这一描述比“无法可想了……”更显真切地勾勒出信长的悔恨心情。但是这却是引用传闻，无法判明真伪。希隆怀着一本万利的梦想从西班牙来到菲律宾从事对日贸易，文禄三年（1594），他从肥前平户登上日本本土，这时已是本能寺事变后的第十二年了。希隆在日本停留期间，从曾经与信长交契的耶稣会传教士格列高里·；德·；赛斯佩德斯处听说了关于信长的情报。而据《耶稣会日本年报·；上》，传教士格列高里·；德·；赛斯佩德斯在本能寺事变的两、三日前在安土城下的神学院，政变当日回到美浓。美浓是信忠的分国，被允许传教，岐阜城下建有教会的设施。
信长与兰丸对话的时候，在马厩，战斗已经展开了。矢代胜介、伴太郎左卫门、伴正林、村田吉五等信长的近侍和小姓二十四人战死。矢代胜介是出身关东，以马术见长，在上一年（天正九年）才仕奉信长者。（《信长公记》）在甫庵《信长记》中，同辈们因为他出仕日浅，劝他说：“汝与他人不同，避开吧。”胜介不听，并嘲笑了他们，然后堂堂正正地战死了。
寄宿在京中町屋的汤浅甚介是早年就追随信长，在桶狭间和长篠都有战功的人。听闻本能寺遇袭，立刻赶来护卫。他从寺外向寺内突入，最终战死在御殿上，时年三十八。（《汤浅甚助直宗传记》）从京中町屋赶到本能寺护驾而战死的还有小仓松寿，他是信长的侧室於锅的与小仓右京亮（近江爱智郡高野城主）所生的次子（其兄甚五郎）。小仓右京亮本是六角义贤的家臣，因为暗通信长而被令切腹自尽。成为寡妇的於锅来到岐阜，被信长看中，娶作侧室。
信长所在的御殿也立刻陷入了殊死的搏斗，护卫信长的小姓们与冲入的大队敌人混战在一起，以森乱、森力、森坊三兄弟为首，小河爱平、高桥虎松、针阿弥（一云斋）等二十七人被杀。信长本人取弓放箭，仅仅放了两三发之后，弓弦绷断；再以长枪应战，结果肘部为敌人的长枪所伤。信长自知不免，遂命令身旁的女性逃出。这时，御殿上已经烈火熊熊，难以见到信长最后的身影。信长在御殿的深处自尽。随信长一起在本能寺战死的有名有姓者，计五十一人。（《信长公记》）
以上是《信长公记》中关于信长结局的描述，据说其作者太田牛一是取材自当时避难的女性。而《弗洛伊斯日本史》中的描述则与之不同：
“执行这一特别任务的人和士兵一起进入内部，找到刚洗完脸和手，正用手巾擦身的信长，就直接一箭射中其背部。信长拔出箭，拿起一种像镰刀一般的长枪，名叫薙刀的武器迎战。据说战了很久，信长的腕部被铳弹击伤，就退入自己的房间，关上门，在里面切腹了。又有人说他亲自在御殿上放火，被活活烧死了。然而因为火势太大，恐怕无法知道他究竟是怎么死的了。”
这里的记事与《信长公记》有很明显的不同：信长已经起身并洗完了脸，背部中箭，使用的武器是薙刀，后来受的伤是铁炮伤并且部位在腕部。政变发生时弗洛伊斯并不在京，而远在九州肥前的口之津（今长崎县南高来郡），当然不可能目击这一大事。但是在本能寺东仅200米处的室町姥柳町有一座耶稣会的教堂。此教堂是在信长的关照和村井贞胜的援助下，于天正四年（1576）七月竣工的，在当时是罕见的三层建筑，并曾因此让京内的百姓感到被自上而下窥视而遭抗议。政变时，教堂内的常驻人员是司祭加里扬和修道士罗伦索、贝尔特拉迈斯三人。在加里扬司祭为准备当天早晨的弥撒而更换服装时，有信徒赶来，告诉他外面出大事了，小心静观为妙。这时就听到枪声，见到了火光。（《耶稣会日本年报·；上》）
弗洛伊斯关于信长结局的记录，是基于在近处目击的加里扬等教会相关人员的证言。与《信长公记》的记述矛盾应该是现场情报十分错综复杂的缘故。
以上都是出自信长方面的记载，现在我们反过来看看进攻的明智方的描述，就是前面提及的明智军士兵本城惣右卫门的回忆录《本城惣右卫门觉书》。作为进攻的参与者，他的回忆有很强的临场感：
