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加尔文何以急着要将塞尔维特判处死刑？他为何不满足于更加节制的胜利，比方将敌手驱逐出境，或其它诸如此类的侮辱？加尔文之憎恨塞尔维特，并不强于他之憎恨卡斯特利奥，以及旁的反对他权威的人。不论是谁，只要教导旁人的方式与他的倡导不同，他必会充满憎恨，因他那样暴君般的气质，总会本能产生如此的仇恨。因此，若他对塞尔维特尤其愤怒，必欲抓住时机置之死地而后快，这绝非私人积怨，而全出于政治动机。这米圭尔？塞尔维特反叛他的权威，要给另一个反对加尔文正统教义的人充当替罪羔羊。那人便是耶罗尼米斯？巴尔塞克，前多明我会修士，加尔文也曾企图将他当个异端消灭掉，却幸而漏网，叫加尔文大为烦恼。这巴尔塞克当过日内瓦显贵的家庭医生，因之颇受尊敬；他使用伊拉斯谟攻击路德的观点，公然攻击加尔文学说当中最为薄弱易伤的一点——便是他僵化的预定学说。这两个“异端”都宣称，上帝既是一切善的本原，便绝不可能甘于成心驱使人类做坏事。人人都知道伊拉斯谟的推理如何令到路德大发雷霆；而这宗教改革最著名的斗士，这恶语咒骂的大师，又如何劈头向着那位年迈的哲人破口大骂。然而即便如路德那般粗野狂暴、凶猛易怒，毕竟要提出逻辑上的理由反对伊拉斯谟，没想过因伊拉斯谟向预定学说挑战，便将他拽到个世俗法庭去。可加尔文狂热地笃信自己一贯正确，在他看来，每个对手全得当成异端待。他觉得，不承认他的宗教教规，就如同犯了国事大罪一个样。因此，他绝不用神学争论回答巴尔塞克，而是将批评自己的人送进监狱。
然而，他本想拿耶罗尼米斯？巴尔塞克杀鸡儆猴，不料却遭到了败绩。许多日内瓦人都清楚，这学问渊博的医生敬畏上帝；诚如在卡斯特利奥事件里一样，加尔文在巴尔塞克事件当中的做法，适足以令人怀疑，他是想除掉一个不完全臣服他意志的人，好在日内瓦建立他的独夫统治。巴尔塞克在狱中写的抗诉状，以手抄本的方式大肆流传；而且，尽管加尔文大叫大嚷，市行政会依然害怕将罪犯判成异端罪。为逃避这恼人的决定，他们宣称自己无力处理宗教问题，拒绝越权审理神学事件。无论如何，行政会成员们指出，这问题太嫌棘手，必得求到瑞士其它改革派教会的正式意见才行。这请求便救了巴尔塞克，因苏黎世、伯尔尼和巴塞尔的改革派教会私下里早准备好，要给他们日内瓦的狂热同事一次挫折。他们一致拒绝将巴尔塞克的言论判为渎神。市行政会便宣判被告无罪；加尔文无法加害于他，只好满足于行政当局的一纸决定——将巴尔塞克赶出日内瓦。
惟有成功进行一次对异端的新控告，方能叫人们忘却加尔文的神学至高地位曾如何给人成功置疑。对塞尔维特的胜利，必是会补偿独裁者清除巴尔塞克时的失败；而对付塞尔维特，成功的机会更多。塞尔维特是个外国人。不似卡斯特利奥跟巴尔塞克，他在日内瓦没什么朋友，也没人崇拜他、帮助他。况且几年以来，他对三位一体的卤莽攻击，他那挑战式的风格，都叫各地的改革派教士们深受伤害。这没相干的家伙不存在后台，拿他惩一儆百便容易得很。从起初开始，审判便满带政治色彩；这是关系到加尔文是否能够统治的问题，这是关系到他是否能够作为精神独裁者推行自己意志的竞争。若是加尔文只想把塞尔维特当作私家仇敌和神学对手除掉了事，这简直易如反掌：日内瓦的审讯刚刚开始，法国司法当局便派了个使者来，要求把这流亡的人引渡到维埃纳，因他已在法国被判死刑，绞台已经为他准备停当。