建议。回到丹麦之后他看到了他自己决定的正确。从德国和中欧其他国家逃亡出来的难民需要他，他的研究所需要他，丹麦也需要他。
5月31日，希特勒建议用互不侵犯条约来代替斯堪的那维亚国家的中立。丹麦接受了这个建议，虽然完全知道这个条约一文不值，而且带有屈辱性。丹麦自己太微弱了，欧洲列强也不会给它以强有力的保护，因此，它不能为了取得精神方面的胜利而招来一次入侵。
到了秋天，欧洲形势越发紧张，约翰·惠勒夫妇来信表示，愿意在战争期间收养玻尔的一个儿子。玻尔答应了，但把这个邀请保留到以后非如此办不成之时。
后来发生了波兰的苦难。玻尔对人说道：“我们知道，波兰的灾难任何一天都有可能降临在丹麦头上。”
1940年4月丹麦的灾难终于来临。当时，玻尔正在挪威讲学，4月8日是玻尔巡回演讲的最后一次。之后，他与挪威国王哈康七世共进晚餐。玻尔发现，国王和政府官员都在为德国入侵的前景而心情沉重。饭后，玻尔登上了开往哥本哈根的夜车。
列车中的旅客都在睡觉，玻尔则根本没有睡。挪威国王的忧虑引起了他的思考。他预感到，丹麦的灾难也许立即就要来了。果不其然，途中，丹麦的随车警察敲打着各个车厢的门，把熟睡中的旅客叫醒，通知大家：德国人不但入侵了挪威，而且也入侵了丹麦。消息驱走了睡意。尽管每个人都有精神准备，但消息在这样一个环境中传来，还是让大家感到有些突然。
前天夜里，2000名德国士兵预先躲藏在了停泊在丹麦朗厄利尼附近的运煤船里。朗厄利尼，也就是安徒生童话《小人鱼公主》中提到的那个码头。4月8日傍晚，这2000名士兵突然冲上岸来。这种戏剧性的情节完全出乎人们的意料，以致大街上下班的人们还以为是什么人在拍电影。
与此同时，一支德军主力部队则向北进军，越过边界，进入丹麦。
挪威人进行了抗击，决心让国王、大臣们和国会有时间逃亡出去。丹麦也有人在抵抗。哥本哈根大街上在清晨已可听到清脆的枪声。但在他们平坦的国土上，德国的机械化部队的推进很是容易。国王克里斯琴十世命令居民放下武器。
当玻尔的列车到达这个国家的首都时，所有的行动都已经结束。
美国驻丹麦大使馆很快就传话过来，说它可以保证把玻尔一家安全地送到美国去。
玻尔再一次以责任为重，决定留下来。第一位的工作：必须把曾经协助数以百计的难民逃出的难民委员会的档案烧毁，以免落在占领军手里。随后，他与哥本哈根大学校长和其他丹麦当局的官员紧急联系，保护自己研究所中那些可能受到德国人迫害的人员。接着，玻尔去找政府官员，坚持要政府领导全国人民，共同抵抗德国人要在丹麦通过反犹太法案的任何企图。
玻尔的努力取得了成功。这除他的卓越工作的因素以外，还有德国军事政策需要这一因素。
德国需要丹麦的粮食和其他农牧产品。丹麦一年之中可为360万德国人提供肉类和黄油配给。丹麦的农业是劳动密集型的小农场农业，这决定，德国人只能在丹麦的农民们，更广泛地说在整个丹麦居民们同占领当局合作的情况下，才能使这种供应继续下去。为此，德国需要保持这个国家的相对稳定，避免引发激烈的抵抗运动。这样，纳粹容许丹麦保持立宪君主制，并由国王继续统治他的臣民。作为同意在外国占领下进行合作的代价，丹麦人赢得了一项特殊的报酬：丹麦犹太人的安全。这次要求是站得住脚的：这些犹太人首先是丹麦公民，因此，他们的安全是国王必须考虑的——这也是对德国守信用的一种考验。
丹麦的犹太人得到了保护。
玻尔还利用丹麦这一独特地位，尽其可能，帮助那些需要帮助的欧洲难民。
他的研究所也保留了下来。
