兴五年（471年）八月，禅位给不满5岁的太子拓跋宏，正如《魏书·天象志三》所说：“上迫于太后，传位太子。”太子拓跋宏即位，即是历史上著名的孝文帝。献文帝自己则做了太上皇，这一年，他只有18岁，恐怕是历史上最年轻的太上皇了。
孝文帝即位之初，已移居崇光宫的太上皇并没有完全放弃手中的权力。不仅朝廷上重要的国务处理都要向他奏闻，他还屡屡颁布诏书行使大权，甚至亲自率兵北征南讨。延兴五年（475年）冬十月，已为太上皇的献文帝在平城北郊对蠕蠕遣使朝献贡物，举行了大阅仪式。这一切，使冯太后越来越觉得，自己要再次出面执掌朝政，太上皇已经有碍手脚。就这样，又一场宫廷事变悄悄引发了。承明元年（476年）六月的一天，朝廷突然宣布戒严，京师气氛紧张，宫禁之中更是戒备森严。不久，太上皇应召前来晋谒冯太后，被伏兵一拥而上擒拿住，强行软禁起来。随后，冯太后将其鸩杀于平城永安殿。
冯太后被尊为太皇太后，也就再度临朝听政，成为北魏的政治核心。此时的冯太后，已年过而立，无论才识、气度还是政治经验，都更加成熟了。
冯太后再掌朝纲，也面临着新的挑战。
献文帝死后，政局又动荡起来，不仅如此，官吏贪残刻剥，民众反叛屡起，也使北魏统治面临潜在的威胁。为了北魏的长治久安，也为了巩固自己的权力地位，冯太后恩威兼施，充分施展了她高超的政治智慧和政治才干。
首先，冯太后对当初诬死李弈的李䜣下了杀手，既给心上人报了仇，又除掉了一个人人痛恨的贪官，树立了朝廷整顿吏治的良好形象。其他的不法者，如秦州刺史尉洛侯，雍州刺史、宜都王目辰等因为贪赃被处极刑，长安镇将陈提等被罚徙边。一些为官清正廉洁者，则得到不同程度的表彰和赏赐。
为了大权独揽，她还以谋叛罪诛杀了孝文帝的外祖父南郡王李惠。李惠的弟弟、儿子和妻子也同时被杀。为了清除隐患，冯太后不惜大开杀戒，以致因猜忌嫌疑被覆灭者十余家，死者数百人。不过，冯太后对那些明显没有政治野心者，往往能加以安抚笼络。如献文帝的亲信任内三郎的娄提，曾因献文帝被害愤然拔刀自刎，幸而未果。冯太后不仅不怪罪他，反而下诏嘉奖他的节义。有些心怀不满的大臣被她的举动所感服，这在很大程度上化解了潜在的不安定因素。
铁腕柔肠：北魏文成帝文明皇后冯氏（5）
冯太后为了充分施展自己的政治抱负，还特别注意培养扶植一些贤能之士做亲信，组成一个效忠她的领导核心。在这个领导集团中，有拓跋氏的贵族，也有汉族名士，有朝廷大臣，也有内廷宦官。而其中的汉族名士，不少又是她的宠幸之臣。
李弈被杀后，冯太后的私生活依旧毫无顾忌，不少健美强壮的男子成为其新宠。冯太后对其中的才干之士，任以要职，委为心腹，这些人多成为她政治上的得力帮手和股肱之臣。
如自称出身太原（今山西太原）的王叡，自幼传承父业，精通天文卜策之术，承明元年（476年）后，因姿貌伟丽得到冯太后宠幸，一下就被越级擢升为给事中。不久，又被拜为散骑常侍、侍中、吏部尚书，赐爵太原公。其后，王叡还曾勇退猛虎，保护了太后与孝文帝，因而更受亲重。
另一位是陇西李冲。李冲虽然是因为器能优长得到重用，但因其风度不凡，姿貌丰美，也逐渐被冯太后看中，成了她的情夫。冯太后常常将一些珍宝御物赠给他，素称清贫的李冲，因而成为富室。冯太后临朝时期，他以心腹之任尽职尽责，太和年间的许多改革措施，多有李冲参与谋划。冯太后死后，李冲对孝文帝竭忠奉事，明断慎密，孝文帝也对他“深相仗信，亲敬弥甚”，史称“君臣之间，情义莫二”。
除了那些恩幸之臣外，拓跋丕、游明根、高闾等一时名士也都颇得委重。每当褒美王叡等人，冯太后也会对拓跋丕等一同表扬，以示无私。这些人，成了冯太后临朝时期的心腹集团。
