，以致儿子刘劭实在等不及了，杀了父亲，准备继位。弑父毕竟太不得人心，结果是弟弟刘峻占了先机，自己白丢掉了性命。刘峻的儿子刘子业则又是一个更大的混蛋，昏庸残暴，连他母亲也哀叹：“将刀来，破我腹，那得生如此宁馨儿？”不到一年，子业也被弑杀。此后明帝在位的八年还算稳定，继位的后废帝刘昱昏暴比前废帝有过之而无不及，最后也被身边人杀掉。接着又立了一个顺帝刘准，但那已不过是萧道成篡位的过渡期所使用的一个道具。几十年间，南京城里不断演出着“一顶顶皇冠（带人头）落地”的血腥闹剧，被屠杀的王室宗亲不计其数——政变前后，起事者和倒台者的亲族往往是一次几家或几十家成批成批地被杀掉。
萧道成夺取政权走的是刘裕的老路，运道则更差。他建立的南齐享国不过二十三个年头，七个皇帝中竟有四个是在政变中死于非命。萧道成的长子萧赜死后，军政大权掌握在他弟弟萧鸾手中，萧赜的儿子萧昭业靠耍两面派骗取了祖父的信任被立为太孙，登基之后无恶不作。萧鸾因势利导，派兵入宫杀了昭业，立新安王昭文为帝。过了几个月，萧鸾把所有可能妨碍自己篡位的亲王和大臣扫除干净（最多一天杀了五个王），便逼令昭文让出帝位（昭文稍后被毒死）。萧鸾的皇帝也只当了五年，他的儿子萧宝卷又是个活报应，顽劣暴虐，无与伦比。萧鸾死前曾告诫儿子：“做事不可在人后”，于是萧宝卷对亲贵大臣们，只要起了疑心，马上动手诛杀，弄得“人人不能自保”。大军阀萧衍等人拥戴南康王萧宝融在江陵称帝，于是爆发内战，萧衍领兵顺流而下，直扑建康，很快就占领了石头城，萧宝卷死守台城作困兽斗，几天后被身边亲信杀死。此时萧衍已经掌握了全部军政大权。那萧宝融却也知趣，自江陵东下后第一件事就是禅位给萧衍，不过态度虽好，却也不能改变被杀的命运。萧衍本想稍示优待，派人赐金让他自尽，可是他说“我不需要这个，有好酒就行了”——喝醉以后，被来人扭断脖子回去复命。
梁武帝萧衍是中国历史上很有些特色的君主。本来他弑君篡位，不是什么好东西，可是称帝以后，却俨然树起了一个中国帝王道德楷模的形象。他有这么几个特点：
（一）酷信佛法。即位之初，萧衍就在建康附近大建佛寺，推广佛教。他不仅信佛，而且精研教义，写下了重要经典的讲义达数百卷，亲自开坛讲经，听众常有万人之多。为了补贴寺院经费的不足，他好几次宣布舍身出家，让朝廷拿出巨额“赎金”把他从庙里赎回来。萧衍对于佛教在南方的传播和发展起了很大的推动作用，杜牧的诗“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，就是对当时情形的写照。
（二）兼好儒学。萧衍喜欢读书，而且好穷究书中的义理。还亲自编写过《周易讲疏》、《尚书答问》之类的书，所谓“正先儒之迷，开古圣之旨”，改善了整个社会的文化氛围，文学家萧统（昭明太子）、刘勰、江淹、钟嵘，史学家沈约，思想家范缜等人都活动在这一时期。
（三）极尽简朴。说来有些难以置信，贵为天子，萧衍经常每天只吃一顿饭，而且“膳无鲜腴，惟豆羹粝食而已”，穿粗布衣服，一顶帽子戴三年，一床被单用两年，不喝酒，不听音乐，宫廷内也禁绝锦绮，连曳地的长裙也不许穿。史书的记载或许有些夸张，但距离事实不会太远，而且他在位近五十年，倘若是偶尔“作秀”，则必会被后人指责嘲骂。
（四）不好女色。早期的情况难说一些，即位之初，他曾把萧宝卷的余妃收为己有，后来听从谏劝，赏赐给臣下。五十岁以后便断了房事。帝王中极为少见。
