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从清廷颁发上谕承认义和团为合法团体短短半年时间里，直隶境内义和团迅猛发展，大批团民拥进京城。慈禧太后为防止“祸起肘腋”，并利用他们对付支持维新的洋人，于五月（6月）宣布义和团团民为“义民”，进一步采取安抚政策。列强对此大为光火，五月十四日（6月10日），英、俄、美、德、日、法、意、奥八国组成联军，共两千余兵力，从天津直扑北京。慈禧太后一下乱了神，急令袁世凯前往救助。二十一日（17日），八国联军攻陷大沽炮台。这一日，袁世凯接到率部赴京勤王的谕旨，慈禧太后要他向洋人开战。
乱中取胜（13）
高冕
斗争形势错综复杂。袁世凯面临极为艰难的选择：不派兵勤王吧，必得罪慈禧太后，将来没好果子吃；派兵勤王吧，必得罪洋人，经营多年的军事实力会消耗殆尽，来日往上爬的本钱就会化为炮灰。究竟如何是好？经过一个又一个夜晚的苦苦思索，袁世凯终于想出一个两头都不得罪的好主意：只派少量人马赴京勤王，避免与西方列强交战，保存军事实力。心明眼亮思路清，二十三日（19日），他向朝廷上奏，堂而皇之地说：京师乃天下根本，亟应提一旅之师星夜奔驰救援，待命阙下。同时，他又强调，山东省“为南北咽喉、海疆重地，而威海、胶澳英德逼处”，这两个列强包藏祸心，对山东正蠢蠢欲动，加之省内多处出现匪乱，人心很不稳定，恐内乱即起，英德等国趁乱吞并山东。因此，在这危急局势面前，他尽最大能力“凑集三千人”，派一名部将统率赴京。清廷见山东海防如此吃紧，不敢抽调他的人马，急令停止派兵，这对他来说，正中下怀。
二十五日（21日），昏聩的慈禧太后宣布向列强开战，实际上是拿羸弱大清的一国之力与整个西方阵营对垒。同日，他命各省督抚把“义民招集成团，借御外侮”。袁世凯深知大刀长矛甚至赤手空拳的团众，不是装备精良、训练有素的列强军队的对手，对朝廷意旨抗不遵命。在接到朝廷急令他增援天津的命令后，他以“职在守土”为由，拒不派兵。天津沦陷后，清廷严饬他派兵救援，他授意部将故意迟滞不前；十多天后北京告危，朝廷命他接济军火、派兵保卫京师，他借口拖延、不遵朝命。七月二十日（8月14日），北京沦陷于八国联军铁蹄之下，慈禧太后化装为布衣村妇带着光绪帝狼狈出逃。清廷火速谕令袁世凯率部驰援，袁世凯仍拒不遵命；忠于朝廷的部属张勋等人主动请缨，要求“马革裹尸”、“报君父之仇”，袁世凯认为此人憨愚可笑，不予同意。
袁世凯根本不信义和团能打赢八国联军，在联军侵犯北京之初就向两江总督刘坤一、湖广总督张之洞讨教应对局势之策，张刘两人都是主张镇压义和团的，因而抗旨不遵，自搞一套，私下与英国策划“东南互保”，后来两广总督李鸿章和美、德、法等国也加入“东南互保”大合唱。袁世凯对刘、张、李三总督的做法非常赞赏，在西方列强暗中策动下，于六月初也加入“东南互保”的大合唱。因此，他在北京告急甚至慈禧太后仓皇西窜之际无动于衷，也就不足为怪了。事后，袁世凯时常在部属面前自夸：“此次变乱，各督抚中如无我辈四人柱，国事尚可问乎？”他毫不客气，在保全半壁江山的功劳簿上为自己重重记上一笔。加入“东南互保”，既使袁世凯保存了军事实力，又使他名声鹊起，与刘坤一、张之洞、李鸿章三大名督并驾齐驱，俨然成为大清国中流砥柱。