此外，冯太后还对宦官大加委任。宦官本来供事宫中，经常生活在帝妃周围，冯太后临朝听政，对其中有才干者也引为亲信。所以像杞道德、王遇、张祐、苻承祖等皆由底层小宦官得到提拔，一岁之中而进至王公。冯太后利用他们出入禁闱，预闻机要，形成了“中官用事”的局面。但是，在她临朝听政的时期，并没有发生宦官专权、胁迫朝廷的现象。这是因为冯太后虽然利用宦官居中用事，但对其行为作了严格的限制。《魏书·皇后列传》称：“（冯）太后性严明，对阉官虽假以恩信，待以亲宠，决不放纵自流。左右之人虽有纤介之愆，便遭棰楚杖责，多者至百余，少亦数十。不过太后生性宽豁仁裕，不计前嫌，事后仍待之如初，有的还因此更加富贵。正因如此，人人怀于利欲，至死而不思退。”
由于培植起一个忠心耿耿的政治集团，冯太后的临朝专政取得了成功，所谓“事无巨细，一禀于太后，太后多智，猜忍，能行大事。杀戮赏罚，决之俄顷，多有不关帝者。是以威福兼作，震动内外”。而尤为令人称道之处在于，冯太后运用高超的政治智慧和钢铁般的手腕，纵横捭阖，排除干扰，对北魏的政治、经济和风俗习惯进行了卓有成效的改革。
改革：太和新制
太和，是孝文帝的年号。历史上把这一时期的一系列改革称为“太和改制”。由于旧史的记载，人们往往在习惯上把这一功劳归于孝文帝，甚至径直称为“孝文帝改革”，而忽视了冯太后的实际作用。其实，在太和十四年（490年）之前，冯太后一直临朝听政，作为北魏的实际执政者，她是“太和改制”真正的主持人。翻开史籍，冯太后勇于改革的蓬勃英姿便会展现在后世读者面前。这一改革所取得的巨大成效及其深远的历史影响，正说明冯太后是一位成功的政治家。
自从拓跋珪开国，北魏政权各级官吏皆无俸禄，平日都要依赖贪污、掠夺和皇帝随意性的班赏来获取财富。这在北魏初建之时，作为游牧民族建立的政权采取这种方式是不足为奇的。但是，当北魏政权逐渐在中原地区确立统治地位，这种以掠夺为主的财富分配方式日益给北魏政治带来严重的问题。特别是随着战事的减少，战时掠夺的机会有限，各级官吏为了满足私欲，便毫无顾忌地盘剥、搜刮民脂民膏，从而导致北魏社会矛盾的激化和政治统治的危机。面对这一严峻的现实，从文成帝时就曾数次下诏禁贪，献文帝时也作了严格规定，并有人提出了给官吏班禄的建议，可惜并未能实施。
太和八年（484年）六月，在冯太后的主持下，北魏仿效两汉魏晋旧制下达了“班俸禄”诏书。规定在原来的户调之外，每户增调三匹、谷二斛九斗，作为发放百官俸禄的来源。内外百官，皆以品秩高下确定其俸禄的等次。俸禄确定之后，再贪赃满一匹者，处死。此法的实施，对普通百姓虽有“一时之烦”，但终能得到“永逸之益”。由此引起了以淮南王拓跋他为代表的鲜卑贵族的反对，他奏求停行班禄，依旧断禄。冯太后召令群臣讨论。中书监高闾奉表驳论说：“天之大道，君使臣以礼，臣事君以忠，故车服有等差，爵命有分秩。君班其俸，臣受其禄，自尧舜以来斯道未改。二圣（冯太后与孝文帝）稽准旧式典章，行班禄俸，苛慝不生，上下无怨，止贪残之心，劝竭效为国之诚。若不班禄，则贪利者肆其奸情，清正者不能自保，这简单的道理，灼然可知，如何令行一朝便欲去俸？淮南王之议，不亦谬乎！”高闾的话不仅代表了当时一批具有远见的官僚的意见，而且也符合冯太后的心思。于是，冯太后下诏依从高闾所议，仍旧实行班禄。
铁腕柔肠：北魏文成帝文明皇后冯氏（6）
为了切实贯彻俸禄制，冯太后还派使者分巡各地，纠举食禄之外犯赃者。太和八年九月间，孝文帝的舅舅，时任秦益二州刺史的李洪之，因贪暴无度，被令在家自裁，地方官员坐赃处死者四十余人。经此整饬，北魏吏治大有改观，贪赃受贿者也大有收敛。班禄的实施，为冯太后进行其他方面的改革创造了条件。