“明智谋叛，逼信长公自尽的时候，要说有比我们更先闯入本能寺的人，那全是吹牛。因此这事我最清楚。当时我们怎么也没想到结果是令信长大人切腹了。
惣右卫门自负是率先闯入本能寺的人，却不知道行动的目的是去杀信长，可见光秀彻底的情报管制。
“我们连本能寺都不知道。我们一队人中有两个是骑马的，要说是谁的话，是斋藤内藏介殿的一个儿子和一个小姓。大家就跟在他们后面前往本能寺，随他们向北走，再沿着南堀际向东，到了本道。那里的桥上有一个人，我们取了他的首级。
惣右卫门等士兵不知道本能寺，于是就跟着两个骑马的武士走。其中一个是宿老斋藤利三的儿子。利三有子四人，从长至幼分别是佐渡守利宗、稻叶出云守（继承母方的姓氏）、与惣右卫门、七兵卫，这里不知指的是谁。惣右卫门所在的一队似乎是沿着本能寺西端的油小路大道，或者更西面的堀川大道北上的，到了本能寺的南端再沿南堀际东进。所谓“本道”，推测应该是本能寺东端所在的西洞院大道。在“本道”的桥上杀了一个人，那恐怕是本能寺东南角的番所。既然有桥，应该是在河上，也许就是堀川的支流西洞院川，一条沿西洞院大道南北流向的河流。如果从这里过桥，惣右卫门等应该是从本能寺东侧的门闯入的。
“入寺内的时候，大门开着，连一只耗子也看不到。我进去的时候还提着那个首级，从北面进来的弥平次殿和一位母衣众命令把割下的首级都扔掉，我就把它抛在堂下了。进入外层的时候，广间里也是一个人也没有，尽是挂着一些蚊帐。
本能寺开着门，看不见人影，几乎处于无防备状态。明智军中下令把已经斩获的首级都扔掉，惣右卫门就照办了，那个首级应该就是前面在桥上被杀的人的。惣右卫门所谓的“外层”，应该是指御殿的外围。广间里面只是吊着很多蚊帐的描述也很真实，当时旧历六月二日折算是公历的6月21日，已经是将近盛夏的时节了。
“我们在厨房里捉到一个留着下发（女子发型，把头发束起垂在背后），穿白衣的女子，没有看到一个武士。我们只知道有身份的人才穿白衣，就把她交给斋藤藏介殿（原文漏一‘内’字）。正找不到人，有两三个穿着肩衣，把下裳的左右两边收到股立（下裳左右跨骨处的开口）里的近侍走进堂内，被我又取了一个首级。这个人是独自从里面的房间走出来的，他披着浅黄色的帷子（夏天在随便场合穿的单衣），连带子也没有束，拔着刀。我们躲在蚊帐的阴影里，他没有发觉，从旁边走过时，被我从身后砍倒。连同刚才的那个，一共是两个首级，我因此被赏了一柄长枪。”（《本城惣右卫门觉书》）
惣右卫门等士兵并不知道行动的目标是谁，只是看穿白衣的人抓。而本能寺内的侍卫几乎没有，令惣右卫门也感到出乎意料。
惣右卫门的回忆在细部上描写得很详细、真实，但是他没有遭遇信长。下面我们来看看同为明智方，与信长交手的天野源右卫门的情况。源右卫门就是前面提到的那位在东寺附近滥杀农民的部将。
“信长公自尽于本能寺时，自塀重门闯入御座间的大庭内的明智家士有箕浦大藏丞、古川九兵卫、安田作兵卫。信长公穿白色单衣，先用弓箭应敌，因弓弦崩断，便寻枪来敌。一个二十七、八岁的着红色帷子的女中（女佣人）取来去鞘的十文字枪，信长公持枪跃下广庭，与三人厮杀。三人一直把信长公逼到房间内，房间内的蜡烛还没有熄，信长公的身影映在障子（日本房屋的移门，纸隔扇）上。安田作兵卫用长刃的枪照此影穿透障子刺去，刺伤了信长公的右腹。信长公遂入寝殿自尽。”（《翁草》第三十三卷）
引文中的安田作兵卫就是天野源右卫门。同书中说天野源右卫门因弑信长而被秀吉追捕，所以改名安田作兵卫。信长先以弓，断弦后换枪应战的记述与《信长公记》一致，而信长自御殿上一跃而下与明智方的三武士厮拼的记载则为《翁草》所特有。但是这里最有疑点的就是源右卫门隔着障子刺伤信长一说，如果真是这样很有可能取得信长的首级，而后来不应该连信长的遗骸也找不到。而且《翁草》成书于明和九年（1772）至宽政三年（1791）间，因此这一点上，还是《信长公记》和《弗洛伊斯日本史》的记述比较可信。
