m然現有的史料零碎片段，不過還是可以窺知，康熙皇帝親政之初便開始思索如何處理三藩的問睿砼缘娜撼疾徽摑M漢，對於如何處理三藩問睿齾s莫衷一是。康熙不似群臣的戒慎，他為了國家長治久安，不懼以兵戎相見。所以，當已屆垂暮之年且久病纏身的尚可喜奏請告老歸返撸鼥｜故里時，康熙見機不可失，便欣然同意尚可喜的請求。吳三桂與耿精忠意欲刺探康熙的心意，亦上書請求撒藩，康熙同表首肯。其實，撒藩的請求只不過是用來試探康熙對於藩鎮存廢的觀感；一俟康熙做出徹藩的決定，雙方之間的公開決裂就勢所難免了。
若干康熙的重臣勸眨侨移胶统烦龈鶕兀瑓菙嗳痪芙^，而於一六七三年十二月叛變，建國號「周」，並將大批的兵力部署在湖南。耿精忠於一六七四年舉兵叛清，率軍固守福建，並派兵進入浙江。尚之信軟禁其父（尚可喜不改對清廷的效忠），於一六七六年加入反頓的行列，他在廣枺渴鹬乇瑏K摚煴鄙辖鳌�
三藩之亂正好考驗南方和西南方漢人對清廷向心力的矛盾情結。一六四○年代與一六五○年代戰亂的倖存者，已經與清政權相安無事，現在他們必須選擇是否繼續效忠清廷，或是轉而寄望於吳三桂的「周」朝政權。吳三桂下令恢復明代舊俗，蓄髮易衣冠，藉此喚起漢人的忠找庾R。吳三桂也廣徵博議，誰應為周朝開國之君，暗示假若能夠尋訪到朱明族裔，即擁立他登基。況且，吳三挂以「周」為國號，周朝在西元前一千年統治華北，並深受儒家所推崇。吳三桂致書康熙，倘若康熙能徹離華夏，在滿洲與朝鮮建立一王朝，那麼他可以恩赦康熙。康熙當然拒絕了吳三挂，並處死留在北京充當人伲膮侨抑訁菓芤詻蕖�
吳三桂的軍隊兵強馬壯，又坐擁龐大的行政與經濟資源，比起先前南明的福王、桂王，吳三桂及其擁護者更有勝算。更何況，整個南方與西部，忠於滿清政權的漢人已被包圍，而且人數也居於劣勢；雖有不少人不願向三藩稱臣——有的逃入山區，有的裝病，還有人自殘手足——但多數仍迫於環境屈從三藩。三藩興亂幾乎瓦解了清朝政權。至少表面看起來，滿人幾乎斷送掉長江以南的控制權，若是如此，整個王朝就會處於分裂狀態。
不過隨著下列五大因素發展的結果，中國依然維持一統（這對後來世界歷史的發展，亦具有同等重要的意義）。第一，吳三桂對於是否跨越湖南摚煴鄙希钡忠涣咚哪戤敃r吳駐防的所在地，顯得舉棋不定、躊躇不決。第二，康熙雖然年少，不過卻有能力團結朝中各大勢力以資後盾，擘劃長期的作戰方針與防守戰略。第三，部分滿洲武將雖然年輕，未經戰火洗禮，但仍英勇、頑強地反擊吳三桂。（康熙本人並未御瘢H征。）第四，三藩王彼此不能協眨鲬穑魏我晃环跤侄紵o法持續發動攻勢打擊清軍。第五，三藩無法號召明室的擁護者，因為他們了然於胸，昔日三藩曾積極與滿人合作。
況且，三藩本身的品行也無法扮演好匡復明室的新角色。吳三桂逐漸陷溺於逸樂；另一方面，暴虐無道的尚之信曾縱獵犬噬人，比起先前的反購埆I忠，更是有過之而無不及。耿精忠則是生性軟弱無能，於一六七六年向滿清俯首稱臣，自此之後，三藩就無法採取協同行動。翌年，尚之信繼耿精忠之後向滿清乞降，尚之信的投降，顯然與吳三挂堅持派人入粵任官有關，而尚之信向來以廣枺鼮榻L。
吳三桂最後在一六七八年稱帝，但是為時已晚，也不具任何意義。同年稍後，吳三桂死於痢疾，結束了六十六載風風雨雨。吳三桂的孫子以吳的名義繼續作戰三年餘，後在昆明铡萑μ锥员M。吳三桂的追隨者，連同耿精忠、尚之信一起伏誅。儘管康熙接受了耿、尚二人的投降，並保留藩王的頭銜，但康熙斷難容忍像耿、尚這類的人存活在世間。
