时，“东林党”在朝中名声最著，其成员多是曾在无锡“东林书院”讲学的士子。其创始人，是曾任吏部文选郎中的顾宪成，因极力主张立常洛为太子而落职的。故“东林”与皇帝、郑妃的对立，非常明显。后来熹宗朝的“党祸”，便是由他们唱主角。
“立太子”的事，一直拖到万历二十六年（1598年）出了“妖书案”，神宗感到再拖下去，可能要出乱子，才在万历二十九年（1601年），将皇长子常洛正式册立为皇太子。但因为郑妃的儿子常洵同时被封为福王，仍然留在京城，没有“之国”（到封地去上任），维护皇太子的群臣，便很不放心，担心神宗仍有等候时机“废长立幼”的可能。到万历三十一年（1603年），又出了第二次“妖书案”，说郑妃要害东宫，并指名攻击了很多人，其中，朱赓、沈一贯都是阁部重臣，而且“妖书”说皇帝以朱赓为相，“赓者，更也”，有“他日更立之意”。这不能不使神宗大为震怒，下旨严查，务必捕获，并追问何人指使。这样一来，缇骑四出，乱抓了一些涉嫌的人，大臣之间借机倾轧的现象，也就冒出来了。如“浙党”的首辅沈一贯，想乘机打击与自己有嫌隙的礼部侍郎郭正域，就连及了次辅沈鲤，与沈鲤有交往的人被逮捕，又连累到一个和尚被逼死；甚至郭正域的仆人也有被打死的。后来，幸而锦衣卫很快抓到了嫌犯秀才皦生光，刑部问成死罪，凌迟处死，沈鲤和郭正域才未被牵及。阁部大臣的内斗，从此就公开化了。沈鲤是河南归德人，沈一贯是浙江四明人，因此，这一次内斗，被看做是“南”、“北”党之争。而这一次党争的结果，是沈一贯和沈鲤同时致仕，都离开了朝廷。
“妖书案”结束后，万历四十一年（1613年），又出了武人王曰乾告密的事，说郑妃党羽要谋害皇上和东宫。神宗接受了首辅叶向高的劝告，索性把事情捂住，将告密人收入刑部狱中秘密处死；又赶忙于次年叫“福王之国”了事。但到万历四十三年（1615年），又突然发生了“梃击案”，即所谓“明末三大案”的第一案。由这案子引发的内斗，使得神宗、光宗、熹宗三朝，几乎国无宁日。因为“梃击案”发生时，朝廷内外震动很大，许多人怀疑是郑妃及其兄郑国泰指使人谋害太子。而神宗却降谕迅速处死凶犯张差及涉嫌指使凶犯的两个内官，不加深究其他原因。可是，朝臣们却怀疑皇上袒护郑氏党羽，因而在案发及会审期间，朝臣就有好几起疏参郑妃之兄郑国泰之事。这样，对案件处理的不同意见，也引发了言官、阁部、郑氏党羽之间的龃龉。案件虽了结了，却为后来熹宗朝的党争，埋下了伏线。
皇帝怠工的另一个后果，是在他不理朝政的二十多年中，朝廷已经变得不像样了。因为，许多官员被他降、调、谪、戍，或退休走了以后，留下的缺额，阁臣请补，皇上不批，就缺着。按旧制，给事中有五十余人，御史百余人，现在六科给事中只有四人，十三道御史只有五人。甚至弄得户部、礼部、刑部都缺人掌印。吏部所推举的内外大臣，皇上不批，拿不到文凭，就呆在吏部，没法去上任。有的官员请退休，皇上不批，就等着。万历四十年（1612年）二月，吏部尚书孙丕扬说：“朝署俱空，叩阍无路，国家亦安用此臣？”上疏告归，又不许，他只好叫“候选”的官员，暂时在“出缺”的官位上“便宜代署，借俸办事”。孙丕扬是陕西人，因为他参劾和黜退了几个“浙党”的人，在“浙党”攻讦“东林党”时，他也被攻讦。他已经八十岁，官到吏部尚书加太子太保，告归不许，竟然“挂冠出都”，自己走了。“太宰挂冠”这样的怪现象，历朝历代是没有的。而且，孙丕扬是声望很高的大臣，在嘉靖朝，他是第一个参劾严嵩的人，为官清正，《罪惟录》上说他清廉如海瑞而才能过之。他的挂冠，标志着当时的朝政，已经疲敝紊乱到了正人不屑于立朝的地步了。