对加尔文而言，这诚为一个绝妙良机，既好显示他的宽宏大量，又能除掉他痛恨的对手。只消市行政会批准引渡，则在日内瓦，讨厌的塞尔维特事件便会就此结束，几世纪来对于审判烧杀这位独立思想家的公愤，也便会落在天主教宗教法庭的头上。然而加尔文反对引渡。在他看来，塞尔维特不是要给判刑的人，倒是一个目的，可借以明确表明他的教规不容侵犯。塞尔维特算不上个人，只是一个象征。因此，法国使者只好怏怏而回。这新教的独裁者决意将审判置于他的裁判之下，好教各色人等一概确信，忤逆他加尔文大师，会如何大祸临头。
加尔文在日内瓦的朋友们，正如他的敌人们一样，很快便看出来，塞尔维特案件单单是这独裁者权力的一次试验。因此，他的那些朋友，自然跟敌人们一样，要尽力阻止加尔文得逞。在相互争竞的政客集团眼里，不幸的塞尔维特只是一件工具而已，他像根撬棍，兴许会把那暴君推翻。他们绝不关心，这撬棍是否会断在他们的手里。而那些塞尔维特最好的朋友，只是让他们保护的人处境更糟，因他们散布的那些不实情报，徒增塞尔维特歇斯底里般的兴奋；而他们秘密转给犯人的信件，还极力怂恿他强硬抵抗，这也不能不铸成大错。他们感兴趣的，惟有叫审判尽量轰动：塞尔维特越为自己辩护，对加尔文的攻击越狂暴，就越妙不可言。
天啊！实在不需要激励塞尔维特，叫他满心的疏忽大意。长期囚禁的痛苦，令到这动辄暴跳如雷的人大发雷霆，因加尔文不能不清楚，塞尔维特的待遇恶劣之极。虽则他认为自己清白无辜，然而足有几个星期，他像个已决的杀人犯，被关在寒冷潮湿的监号里，手脚都上了镣铐。衣服变成了碎片，挂在他冻僵的身上；没有内衣可以换，也不管他最起码的卫生要求。谁也不给他哪怕是最低限度的帮助。痛苦之下，塞尔维特上书行政会，吁求较为人道的待遇。他写道：“跳蚤快要活吃了我；我的鞋子碎成片，也没有干净衣服能换洗。”
于是行政会打算改善塞尔维特的境遇。就在这时，一只神秘的手止住了他们——我们只能猜想，正是这只手扭转了方向。结果，这勇敢的思想家，这独立的学者，只好在监号里烂下去，如同一条癞狗趴在屎堆上等死。过了几个星期，犯人又发出了第二封信，其中痛苦的呼号更其悲惨，他直截说道，他自己的粪便快熏死他啦。“求你们为了基督的爱，像是你们会给予突厥人或者罪犯一样的待遇，也莫要拒绝给我罢。你们下令说要保证我干净，然而毫未实行。我的境况比从前越发的可怜。无法照料我身体的需要，这真是极端的残酷！”
然而依然毫无反应！于是，当他从那脏兮兮的窠里再度被带上法庭，他勃然大怒，这又何需吃惊？他镣铐加身，穿的是恶臭的布条，面前的法官席上却坐着他敌人的魁首——这加尔文，身上的黑袍干干净净，镇定自若，冷酷无情，美美睡过了一觉，早做好大战一场的准备；这加尔文，如今犯人正想着跟他讨论问题，而且是精神对精神、学者对学者地讨论；这加尔文，却把塞尔维特骂成罪人跟杀人犯——这样，面对着加尔文，塞尔维特怎能不勃然大怒？他们拿最最卑鄙恶毒的问题和暗示戏弄他，甚至问及性生活之类纯粹的私事；害得他大发雷霆，备受折磨，于是失去了控制，要以痛骂回答这般无耻的讯问，向他的原告口吐恶言，又如何能够避免？连夜不眠，害得塞尔维特疲惫不堪。如今，带给他如此非人待遇的家伙，只好领受他的一串痛骂：
