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光宗死时，还没有来得及册立太子。皇长子由校才十六岁，一向由李选侍及乳母客氏抚养。群臣因为李选侍是郑贵妃的人，担心她们一个要封太皇太后，一个要封太后，将来有干预朝政的可能，于是，在小皇帝熹宗（天启皇帝）登极时，坚持要李选侍从皇帝住的华清宫搬出，移居别宫。这样就又闹出了“移宫案”。当时，极力主张“移宫”的兵部给事中杨涟、御史左光斗等人，都是“东林”人士。后来“东林党”惨遭杀戮的“党祸”，就是因为在“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”三案发生时，坚持与郑贵妃、李选侍等作对的“东林”人士所致。这些“东林”士子，饱读儒家经典，熟悉科场门道，以“气节”自负，以“正人”自居，但他们多半不懂权术，不谙人情世故。例如，杨涟、左光斗，都处在言官位置上，既与外廷的“浙党”早有门户之见，朋党之争，又与内廷的嫔妃、太监结怨。他们在朝廷内斗中，自然就处在刀口上了。
熹宗登基以后，李选侍虽已移宫，但熹宗的乳母客氏，却被封为“奉政夫人”，甚为亲信。而与客氏结为“对食”（即宫中“形式上的夫妻”）的太监魏忠贤，这时已经开始政治活动了。于是，小皇帝熹宗，很快就成为了客氏和魏忠贤手中的傀儡。这样，魏忠贤与浙党官员合谋害死司礼监太监王安以后，取得了司礼监秉笔太监的职位，负责向外廷传达皇帝的旨意，并有权代皇上作“朱批”。他当然会要设法削弱与自己作对的东林党人的势力。而东林党人初时似乎还没有意识到自身的危险处境。
当时，“东林士子”名满天下，每次科考，东林党都有不少人登榜。他们互相提挈，在朝中已经形成了一股很强的势力。但实际他们没有多少深远的谋略与起衰救敝的政治才能，似乎一心一意想干的，只是要“维护朝廷纲纪”。他们坚持“正人”与“邪佞”相对立，想对皇帝“导之以正”，实现儒家“为帝王师”的理想。因此，在神宗朝，他们与“浙党”的斗争，一直处于受压的地位。到熹宗即位时，他们借“红丸案”与“移宫案”，迫使浙党首辅方从哲退休，又抓住浙党御史崔呈秀贪污的把柄，将其黜退，但是，他们却没提防“螳螂捕蝉，黄雀在后”。到天启三年（1623年），魏忠贤担任了提督“东厂”特务机构的职位以后，与锦衣卫都督田汝耕勾结，掌握了对朝臣进行侦查、逮捕、审讯与责罚的大权。这时，魏忠贤利用“浙党”及其他趋附自己的廷臣与“东林党”的矛盾，已经把“消灭东林党”作为他掌握朝政大权的第一个目标。加之，东林党人的“党”性太强，自己以“正人”自居，几乎把非东林的人尽视为“邪佞”，以致非但促成了“浙党”与魏忠贤的合谋，而且，使“昆”、“齐”、“楚”、“宣”的人也尽皆趋附魏忠贤，与东林党对抗。加之东林党人又不懂斗争策略，一意炫耀自己“正直”，以致他们很快就从辅佐皇帝登基的功臣变成了皇帝的对立面了。
东林党人的书生气，可以从文震孟的一份奏疏上看出来。这份奏疏上有一段话说：“……皇上昧爽临朝，鸿胪引奏，第如傀儡登场，了无生意。窃意祖宗朝，设有科道部院，必当以次白事，献可替否，皇上每与辅臣商决焉。不惟圣智日练，即诸臣亦可试其职守。若仅周旋进退，祗毕朝仪，何为也？”这份奏疏，从《三朝野记》叙事的次第看，大约写于天启二年（1622年），是熹宗刚做了一年多皇帝的时候。奏疏的用意本来是好的，但把皇帝临朝比作“傀儡登场”，不仅是对皇帝权威的公然蔑视，而且也是对其人格的侮辱。东林党人的这类轻率行为，在当时可以叫作“卖直非君、逆言犯上”，实际上等于飞蛾扑火，在政治斗争中无疑会授人以柄，是十分愚蠢的。