皇帝继续怠工，可这时候的边患，已经使他不能不感到吃惊了。万历四十六年（1618年），后金的军队已经突入抚顺，威胁北关。而明朝的援辽兵力全军覆没，总兵张承胤等战死。次年，神宗以杨镐为经略，带领十万大军，分四路援辽。结果，三路大败，一路退回北关。其中两路全军覆没，总兵杜松、刘挺战死。这一仗的大败，明朝丧失了兵力优势，加之北面边防薄弱，使国家已经陷入了危险状态。神宗只好听大臣推荐，命熊廷弼去经略辽阳。
万历四十八年（1620年），神宗病死，弥留之际，还在问：“辽事如何？”这时，这位近三十年不理朝政的怠工皇帝，大概已经有些明白：做皇帝，并不是那么轻闲的。
神宗的性格与爱好，大致可以从万历十八年（1590年）大理寺评事雒于仁所上的一个奏疏里看出来。那奏疏叫“上《酒色财气四箴》疏”，其中说：“臣备官岁余，仅朝见陛下者三。此外惟闻圣体违和，一切传免。郊祀庙享，遣官代行；政事不亲，讲筵久辍。臣知陛下之疾所以致之者有由也。臣闻嗜酒则腐肠，恋色则伐性，贪财则丧志，尚气则戕生。陛下八珍在御，觞酌是耽，卜昼不足，继以长夜。此其病在嗜酒也。宠‘十俊’（按：指十个小太监）以启幸门，溺郑妃靡言不听。忠谋摈斥，储位久虚。此其病在色也。传索帑金，刮取币帛。甚且掠问宦官，有献则已，无则谴怒。李沂之疮痍未平，而张鲸之赀贿复入。此其病在贪财也。今日搒宫女，明日抶中官，罪状未明，立毙杖下。又宿怨藏怒于直臣，如范俊、姜应麟、孙如法辈皆一诎不申，赐环无日。此其病在尚气也。四者之病胶绕身心，岂药石所能治？臣今敢以四箴献，陛下肯用臣言，即立诛臣身，臣虽死犹生也。”这个奏疏，把神宗的昏庸病态描画得淋漓尽致，确实是所谓“憨激直谏，指斥乘舆”。当时若不是申时行曲为保全，雒于仁差一点送命。结果是进谏者削籍为民，而神宗皇帝的酒色财气加怠工，便把江山败了。
所以，后来《明史》评论说：“故论者谓明之亡，实亡于神宗。”现在看来，这个观点，仍然可说是史家灼见。不过，更确切地说，是他种下了亡国的祸根。
四
神宗死后，继位的就是拖了许多年才立为太子的常洛，即光宗（泰昌皇帝）。他只做了三十天皇帝，便呜呼哀哉了。而且，死得不明不白，留下一个“红丸案”，一个“移宫案”，使整个朝廷的“党争”趋于白热化。而所谓“红丸案”与“移宫案”，其实就是“梃击案”的发展与延伸。
当光宗还在做太子时，太子妃已经去世。所以他即位时，已经没有皇后。他所宠爱的是一位姓李的选侍（从宫中选出来侍候太子的宫女）。而神宗留下的郑贵妃，这时害怕光宗因“梃击案”而嫉恨她，便与李选侍交结，想借李选侍之助在光宗即位时取得“皇太后”的封号，且李选侍也想晋封为贵妃。于是，郑贵妃就“饰美女四人以进”来笼络光宗。而这位光宗皇帝，似乎做太子时被冷落太久，一登皇位就急于想过皇帝瘾，以致外廷传说他“日幸数女”，甚至说“一夜幸二女一男”。很快他就生了病，随后就因服“红丸”而丧命。究竟这“红丸”是不可多服的壮阳药还是毒药，群臣都不知道。这位短命皇帝，几乎什么也没干，惟一的好事，只是以“先皇遗诏”的方式下旨：一、罢天下矿税，撤消税监；二、令发内帑银百万两，解赴辽东经略熊廷弼处犒赏军士；又发内帑银百万两，解赴九边抚按官，酌量犒劳。从这两件事可以看出，他在做太子以前，就受过儒臣们的教育，多少已经知道：“矿税”与“税监”是神宗朝最招民怨的弊政；边防是王朝生死攸关的大事。如果这个皇帝不短命，明朝或许还有一线希望。可是，他还没有来得及干什么，就把命“花”掉了。这好像是天命，实际上，也是神宗朝宫廷生活之糜烂，导致了“子承父教”的后果。
光宗死时，还没有来得及册立太子。皇长子由校才十六岁，一向由李选侍及乳母客氏抚养。群