袁世凯一面对义和团血腥屠杀，大批团民倒在其屠刀之下，一面对洋人竭力安抚，把洋人伺候得舒舒帖帖。自清廷宣战后，山东境内没有一个洋人被杀。英国驻烟台领事在一份报告中说：“我们目前在烟台所处的地位是相当稳固和平静的……我们之所以能够继续留在此地，我认为几乎完全是由于巡抚所采取的态度。……直到目前为止，山东没有被卷入那个势将席卷它的叛乱和掠夺的浪潮。”两厢默契，投桃报李，西方列强给予袁世凯以特殊报答。八国联军攻占天津北京后，袁世凯命人在省界上插了很多界碑，在村镇墙壁到处涂写“此山东境”四个大字。疯狂南侵的八国联军一看到山东界碑和村镇墙壁上“此山东境”大字后，勒住战马，不再进犯。山东的官僚、地主和乡绅见袁世凯如此神通广大，竟能让“四夷钦服”，不入山东之境，对他“齐声感颂，而顶礼日呼东省之福星广被矣”。远在广东冷眼看世界的李鸿章，也对袁世凯深表感佩：“京畿浪高风紧，山东风平浪静，袁家这小子真有一手啊！”
赫赫有名的清末“三屠”，袁世凯名列其中。总督张之洞花钱如流水，人称“屠财”；总督岑春煊最喜弹劾官员，人称“屠官”；袁世凯草菅人命、杀人如麻，人称“屠民”。袁世凯就是因屠杀义和团获得这一血腥称号的。
袁世凯心中烛然，抗旨不遵、不派兵或故意迟滞进兵，不会不使朝廷特别是慈禧太后有感觉。他挖空心思想了不少补救办法。他不愿损兵折将去打仗，却善于搜罗钱财表忠心。慈禧太后西逃后，他一边上奏叫穷，一边派骑兵急追千里送去十万两银子，接济逃亡中连饭也吃不上的老太后。之后，他又将截存安徽运解北京的饷银十一万六千两、江苏的五万零五百两，一并送去，借花献佛，向慈禧太后效忠。随后，又源源不断送去三十万两白银、几百匹贡缎和许多珍贵物品。逃亡期间穷困拮据的慈禧太后，见了一大堆白花花银子和众多珍品，对袁世凯的不忠疑云也就随风飘散。后来，慈禧太后命他向西安送军火，他立即照办，非常积极。总之，只要不让他消耗赖以升官的军事实力，叫他干什么都成。清政府与八国联军和约将成时，袁世凯表现得异常积极，派部将姜桂题率马步炮队北上，驻扎京城周围，为慈禧太后从西安回銮肃清障碍。在奉承大清国一号人物的同时，袁世凯还不忘博取其他大臣的好感。他与刘坤一、张之洞一起筹集两万五千两银子，进奉留京的大臣和追随慈西太后逃亡的官吏。袁世凯在如此艰险的情况下，送银子、送军火、送安全，其过人才干和耿耿忠心，赢得朝廷上下一片叫好声，博得“才堪应变”的美名。
乱中取胜（14）
高冕
光绪二十七年九月二十七日（1901年11月7日），直隶总督兼北洋大臣李鸿章病死。慈禧太后立即下令，由袁世凯署理直隶总督兼北洋大臣，袁世凯接印前由周馥暂时护理这个职位。
十月十一日（1901年11月21日），当山东巡抚不到两年时间的袁世凯，在唐绍仪等数十人陪同下，由一营亲兵护卫，八面威风离开济南，26日抵达高阳。此时，护理直隶总督的周馥派人携总督官印也抵达高阳。次日，袁世凯设立香案，举行隆重的接印仪式。因直隶总督衙门所在地天津仍被八国联军占据，袁世凯决定将总督衙门设于保定。当日，他挂总督印在保定走马上任。
其实，早在李鸿章病重期间，慈禧太后那双浑浊的老眼就已四下打量，普天之下，谁堪担当位同宰辅的直隶总督重任。
八国联军入侵前，拱卫京畿的是荣禄统率的武卫军。现在，这支武卫军大部已七零八落。在与洋枪洋炮装备起来的八国联军交战中，聂士成的武卫前军被全歼，荣禄亲率的武卫中军土崩瓦解，董福祥统领的武卫后军护送慈禧太后抵西安后因无饷无粮被迫遣散，宋庆麾下的武卫左军遭重创伤亡过半。大清国最具战斗力的武卫军中，逃过八国联军炮火之劫，惟一没有遭受损失的，只有袁世凯统领的武卫右军。再者，在八国联军洋枪洋炮淫威面前完全泄气的慈禧太后，此时做什么都得看洋人眼色，确定直隶总督人选，也不能不考虑洋人的态度。缔结和约时，联军开出一长列“战争罪犯”黑名单，原先甚至有她慈禧太后的名字，袁世凯却没有列入黑名单，这一点慈禧太后不得不加以考虑。
作为直隶总督人选，实力、忠心、洋人认可，缺一不可。现在，在所有文臣武将中，惟独袁世凯同时具备这三个条件。李鸿章清楚地看到了这一点。临终前，他在口授遗嘱里保荐袁世凯继任直隶总督兼北洋大臣之职，声称：“环顾宇内人材，无出袁世凯之右者。”因发热头昏而吃了大亏的慈禧太后，静心想来，觉得袁世凯此人的确是非常之才。她对李鸿章的识人眼光深表赞许。