一六八一年，三藩之亂敉平，曾經主張對三藩採取強硬路線的大臣即受到康熙重用：雖然康熙君臣決定撒藩幾乎葬送大清基業，不過他們最後的獲勝意味著中國從此將更為強盛。康熙嚴懲支持叛亂的重臣要員，毫不留情，但下令寬宥戰爭中的俘虜。杖缈滴跛裕麄儾贿^顯露出「一時貪生畏死之恆情，若大兵所至，概行誅戮，非朕救民水火之意。」皇帝同樣寬待在戰亂中遭「倌妗梗ǹ滴跬ǔ７Q之為「佟梗⿹铽@的婦孺：「但贍I婦女，多係擄掠茫麖模瀑之後，凡所擄難民子女，許民間認領。」（裕б唬�
隨著藩王盡誅，樹倒猢猻散。新任的總督與巡撫——多數為綠旗營漢軍——被分派到叛亂的各省就職，將之整合進康熙治下。這些地區的賦稅開始流進北京的府庫，隨著財政大權的收回，南方與西南的科舉考試亦回歸由朝廷舉辦，人才也慢慢回流到中央。不過飽受兵焚之災的生活則很難在短時間恢復舊貌。三藩亂後整個康熙年間，湖南、雲南、廣西、貴州等地淪為邊陲地帶，而康熙本人的不信任感依然長駐心頭。只有少數出身上述省分者被授予高官厚爵。康熙本人雖愛撸遥贿^足跡也不逾江南。康熙口中的「南方」是南京與蘇州，易言之，真正的南方與西部省份並不在他巡幸的範圍之內。三藩之亂帶給康熙的震撼，以及他決定三藩「告老還鄉」之後，黎民百姓又是如何生臁畨T炭，凡此皆深烙心頭。不過，康熙從未後侮作出徹藩的選擇。
臺灣與海上的中國
臺灣融入中國的歷史始自十七世紀之初。明末，臺灣依然鮮為人知：海相危迨，颱風頻仍，沿海有湠┕靶l；西部平原連綿錯落，後有崇山屏障，與世孤絕。臺灣本地不友善的原住民令外來的探險家或移民望之卻步。不過還是有少數來自廣枺⒏＝ǜ鞲劭诘纳藤Z涉險渡海，與原住民進行鹿皮、鹿角的交易，並在島上的西南部形成小型聚落。中國與日本的海寇也在臺灣西部建立避難所。
一六二○年代，臺灣登上國際政治的舞臺。一度，遇難的海員與傳教士是島上唯一的歐洲人。當時，葡萄牙人曾一探臺灣，名之為「美麓之島」（Ilha Formosa ）；但後來決定撒離，而以澳門作為在枺鼇喕顒拥母鶕亍Ｎ靼嘌廊嗽诒迸_灣的基隆建立小型據點；信奉新教的荷蘭人則在一六二四年於臺灣南部安平小鎮修茸「熱蘭遮城」（Zeelandia）。迄於一六四○年代，荷蘭人驅逐了島上的西班牙人與殘餘的日本海盜，而在臺灣、枺《热簫u（East Indies，今天的印尼）的荷蘭帝國，以及中國枺垦睾５纳藤Z官員三者之問形成貿易網絡。由於受到貿易利益的吸引，有部分漢人移民先後聚集在西班牙人、荷蘭人據點四周，其餘則赴臺灣西部平原拓荒墾殖。
一六四○年代、一六五○年代間，臺灣島上的荷蘭人盡量避免介入殘明勢力的抗清活動，然而隨著沿海戰事的發展以及荷蘭人與明室擁護者的互動往來，荷蘭人無法置身於這場戰爭之外。當時，權勢富室的鄭氏家族是游移於福建、臺灣、日本南部海域的海盜兼貿易商，鄭氏家族的首領（譯按，鄭芝龍）最後受苟延殘喘的南明政權封爵。鄭芝龍雖然於一六四六年投降清廷，不過他那性格剛烈的兒子鄭成功卻拒絕隨父降清。鄭成功率領部艦繼續擁立四處流竄的南明政權，即使鄭成功已經退守臺灣島，在名義上則一直奉朱明為正朔。
這位傑出的海將即史上所稱的「國姓爺」（明朝賜鄭成功國姓，西方人把椋险Z發音的國姓爺譯成Koxinga），出生於一六二四年，母親是日本人，所以鄭成功的成長背景也反映了國際貿易與文化關係的多語系世界。鄭成功父親的貿易網絡從長崎（Nagasaki ）綿延至澳門，在位於廈門附近的營壘中可以發現奉基督教與佛教拢竦亩Y拜堂，也以從澳門的葡萄牙人手中逃脫的黑奴充當衛隊，而船隻可以直抵營壘之內。
整個一六五○年代，鄭成功的船艦一直都在華枺睾５貐^與滿清作戰，同時在他的控制之下，廈門成為一個國際轉吒邸｀嵆晒ι踔两M織十家銷售絲、奢侈品以及糖等商品的商行，以交換海軍所需軍品與火藥來補給船艦。鄭成功直到一六五九年正面攻擊南京，才遭逢軍事重挫。滿清大軍逼臨廈門，鄭成功作出攻擊熱蘭遮城的大膽決定。或許是受到曾擔任荷蘭通譯、並熟悉熱蘭遮城防衛佈署的漢人相助，鄭成功順利進圍熱蘭遮城；雖然鄭成功輕易就佔領熱蘭遮城周圍的田野，殺死荷蘭人並虜掠其女子，不過堡壘裡的荷蘭人卻負隅頑抗了九個月之久。到了一六六二年二月，荷蘭人才投降，並與鄭成功達成協議，把荷蘭人全部撒至荷屬枺《热簫u的巴達維亞城（Batania ），而荷蘭人留給鄭成功的財貨與資金估計價值逾一千萬盎司白銀。