魏忠贤虽然目不识丁，政治斗争手段却比东林党的文士狡猾得多。他见到这份奏疏后，马上就叫人在皇帝面前演了几出傀儡戏，指着奏疏上“傀儡登场”这句话向皇帝说：这是“讥侮朝廷”。东林党人因此触怒熹宗，文震孟当即受到了降职处分。而且魏忠贤那一党子人，却非常善于利用皇帝的权威，来张大自己的声势。熹宗这时还只是个十几岁的青少年，在宫中贪玩爱耍，喜欢做木工，盖小房子，盖了又拆，拆了又盖，不愿让别人打扰。每逢熹宗盖房子正在兴头上的时候，魏忠贤就指使人拿一大叠奏疏上奏，熹宗听了就说：“我知道了，你们去办吧。”这样一来，对任何事，魏忠贤就找几个外廷的官员做参谋，商量一下，爱怎么办就怎么办。试想，东林党的大臣们参劾魏忠贤的奏疏，等于是交给魏忠贤去作“朱批”，怎么会不遭“中旨”罚黜呢？“中旨”就出在魏忠贤手上。到天启三年（1623年），魏忠贤使趋附自己的“昆”、“齐”、“浙”党的人加入内阁，东林党的首辅和吏部尚书、都御史等，已经受到彻底倾轧和制约了。到天启四年（1624年）杨涟疏劾魏忠贤二十四大罪时，已经是强弩之末，根本没有劾倒魏忠贤的希望。随后，东林党人只得一个个被排挤出阁，或获罪被逐，朝政便完全由魏忠贤一手遮天了。
接着，魏忠贤与外廷的“昆”、“齐”、“浙”党（实际上已融合成听命于魏忠贤的“阉党”）内呼外应，诬陷东林党人“党同伐异，招权纳贿”，大杀东林党人。天启五年（1625年），东林党杨涟、左光斗等十七位大臣，被锦衣卫提拿回京，交镇抚司拷问，竟有十五人被酷刑拷掠，血肉模糊地惨死在狱中，只有高攀龙先期投水自杀，没有被捕受刑。一时“东林”被称为“奸党”，被魏忠贤令人按《水浒传》上的绰号，捏造出一百零八人的《点将录》，株连甚广。凡与东林党有瓜葛的人，几无不遭害。朝廷被弄得阴风惨惨，杀气腾腾。“浙党”乘机为“梃击”、“红丸”、“移宫”三案翻案，魏忠贤则借此把过去因“三案”而被罚的官员，全部起用复职，壮大了自己的声势。天启六年（1626年），魏忠贤又使人奏请修《三朝要典》，根据为“三案”翻案的理由与经过，按所需要的“曲笔”与“欲加之罪、何患无辞”的方式，为东林党定罪，写入皇家史册，做成铁案。
在魏忠贤得势以后，与东林党对立的各派官员，纷纷投靠到魏忠贤的门下，有的人甚至自称“侄儿”、“干儿”，形成了一股把持朝政的邪恶势力，被称为“阉党”、“珰党”或“魏党”。到天启五年秋，朝廷的内阁首辅、六部大臣以及各地的总督、巡抚，都已经遍布魏忠贤的党羽。于是，巴结魏忠贤的官员，纷纷上表为魏忠贤歌功颂德。到天启六年夏，就有人请为魏忠贤建“生祠”（即活人的纪念堂）。一时间，各地官员群起仿效，魏忠贤的生祠竟遍布天下。甚至把魏忠贤的生祠建到了京城的文庙旁边，“配享孔子”。到天启六年冬，魏忠贤被晋爵为上公，被拍马屁的官员呼为“九千岁”。此时，明朝的朝政大权，实际上已经完全落到了一个目不识丁的太监手里，皇帝的“傀儡”作用都已经可有可无了。
后世的史家，有人以为是明朝的“群臣互制”起了作用，但实际上，在魏忠贤“生祠”遍天下的时候，“群臣互制”的制度作用已经完全破产。客观地看，魏忠贤不敢篡皇帝位，可能主要还在于受到了传统观念与军事力量的制约。一则因为他是太监，历史上没有太监做皇帝的先例，他不能不顾虑天下臣民的不服；二则他并没有掌握足够的军队，明朝所封的藩王随时可能起兵“靖难”，他不能不怕；三则魏忠贤党羽的所作所为都是不得人心的，起“生祠”、呼“九千岁”都只是一时趋炎附势的假象，并不可靠。例如，锦衣卫逮捕东林党大臣时，江南已出现人民自发集合反抗的事件，他自己不能不心虚。总的来说，是因为魏忠贤的把戏，原本是“狐假虎威”，只有“虎”在的时候，“狐”才可以有威，一旦没有了“虎”，“狐”就没有威了。