“你否认是个杀人犯？我就来拿你的所作所为证明给你看。至于我，我坚信我的事业出于正义，我不惧怕死亡！瞧你尖声叫嚷，活像个旷野里的瞎子，因为复仇的怒火在你的心里燃烧。你说谎，你说谎，你个无知的诽谤者！你要把别人逼死，心里充满了愤怒。但愿你的全部巫术还留在娘胎里，我好能列得出你的错误！”
出于这冲天的愤怒，不幸的塞尔维特忘了自己的处境那样软弱无力。他的锁链叮当作响，满嘴唾沫四溅，他要求行政会，要求他的法官们，莫要判他的罪，而该给日内瓦的独裁者加尔文，判个破坏法律罪。
“他这样的巫师，不光应该揭穿他的罪行，判定他的刑罚，他的财产也该收来赔偿给我，因他害我受了损失！”
不用说，那般可敬的行政会委员，早被这样的场面和话语吓得胆战心惊；这清瘦苍白的家伙，胡须脏乱，目光如炬，操一口南腔北调的法语，竟然对他们的基督教领袖进行了可恶的谴责。他们只能认为他魔鬼附体，受到撒旦的役使。越听他讲话，他们对他的态度便越是不利。事实上审判已经结束，剩下的惟有给被告定罪而已。然而加尔文的那些暗藏的敌人，还想把这案件拖延下去，依然企图尽力阻止那独裁者成功将对手定罪的胜利。他们又打算竭力营救塞尔维特，便按照巴尔塞克案中的做法，去征询其它瑞士改革派宗教会议的意见。私下里，他们希望着还与上次一样，能够将加尔文教条主义的牺牲者，从这狂热分子的魔爪下面解救出来。
然而，加尔文深知他的权威已经遭到摇撼，很有崩溃的可能。对他而言，关键在于避免第二次受到挫败。于是他采取相应的措施，趁他的牺牲者还在狱中腐烂，便派遣了一系列使者前往苏黎世、巴塞尔、伯尔尼和沙夫豪森的宗教会议，对这些团体的意见施加影响。信使给迅速派到境内的各处，朋友们给调动起来，警告自己的同事，莫要协助这邪恶的渎神者逃脱审判。人人知道，塞尔维特破坏了神学世界的和平；同时，自从茨温利与比塞那时以来，新教的欧洲无不对这“厚颜无耻的西班牙人”深恶痛绝，因此加尔文的阴谋便得了助益。结果，是瑞士的宗教会议一致宣布，塞尔维特的观点错误邪恶。然而即令如此，这四个宗教团体，竟全都不曾直截要求判处死刑，更遑论赞同死刑判决。他们只是原则上认可任何可能采取的严厉措施而已。
苏黎世写道：“此人如何处罚，悉由你们明断。”伯尔尼则答道，日内瓦的法官可“借由智慧与力量之精神”，便能服务于他们的教会和其它瑞士教会，让他们都“自这一瘟疫当中”解脱出来。而提及此事是否要由暴力处理，信中以较为和缓的语气告诫道：“我们相信，你们决定采纳的行动，决不至不合乎基督教市行政当局之所为。”加尔文征询意见的宗教会议，竟全不敢公开要求通过死刑判决。然而这些教会毕竟通过了对塞尔维特的法律程序，加尔文便觉得，它们自会首肯那不可避免的后果；因为它们忸怩作态、模棱两可，这便令到加尔文的行动无所约束。一旦加尔文无所约束，他的打击便会冷酷果断。如今，各宗教会议的意见已经送达，那些暗中帮助塞尔维特的人还是徒然努力到最后一刻，企图阻止判决。佩兰和其他共和派，向最高权力机关两百人行政会提出呼吁。然而为时太晚，甚至加尔文的敌手们也觉出，继续的抵抗不啻冒险。十月二十六日，小行政会以高等刑事法庭名义，以多数票判处塞尔维特活活烧死，这一残酷的判决将于次日在尚佩尔高地执行。
一个又一个星期过去，塞尔维特与外界隔绝，沉迷于过高的希望当中。他本来极富想象力，那般所谓朋友的私语更加叫他七颠八倒。他心里的幻想日益极端，竟至于笃