鄭成功的成功美景並不長久。由於他不歸順清朝（他的母親被清軍殺害已久），父兄在北京被處死。消息傳來或許因此內心難平，於是他開始凌辱臣屬，不假詞色，嚴待兒子，後於一六六二年辭世。
雖然攝政鱉拜在一六六一年悍然強令沿海居民遷徙，不過仍無法令臺灣歸降滿清。滿清曾與荷蘭人聯手圍堵仍在福建沿海的鄭氏家族殘餘勢力，不過兩次預備在一六六四年與一六六五年征討臺灣的計畫都無疾而終。滿洲鐵騎畢竟不善於海戰，況且一六七三年之後，大批清軍被三藩之亂所牽絆，使得臺灣的鄭家可以繼續發展、繁榮其貿易與商業勢力：隨著沿海居民的遷入，漢人人口在鄭成功兒孫治下迅速膨脹，總數已逾十萬人，生產大量米、糖，並從事頗有規模的製⒕恰⒃齑壬虡I活動。
即使三藩之亂結束後，康熙仍覺得無力從鄭家手中奪回臺灣，於是令鄭芝龍麾下的水師將領施琅率軍遠征臺灣。施琅早在一六五○年代就歸降康熙。康熙這步棋非常高明，施琅不僅能征善戰，而且施琅降清之時父兄兒子皆遭鄭成功殺害，施琅勢必全力以赴。
施琅按部就班，謩潙鹇裕鴱娜偎覒鹋炦@個數字可以窺見，儘管當時中國海上力量還有待發展，但是潛力實不容輕忽。一六八三年七月初，施琅率艦出椋谂旌簫u附近大敗鄭氏。
三個月後，臺灣投降，康熙或許不願見到平三藩時血流成河之烈，因此厚待投降的鄭氏家族與降將，授之以爵，並允其定居北京。鄭氏殘部多眨x臺灣，用以充實北方邊防，以禦俄人。關於如何處理臺灣，朝廷百官曾激辯多時。有人建議應該完全放棄臺灣，不過施琅則是力陳以臺灣為屏障，使中國免受荷蘭戰艦的侵擾。康熙最後裁決將臺灣迹M帝國版圖。臺灣成為一福建省的一個府，首府設於臺南，府下設三縣，每縣設置縣令一名。康熙也派遣一支八千人的清軍永久駐防島上，而島上原住民的部落地區與狩獵場域受到朝廷的尊重。除此之外，清廷還審慎限制漢人移民臺灣。
康熙這種矛盾的措施反映了清朝（之前的明朝亦然）有關海外貿易與殖民政策的模稜兩可。中國的統治者對貿易基本上是不信任的，認為貿易活動會帶來紊亂失序，擔心貿易活動會將軍情洩漏給外國強權，造成貴重的白銀大量外流，滋生海寇和其他犯罪。因此，即使鄭氏家族敗亡之後，清廷放棄強制遷移沿海居民的政策，不過仍透過廈門等沿海城市實施特許與限制船隻噸位的措施，以控制與臺灣之間的往來。
但對於華枺睾２⒌纳虡I世界，這些政策並不切實際，結果徒讓枺垦睾５貐^職掌海上、沿岸貿易的要員坐享暴利。漢族包衣吳興祚透過父親的人茫P係，在福建的官場上扶搖直上。一六八○年代之初，吳興祚為了取得兩廣總督的職位，支付的賄款總計超過一萬盎司白銀。吳興祚得到一干特派官員之助，將大批人口遷回沿海，所分配的土地近乎五十萬英畝，人數則超過三萬人。吳興祚在福建省的同僚則是將逾五十萬英畝的土地分配給四萬名先前居住在此地的百姓。吳興祚還監督抄繳尚之信在廣州的隨扈、商賈的家產：其中一名商人所積累的家產超過四十萬盎司白銀。
國家從合法的對外貿易中可課徵十分龐大的稅收，而歷代也不乏統治者善加利用之。但是除了設置四個海關衙署（分別位於廣枺⒏＝ā⒄憬⒔K），以及試行對外國進口商品課徵百分之二十的進口稅外，清政權未能建構必要之機制，而是採取佣金制或專賣。隨著十八世紀更強勢的西方貿易商抵達中國之後，這項決定就產生致命的後果。
清廷嚴禁移民臺灣，卻無法貫徹這項措施，結果台灣表面上受行政管理機制羈糜，實際上則淪為難以瘢