萧衍标榜仁厚，但老百姓却没有得到多少实惠。因为他的宽仁更多地表现为对豪门大户的纵容。548年，侯景作乱，第二年，攻入建康，“纵兵大掠”，封锁宫廷，八十六岁的萧衍在台城内被活活饿死。萧衍虽然老迈，却很有些余威，侯景控制了朝廷，但迟迟不敢提出禅位的要求。萧衍一死，侯景胁迫简文帝萧纲从台城迁往西州（建康城内），自封为宇宙大将军。第二年，他废杀了萧纲，另立豫章王萧栋，但王僧辩等在江陵推戴萧绎为帝，并出师东征，总算扑灭了人神共愤的侯景。此时西魏的军队乘虚而入，直捣江陵，未来得及东迁的萧绎被魏兵俘杀。王僧辩、陈霸先等人决定另立晋安王萧方智为帝，但北齐又趁机武装护送做人质的贞阳侯萧明来争帝位，王僧辩同意了，陈霸先坚决反对，一场火并，王僧辩被擒杀，陈霸先成了主持大局的人物。于是，历史闹剧再度重演，萧方智禅位于陈霸先，不久他就被害，才十六岁。
在侯景之乱的废墟上建立的陈，在南朝中最为弱小，和刘宋比较起来，领土丢掉了近百分之四十，要不是北魏的分裂以及后来北齐、北周的对峙，陈朝根本就维持不了三十年的统治。建康被拉锯般的杀进杀出糟蹋得残破不堪，后来陈高宗修葺城防，城墙周长不过七十里了，比梁时小了一半有余。这个高宗陈顼算是陈朝惟一有些作为的皇帝，是陈霸先的侄儿。陈霸先的继承人是侄儿陈茜，史称他“知民疾苦”、“明察俭约”，大约勤政廉政方面做得还算可以，但是命短，只干了七年，儿子陈伯宗年幼无能，不过一年，便被他的叔叔陈顼赶下宝座。陈顼利用周、齐之间的矛盾，居然实现了十多年的苟安局面，可惜儿子陈叔宝（后主）太不争气，五六年工夫便落得束手被擒，成全了隋文帝杨坚的一统基业。
南北朝的对峙结束了，南京作为国都的历史也告一段落。杨坚下令摧毁南京所有的宫殿设施，从此，南京只给人们留下了“六朝金粉”的谈资，确实，那个年代，皇亲贵胄们的物质享受可谓前无古人，然而，无论是王谢堂前的燕子，或者台城堤上的杨柳，它们见证的恐怕更多的是歌舞繁华后面的阴谋和屠杀——那一幕幕尸横城下、血溅宫门的惨剧。
四
隋文帝杨坚把扬州的治所迁往江都（即今天的扬州）后，三百年间，建康州郡屡经改置，直到唐僖宗重设升州，南京才再次从一个中小城市开始向大中心城市的过渡，完成这一过渡的是南唐的开国君主李昪（即徐知诰）。李昪是五代时吴国大军阀徐温的养子，有心机，也有手段，在升州刺史任上为南京地区的发展和繁荣做了不少事，徐温死后，他利用矛盾，剪除异己，逼迫吴帝杨溥把宝座禅让给自己。开始他以齐为国号，三年后，他归宗李氏，自居为李唐后裔，改国号为唐。他不愿意离开升州，便以江都（扬州，吴国京城）为东都，另立升州为西都，从此南京又成为中国重要的政治中心，其富裕程度则远在同时代的开封、洛阳之上。李昪出身寒微，知民疾苦，一直注意奖励农耕，罢兵睦邻，节俭尤其是他的长处：宫中甚至舍不得点蜡烛，而用乌桕籽油照明，左右宫婢不过数人，且都是老丑不嫁者。临死时，他把一个富庶而安宁的王国交给了儿子李璟。
李璟是个风度、文采、修养都很出众的谦谦君子，然而，作为皇帝，他留下的全是失败和无奈的记录。谦谦君子当皇帝是很难称职的。首先，他就缺乏“敬业精神”——好几次“撂挑子”要让位给弟弟，只是因为他们几兄弟都不热中于争权，而大臣们也反对，才勉为其难地干下去。李璟爱好文学，才情在二三流诗人之间，自视却很高，最喜欢的事情就是纠集一些略有才气而极无廉耻的文人，在他们的吹捧声中陶醉。中国的知识分子习惯于被驾驭和被驱使，主上不能临之以威，不把他当奴才，他就要“翘尾巴”。李璟做太子时，身边那些文学侍从长期跟着他赋诗饮酒，随便惯了，等他登了大位，这伙人恃宠争权，目无君上，败坏朝政，肆无忌惮。其中颇有文名的冯延巳、冯延鲁、查文徽等五人被人称为“五鬼”。鬼者，鬼蜮心肠、鬼蜮伎俩之谓也，文人无行而好干政则必为鬼蜮。李璟在宰相宋齐丘及“五鬼”等奸佞包围下，内政外交一团糟。首先是与后周长达四年的战争中，丢掉了淮南六个州的领土，边境线后移到长江，使首都金陵直接暴露于敌前。因为面对北方强敌，无力西顾，又失去了趁马氏兄弟内乱搞到手的楚国的地盘（相当湖南全境）。几年下来他父亲辛苦开拓的疆土丢失了近百分之四十。赵匡胤即位不久，领兵平叛到了扬州，顺便对南唐发出了战争威胁，扬州与金陵隔江遥对，可谓近在咫尺，叫李璟如何不怕！他决定迁都往洪州（今南昌）。一到南昌，他就觉得宫室狭小，园林简陋，很不适应，每天凭栏遥望金陵，闷闷不乐，很快就一病不起，从迁都到死去，一共才三个月。