这里有一件有趣的逸事。在丹麦被占领玻尔回到自己的荣誉宫的当天，还有时间想到了他的两位朋友马克斯·冯劳厄和詹姆斯·弗兰克托付给他保存的诺贝尔金质奖章的事。在德国占领的丹麦，把黄金弄出国外是严重的刑事犯罪行为，而且，他的朋友们的名字还刻在奖章上。把奖章藏起来并不是困难，但最后能不能保住它们却是另外一回事。德国法西斯是穷凶极恶的。他们会翻箱倒柜、掘地三尺，把它们找出来。自己受连累还是事小，辜负了朋友的重托事大。怎么办？最后，玻尔想出了办法：把奖章溶化在酸里。他把两枚奖章分别放进了两个装了浓酸的深色瓶子里。结果，这些装在不加标记的瓶子里的黑色溶液，在日后玻尔离开的整个战争时期，一直安静地放在实验室的架子上。后来，诺贝尔基金会把它们进行了处理，用分解出的黄金，重新加以铸造，并把新做成的奖章归还了各自原来的主人。
第四部分：英美核开发的新进展哥本哈根师生会
丹麦的独特状况持续着。
1941年的9月份，玻尔碰到了一件意想不到的事。
在莱比锡，维尔纳·海森堡收到从诺斯克水电厂运来的第一批40加仑的重水。他立即着手进行了另一次的实验。上一年，在达雷姆的“病毒室 ”的链式反应实验没有成功。这一次，他的实验成功了。
这时，他还做了另外的实验：在天然铀中利用持续链式反应繁殖94号元素。这次实验使他想到：“我们前面有一条畅通之路——它通向原子弹。”
他害怕了，决定去找玻尔。
他怕什么呢？怕德国先于与它交战的欧美民主国家制造出一颗原子弹？或者，怕与德国交战的欧美民主国家先于德国制造出一颗原子弹？
他带着一丝惆怅——他已经很长时间没有见到“父亲般的”老师了。如今，大家各为其主、天各一方。他有些想念自己的老师了。
他还带着三分的恐惧。他怕老师不再认他这个不肖的学生。他知道，老师的反纳粹思想是根深蒂固的，十分强烈的。这样一位师长，能够容忍一个为法西斯效力的弟子吗？
此时此刻，见自己这样的一位老师，到底目的何在？要讲些什么？
起程时，他的思绪与他的情绪一样地复杂而不可捉摸。
海森堡是借当年10月哥本哈根召开一次科学会议的由头去见玻尔的。
我们前面所讲玻尔意想不到的事，就指的是这件事。
玻尔像他抵制所有丹麦和德国的联合活动一样，也照例抵制了这次会议。不过，他却答应见见海森堡。
海森堡的一个顾虑打消了。
玻尔热情地接待了自己的学生。
不管海森堡的思绪有多么混乱，但有一点他是明确的，那就是他一定向玻尔谈原子弹的问题。
海森堡计划把他和玻尔的重要谈话留在晚上，那时，他们将在靠近卡尔斯堡荣誉宫的酿酒厂附近长时间地散步。
尽管谈话的主题已经确定，但海森堡的脑子却异常混乱。他对老师的为人是了解的，相信玻尔绝不会把他们的谈话内容报告给盖世太保。他也不相信盖世太保有那样的高超本领，会在玻尔的身上安装一个窃听器而不被玻尔发觉。但是，他在开口之前忽然想到，事实上情况是复杂的。如果他直言不讳地把关于原子弹的问题的心里话都讲出来，保不住会有什么麻烦。纳粹不但凶狠，而且诡计多端。这样，在开口前一分钟，他决定了战略：迂回地把心事讲出来。
于是，他道：“您看，在战时，物理学家应不应该研究铀的问题？”
玻尔没有立即回答他。
于是，海森堡又加了一句：“您知道，这种工作有可能导致军事技术方面的严重后果。”
玻尔从美国回来以后，一直不相信原子弹实际上是可能制成的。在此情况之下，海森堡的问话立即引起了玻尔的警觉，这样他不由自主地愣了一下。
玻尔的这一动作立即被海森堡发觉了。对此，海森堡后来回忆道：“我从他的略带恐惧的反应上就知道他懂得了这个问题的含义。”
很明显，海森堡理解错了玻尔的这一反应。他错误地认为，玻尔由于知道美国的秘密而对这个心照不宣的揭露感到内心有愧了。