在明朝的文官们忙于内斗、忙于给魏忠贤建生祠的这段时间里，北方的战场却已“全线崩溃”。原先担任经略的熊廷弼，在杨镐十万大军兵败以后，审时度势地采取据险固守的战略，力保危城，本来已经稳住了北方战线，但是，熹宗一登基，马上听信几个文官无是生非的参劾，认为熊廷弼“师久无功”，把他撤换回京问罪，而换上不熟悉边情、一心只想“收不战之功”、大量招收“降卒”当经略的袁应泰，结果，一位驻守沈阳的总兵，一下子收了被后金军派来做内应的十万“降卒”。到天启元年三月，后金军队进攻沈阳时，后金外攻，降卒内应，沈阳一攻即破，后金兵直逼辽阳。而袁应泰出城督战，“降卒”又开城内应，袁应泰只好自杀。结果，明朝的官员和将领，有的自杀，有的战死，辽东七十余城，都投降了后金，京师只得为之戒严。这时，明朝只好又派熊廷弼去经略辽东的同时，先派一个不知兵事的王化贞当巡抚。熊廷弼主张固守，王化贞则夸口自己能“以六万人荡平辽东”。两人意见不合，而朝廷的文官都附和王化贞。结果，熊廷弼驻守广宁，王化贞轻率地去进攻西平堡，部将投敌，全军溃散，大败后逃回广宁。熊廷弼只好分五千兵给王化贞，全师保护难民撤退入关。这一仗，失去了广宁和辽东四十余城，朝廷命逮两人回京治罪。按说，王化贞应负战败的罪责，但魏忠贤为了要诬陷东林党接受熊廷弼的贿赂，竟把一个知兵能战的熊廷弼冤杀了，王化贞反而被放过。后来，朝廷另派孙承宗做经略，用袁崇焕守宁远，才又暂时稳住了北方战线。
熹宗在天启七年（1627年）冬去世，他只活到二十三岁，还不到“三十而立”之年，故不能说是“短命”，只能算是“夭亡”。之所以会这样，明末的一些野史上说，是浙党的尚书霍维华进献了一种名为“灵露饮”的春药，使得熹宗长期服用，身体就垮下去了，死时，身体浮肿。明朝议谥叫他“熹宗”。中国二十四史上的皇帝，只有他得了这个“熹”字。熹字本有光明的涵义，但对他来说，只是“熹微，日欲暮也”，是明朝垂亡的象征。《明史》用这样几句话对他作了个结论：“以帝之庸懦，妇寺窃柄，滥赏淫刑，忠良惨祸，亿兆离心，虽欲不亡，何可得哉！”
五
明王朝的灭亡，除了这几位皇帝的失误以外，深层原因主要还在于皇帝高度集权的体制。可以说，明王朝并不是亡于李自成，而是亡于它自身。
李自成的农民军，既没有一个可以安天下的政治纲领，又没有稳固的后援基地，其军事力量原本不足以推翻明王朝。只是仅因为明王朝自身积累起来的许多弊病，造成了吏治腐败、官贪民困、藩王敛财、人心怨怼，加上朝廷长期内斗，主计失策，辅臣庸懦，经略无方，军饷不继，士气低落，形成总体力量的虚弱，这才使得李自成在到处迎降的情况下，长驱直入地攻入北京。从李自成“北京四十天”后便走向溃败的事实看，李自成之攻入北京，只是历史的偶然事件；明王朝的灭亡，没有李自成也是要亡的。其实，李自成即使成功，至多也不过是朱元璋的再版。他一进北京，急忙称帝，龙廷未稳，内斗已生，一听谗言，就杀功臣，拷掠索财，全无大志，既不防边，又不安民，有哪点比得上朱元璋呢？所以，李自成本人并不是一个能超越封建帝王思想的革命者，只是一个农民军的首领，“北京四十天”的历史过客。其攻入北京，不能算是成功；其“四十天的皇帝”，已兆其必然失败。即使当时与李自成一同领导农民起义军的李岩、宋献策、刘宗敏等人，也没有哪一个是能超越儒家文化意识牢笼的真正的革命者。他们的最高目的，无非是夺取明王朝的皇位，“打扫龙庭坐天下”，并没有“改弦更张”、“与民更始”、改变明朝体制与虐民敝政的打算。故其成败得失，实无足深论。
从根本上说，明朝的政体本身就蕴藏着危机。首先是作为最高独裁者的皇帝，只能是一个“圣心独断”的孤家寡人。而他一个人，无论如何伟大、英明、正确、神文、圣武、雄才、阴险、诡诈、残忍……总归是无法统治一个国家的。真正要“日理万机”，不到二十四小时就会把他累死。所以，他必须要有一个“朝廷”，有许多臣子来帮他做事。而且，在全国各地还必须有许多分支的“小朝廷”，去帮他管理地方行政。而要有人帮他做事、帮他管理，他就必须给他们一定的权力。因此，所谓的“高度集权”，本身就包含着“必须