继位的李煜和死去的父亲是同一个类型的人，只是把父亲的特点更极端化而已：作为诗人，他比父亲更出色；作为皇帝，他比父亲更糟糕。因为追求享乐，他很快把都城迁回金陵，并且高标准地修建和装饰自己的宫室，豪华的程度超乎常人的想象。比如所有的墙面都用销金红罗遮蔽，固定这些红罗的是白金钉加玳瑁牙。春天，梁栋、窗壁、柱拱、阶砌，都用竹木扎成一个外罩，上面排列小孔，孔内插满鲜花。每年七夕，要用百余匹红白绫罗，把宫殿装饰成月宫天河的景致，内殿中的陈设更是镶金嵌玉，璀璨夺目。李煜在这个富丽奢华的环境里伴着他心爱的女人们享受了十来年“神仙岁月”。
南唐小朝廷能在李煜治下苟安十多年，主要的原因是这段时间，赵匡胤正在致力于对北汉和南汉的战争，无暇他顾，另一方面，李煜一贯的卑躬折节以小事大的外交路线也推迟了他覆亡的命运。971年，南汉亡于赵宋，李煜的“好日子”到头了。973年，赵匡胤下诏邀他去汴京参加祭祀典礼。他心想打是打不赢的，俯首听命或许能保全身家，无奈朝内光政院（即枢密院）正、副二使一致反对，一番有关利害的陈说又令他头脑发热起来，他拒绝奉诏北上。赵匡胤早就做好了战争准备，只等李煜表态，好师出有名。先头部队从蕲阳过江，然后顺流而下，直取池州、铜陵，不几日便克了芜湖、当涂，到达采石矶下。采石矶前，南唐守军全军覆灭。溧水的抵抗比较顽强，都统李雄和他的七个儿子全部战死。接着，宋军的前敌指挥部便移到了秦淮河畔，因为从江面进攻难度较大，秦淮河一线成了攻防双方的重点。但秦淮区区一衣带水，如何挡得住乘胜攻击的宋军？将士们从河上徒渡，万头攒动，南唐士兵不敢接战，先自逃入城中。孤城一座的金陵居然也困守了十个月。城中的李煜既不敢战，又不敢降，心中毫无成算；城外的宋军统帅曹彬，因为出师前赵匡胤有不可伤害百姓的告诫，总想以逼降、劝降的手段达到目的，故迟迟未发起总攻。这一来可苦坏了南京城中的百姓，储粮殆尽，斗米万钱，樵采断绝，每天有数以百计的人在饥寒中死去。为了避免惨象进一步发展，曹彬下达了攻击令，城防一触即溃，当李煜刚刚续完一阕新词，曹彬已经到了宫门，传谕要他出中庭“肉袒（光膀子）迎拜”，南唐国祚就此终结。
当南京和“亡国之都”或者“金粉秦淮”之类词汇联系在一起时，人们首先想起的必是陈叔宝和李煜这两朝“后主”。在追求物质享乐、带动社会的奢靡之风方面，这两人确实有许多共同之处，但就个体来作比较，他们的差别却很大。陈叔宝虽然也喜欢写点五言古诗，弄点曲谱，但并未入流，资质在中人以下，有时甚至很粗俗，特别在处理国事上，骄横、残暴、昏聩，隋文帝杨坚对他有六个字的点评：“叔宝全无心肝！”李煜则不然，于文学、艺术方面独具才气，不仅能作曲，填词更是一流的大手笔。政事虽非其所长，但他却也为此花过不少心思，比如委曲求全的外交路线之类。赵匡胤曾赞叹他“好一个翰林学士”。因为“全无心肝”，陈叔宝得到杨坚的宽大，赐三品待遇让他又苟活了二十年；李煜却终日郁郁寡欢，以泪洗面，在诗词里怀旧遣痛，复辟野心昭然若揭。赵匡胤可能不跟他计较，继位的赵光义终于用毒药要了他的命。
五
南京再次成为国都是四百年后的事了。朱元璋从出生到称帝，基本上没有离开过淮西这片土地，成就他事业的老班底也几乎都是老乡。1364年他自立为吴王，就近以金陵为都城。1368年称帝后不久，他曾亲自到开封巡视，准备在那里建都，但当时开封条件实在太差，于是下诏，以应天府（金陵）为南京，以大梁（开封）为北京，