但是，玻尔紧接着的反应使海森堡明白了，玻尔只不过是为海森堡的透露感到吃惊而已。因为玻尔立即问海森堡：“你认为原子弹的制造是可能的？”
海森堡明白了老师的意思，立即回答道：“技术上的努力就可能使这种可能性大大增强……”
玻尔再一次表现了震惊。
很明显，玻尔认为，海森堡传达的信息表明，德国在制造原子弹方面已经取得了很大进展。
实际上，海森堡知道，德国现在的核计划的进展还停留在理论上，他所讲的“技术上的努力”那是未来的事。
海森堡知道自己的不贴切的阐述给玻尔造成了错误的印象，随后，他便力图纠正这个错误的印象。可实际上，他没有成功。接下来谈话变得不愉快起来。
谈话渐渐地转到了政治学方面。海森堡急于表白自己，他甚至用再明确不过的话为自己洗刷。他说：“在感情上，一个人与他的国家和人民的联系，并不等于他同那个国家政权的联系。”
玻尔听了海森堡的话，立即道：“在战时，我完全理解，一个人应该以他的全部能力和精神，为他的祖国而工作。”
海森堡当时是敏感的。玻尔的话，他没有从正面加以理解，而是理解为：玻尔把他的学生看得其坏无比，认为自己的这个学生实际上是心甘情愿地为纳粹而工作。
在此情况之下，海森堡从怀里掏出一张图纸，把它塞在了玻尔的手里。
玻尔当场没有看那是什么。
回去后，玻尔发现，这是一张德国正在研究建造的实验性重水反应堆图纸。
关于这张图纸，便有了两种可能：一种可能是，海森堡给了玻尔这张图纸，是冒了生命危险的。这张图是向玻尔表明，德国的核武器研制，还处在初级阶段。他是想通过此举让他的老师放心。
另外一种可能是，海森堡在玩弄手段，他在与纳粹合谋，以便通过玻尔把盟国的谍报人员引入歧途。
玻尔吃不准是哪一种可能。
但有一点，玻尔一直怀疑，任何国家，特别是在战时，能够经得起耗费那么多工业生产能力来进行同位素的分离。他看了海森堡的那张图纸之后，风趣地对别人说：即使德国人能够运用那个建设中的重水反应堆实现链式反应，他们总不能隔着海峡把它扔到英国去。
第四部分：英美核开发的新进展一次闯入
这事过后不久，玻尔又经历了另一件离奇的事。
一天傍晚，荣誉宫附近响起了一阵清脆的枪声。不一会儿，街上似乎发生了一阵骚乱。玻尔的看门人打开大门正想看清楚外边究竟发生了什么事，就发现一个年轻人匆匆跑过来，将身子紧紧地靠在了大门的墙角上。那人用一只手使劲地捂着另一只胳膊，鲜血从他捂着的那只手的手指间涌了出来。血已经流满了那人的衣襟和裤子，也滴在了地上。
看门人正不知所措时，他看到了玻尔。
不由分说，玻尔把那人拉进了院内，并让看门人关上了大门。
玻尔夫人也被惊动了。她和丈夫一起立即给那个年轻人包扎伤口。
在玻尔扶那人进院时，那人似乎并不想进来。他嘴里喃喃道：“这会给你们带来麻烦……”
年轻人的这些话，似乎越发坚定了玻尔接纳这位不速之客的决心。
可正在包扎之时，有人在使劲儿地敲院子的大门，并传来粗暴的吆喝声。
玻尔知道是什么人光顾了。
在大门口扶那位年轻人的时候，玻尔清楚地看到了年轻人身下地面上的鲜血。由于那年轻人的血还在流着，血迹断断续续进了玻尔的院子。
这些血迹是来不及处理的，因此玻尔也就没有吩咐看门人干什么。
现在，那片鲜血把人引来了。玻尔向夫人低语了几句，自己走去开门。
不错，是一群凶恶的盖世太保。
其中一个高个子的看来是个头目。他过来向玻尔敬了一礼，用德语道：“您可是玻尔先生？”
这个时候，玻尔不想使用德语。他用丹麦语回答了他，道：“正是敝人。”
那军官肯定是听懂了玻尔的话，随后，仍然用德语道：“那就打扰了——我们在执行公务。