●被卷入政变的诚仁亲王
前右大臣信长虽然已经自尽，但是兵变还没能结束，因为信长的嫡子信忠此时还活着。
信忠宿于本能寺东北面的妙觉寺，与本能寺之间的直线距离约六百米，沿街道而行，实际距离大约有八百米左右。值得注意的是，妙觉寺在最初并没有被明智军包围，信忠在得知光秀谋反之后，立刻离开了妙觉寺。在这一过程中，也并未遭到明智军的任何阻拦。而京都所司代村井贞胜父子三人从其宅邸赶来与信忠会合，也没有遭到明智军的阻截。
村井告诉信忠：“本能寺已经陷落了，在叛军还没赶到此处前，殿下应该尽快前往二条御所。”信忠得知救援本能寺已来不及时，放弃了原来的打算，决意避往二条御所。（以上见于《信长公记》第十五卷）
村井是怎么得知本能寺已陷落的情报的呢？京都所司代官邸的准确位置虽然现在不得而知，但是据《惟任谋叛记》中“村井入道春长轩家在御门外，闻御所（本能寺）震动之声，只道是部下争斗，未备武具便走出察看”的话来看，应该近在本能寺门外。另，可信度比较低的通俗读物《明智军记》中称村井宅为“堀川馆”，而堀川大道是在本能寺西面的第二条南北道路（第一条是油小路大道）。
更为奇怪的是信忠的决定，为什么不在明智军杀到妙觉寺前离开京都逃往安土，而选择了在二条御所困守待毙？在《当代记》中，对此有详细记载。当时近臣们劝信忠退往安土，然后兴兵讨伐光秀，但是信忠说：“谋这等大逆的贼党们，必定已把守了各个要道路口，一旦途中遭遇就不妙了，还是不要作徒劳的移动。”于是决定留在二条御所坚守了。
然而光秀谋反的意思隐藏得很深，明智军的一般士兵有的可能对于行动的目标还不甚明确，更主要的是光秀根本不可能有作信忠所认为的那种周密布置的时间。因此如果想逃回安土，并非那么困难。《当代记》的作者对信忠的自就死地深为叹惜。
二条御所是正亲町天皇的储君诚仁亲王的御所。名义上，当时诚仁亲王只是皇子，但是由于信长致力于扶植诚仁亲王继承皇位，因此亲王的地位越来越高，甚至当时奈良兴福寺的子院莲成院的僧人在记录中就直接称亲王为“今上皇帝”、“主上样”，后世一般也都把搬入二条御所后的诚仁亲王视为“事实上的天皇”。相对于称作“上御所”的禁里，二条御所被称作“下御所”。位于与妙觉寺紧邻的东面，这里以前曾经是二条家的宅邸，在应仁大乱中被烧为白地。信长上洛之后，命村井贞胜在此修建屋馆，作为信长在京都的居处。（《信长公记》第九卷）天正五年（1577）完工，两年之后，信长将其赠送给诚仁亲王。由于最初是作为信长的居所而建造的，因此二条御所相当坚固，这恐怕也是信忠等舍妙觉寺而入二条御所的着眼点之一。
那么，在二条御所的信忠军一共有多少人呢？
按《惟任谋叛记》的说法，信忠入二条御所时仅有五百人，而信长的马回众中宿在各处旅店，没有入本能寺的陆续汇拢来，信忠军合计约“一千余骑”。这个数字可能还是多的，如甫庵《信长记》中说信忠的兵力“不过二三百”，《织田军记》中则称“上下人数仅三百计”，《明智军记》中是“兵五百余人楯笼”。
另外，二条御所方面，据《晴丰公记》的记录，当时在御所内的主要人物有：
〖亲王一家〗
诚仁亲王
皇子若宫和仁（后来的后阳成天皇）
二宫（后来的空性法亲王）
五宫（后来的兴意法亲王）
御阿茶茶局（诚仁亲王妃，劝修寺晴子）
〖公家众〗
飞鸟井雅教（权大纳言）
飞鸟井雅继（正五位下左少将，雅教之孙）
庭田重通（权中纳言。※也有可能是其父庭田重保）
高仓永相（前权中纳言）
中山庆亲（