次年十月，冯太后在大臣李安世的建议下，颁布了“均田令”，从而开始在社会经济方面进行重大变革。“均田令”是指国家对无主荒田以政府的名义定时、按人口分授给农民。均田制度使失去了土地的农民重新回到土地之上，流亡无居者和荫附于豪强名下的佃客也摆脱了束缚，成为政府的编户齐民，从而增加了国家控制的劳动人口和征税对象，提高了农民的生产积极性。这一制度，使北魏落后的社会经济结构迅速向先进的封建化的经济结构过渡，同时为经济结构的灵活运转补充了新鲜血液。均田令的颁布实施标志着北魏统治者开始转向接受汉族的封建统治方式。这一制度历经北齐、北周，到隋唐约三百年，不仅使北魏社会经济得到发展，而且奠定了后来隋唐社会的经济基础。显然，冯太后主持推行的均田制，既对北魏历史的发展作出了重大贡献，也给后世留下了宝贵的遗产。
太和十年（486年），冯太后又主持对地方基层组织——宗主督护制进行改革，实施了“三长制”。
自西晋灭亡后，居于北方的豪强世家多聚族而居，设坞壁自保，自给自足。北魏建立后，任命坞主（豪强地主）为宗主，代行地方行政权力。这就是所谓的宗主督护制。在这一制度之下，户口隐匿现象十分严重。政府征收户调时，只能依据户籍上登记的户口，但实际上往往三五十家为一户，千人百口共为一籍，而当时实行的九品混通法，是把一家一户的自耕农民同这种实际上有众多荫附人口的宗主户等量齐观的。这样一来，势必造成国家赋役征发在数额、轻重方面的不均，影响国家的财政收入。为了把豪强隐匿的劳动人口编入国家户籍，既增加政府编户，又抑制豪强势力，大臣李冲提出废除宗主督护制，实行“三长制”。“三长制”即按照汉族的什伍里甲组织的形式，重建北魏的地方基层机构，规定五家为一邻，五邻为一里，五里为一党，邻、里、党各设一长，合谓三长，由本乡能办事且守法又有德望者充任，负责检查户口，催征赋役，管理生产，维护治安。任三长者，可优复免除一至二人的官役。冯太后见到李冲的奏疏，赞不绝口，便召集公卿讨论。中书令郑义、秘书令高祐等人提出反对，认为此事实难推行，郑义还以退为进，对冯太后说：“太后倘若不信，就只管试行，事败之后，当知臣等所言不谬。”著作郎傅思益更是危言耸听：“若改行此法，恐生扰乱，三长之制，不可执行。”太尉拓跋丕却极力赞同，他说：“太后陛下，臣以为此法若行，公私皆可受益。”另有大臣提出，此时正当农忙季节，猝然改制，新旧未分，恐百姓因生劳怨，不如过了秋收，到冬闲时节再慢慢动手为宜。李冲不同意这样的意见，他说：“眼下改制，正可使百姓亲受其益，使他们明白改制的目的，这正是推行新制的大好时机。”冯太后见众人莫衷一是，意见很难统一，便将手一挥，止住了众人的争论。她用眼光扫视了一下大殿上的群臣，斩钉截铁地宣布：“立三长，则课有常准，赋有恒分，庇荫之户可出，侥幸之人可止，如此看来，又有何不可？”群臣见她已是胸有成竹，就连那些持有异议者也都闭口缄默、俯首听命了。在冯太后的大力支持下，李冲的建议得以付诸实施。这样，北魏建立起了较为完善的地方基层组织，既便利清查荫附户口，又确定了课征赋税的统一准则，防止那些企图逃避赋役者再钻空子，从而削弱了地方豪强的经济实力，增强了国力，提高了中央政府的权威。
冯太后采取的这些重大改革措施，对于促进北魏由鲜卑族落后的生产方式向汉族先进的封建生产方式的过渡，即封建化起到了推动作用。此外，为了使鲜卑族逐渐适应汉族人民的生活方式和礼仪制度，冯太后大兴教育，尊崇儒法，禁断卜筮、谶纬之学，从而开始了鲜卑族的汉化过程。这一点，又为后来孝文帝迁都洛阳，推行大规模的汉化措施打下了基础，清除了障碍。
铁腕柔肠：北魏文成帝文明皇后冯氏（7）
晚年：慈育孝文
冯太后在进行全面改革的实践中，并没有把孝文帝排斥在外，相反，她倒是尽可能让他参与，以便使孝文帝得到锻炼。正是由于冯太后的悉心培养，孝文帝