在袁世凯巧妙操作之下，老太后甚至无法不相信，若是没有袁世凯就没有今日的山东，也就没有今日的中原，没有今日的东南半壁江山。十月二十八日（12月8日），慈禧太后以袁世凯“共保东南疆土，尽心筹画”、“卓著勋劳”为由，赏加太子少保衔。人们因此称袁世凯为“袁宫保”。
光绪二十八年五月初四日（1902年6月9日），年方四十一周岁的袁世凯，春风得意，双眸生辉。这一天，他被清廷实授为直隶总督兼北洋大臣，跻身封疆大吏之列，坐上大清国总督中的头把交椅，风风光光地戴上了饰东珠、衔红宝石的一品朝冠。
光绪二十八年七月（1902年8月），是清政府从八国联军手中接收天津的日子。朝廷与洋人都瞪眼看着，袁世凯如何赴天津去做直隶总督。八国联军将天津还给大清国，直隶总督衙门也得随之从保定迁往天津。但辛丑条约明文规定：八国联军交还天津后，清政府不得在天津租界二十公里内驻扎军队。天津租界地处市中心，这一规定等于剥夺了清政府在天津的驻军权，因为租界之外二十公里的范围，恰好将整个天津都圈划其中。市区内无一兵一卒是难以维持统治的，到头来还得由联军来维持秩序，直隶总督就得听命于洋人，天津实际上仍在洋人控制之下。清廷和洋人都盯着，看袁世凯如何对付这道难题，看你这个直隶总督怎么当。然而，接收当日，大出人们意料，三千名全副武装的巡警跟随袁世凯，浩浩荡荡开进天津城，一半留津，一半接管西沽、塘沽、山海关、秦皇岛、北塘等重地，将天津置于有效控制之下。洋人一下呆了，袁世凯哪里变出这么多警察来？中国迄今为止是没有一个警察的。他们认为，这些人必系正规军假冒。然而经过核查，发现这些穿着崭新警察制服的人，无一冒充，确是熟知警务的现代警察。原来，早在三个月前，袁世凯就想到了这一招，参照外国警察制度，在保定悄然创设了警务总局及五所分局，开办了巡警学校，招募训练警员。这些警员原本是训练有素的新军官兵，学会警察那一套无需花费多大力气。由于袁世凯带到天津的是警察，不是军队，外国领事对此找不出任何反对借口。这一招使洋人领教了袁世凯的手段，不得不佩服他的应变才能。袁世凯创办了中国的巡警制度，并以此为基础，将现代警察制度推向全省。
光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日）正当壮年的光绪帝先于慈禧太后死去。翌日，年逾古稀的慈禧太后病死。临终前，她留下数道懿旨，授醇亲王载沣为摄政王，摄政王之子溥仪为嗣皇帝，她死后军国大事均由摄政王裁定，重大事件面请皇太后（光绪帝皇后）懿旨。小皇帝溥仪年仅三岁，因此慈禧太后死后，实权落入摄政王载沣手里。载沣早有诛杀袁世凯之心。镇国公载泽、民政部尚书善耆不约而同向他进言：“此时若不速作处置，则内外、军政方面皆是袁之党羽；从前袁所畏惧的是慈禧太后，太后一死，在袁心目中已无人可以钳制他了。异日势力养成，削除更为不易，且恐祸在不测。”他们主张将袁严办。与袁世凯素有怨隙的亲贵、大臣纷纷出来推倒墙，无不支持除袁。载沣暗中就此事征求首席军机大臣奕的意见，长期接受袁世凯贿赂、且与之构成政治同盟的奕坚决反对，威胁道：“杀袁世凯不难，不过北洋军造起反来怎么办？”载沣又去听取军机大臣、太子太保、体仁阁大学士兼督办鄂境川汉铁路大臣张之洞的高见，张听了载沣的企图也直摇头，说：“主少国疑，不可轻于诛戮大臣。”这两人的意见是不能不加考虑的，袁世凯在政界党羽自不必论，最具战斗力的北洋六镇（一镇相当于后来一个师）就有五镇掌控在他手里。载沣优柔寡断、缺乏魄力，经奕一吓、张之洞一谏，竟不知所措，一再修改惩袁谕旨，最后接受张之洞建议，改为“开缺回籍养疴”。光绪三十四