此地官軍起初因將帥無能而未應變，嗣後朝廷雖眨蓚艹鰧㈩I指摚В廊伙柺苁繗獾吐洹⒁甙O叢生與虧欠餉銀等挫折所擾。是故，兵勇棄甲逸逃司空見慣。縱使清軍死守西安、潼州，但周遭鄉村地帶均已被回民控制。到了一八六二年底，清軍才開始有斬獲，回民向西徹退進入甘肅，重新整頓，並對外散播清廷有意剿滅中國境內所有回族的消息。
主要駐守寧夏、蘭州，兵力薄弱的八旗駐軍無力敉平叛亂，朝廷只能寄望回民貴族發生內訌。在一名滿洲要員上奏中，似乎證明了回人的滅種疑懀K非洠в幸罁骸富孛裥缀氛吖潭啵卜终咭嗖簧伲粢桓胖鹘耍瑒t是絕其向善之路，將使良善者亦皆變而為伲D不勝誅。」但問睿婕暗膶用媸盅｝雜，這位要員繼續說道，由於在甘肅「各處城關均有回民，各營弁兵更多，回教設成燎原之勢，其患何可勝言」。結果，在一八六三至一八六四年問，雙方歷經談判、對決、欺騙、詐降，與報復等一連串天昏地暗的過程，而地方官員卻只能向朝廷建議「暫示牢唬S時防其中變」（裕Ф５搅艘话肆辏鹚巺T乏，米價飄漲，小麥價格數倍於往日。燃料奇缺，馬匹因糧秣不足而暴斃，兵勇只能以麵粉加水煮湯果腹，百姓無米可炊，不是餓死就是自盡身亡。
朝廷陷於絕望之際，轉而任用曾與太平天國抗衡的將領左宗棠。左宗棠與曾國藩一樣，生於湖南、長於湖南。一八三○年，左宗棠十八歲，父殻釒煆那宄髥T、經世治國的良才賀長齡；左雖然治學勤勉，但一八三○年代參加進士考試三次皆落第，從此就斷了參加科考的念頭。但左宗棠不似一般人科考不順遂即從事塾師教職，轉而投身西疆地理與歷史的鑽研，並自修農務經驗，特別在茶、絲農產品方面取得豐碩成果。太平天國作亂期間，左宗棠即展現出傑出的軍事才能，轉戰於湖南（左於此仿效曾國藩組織湘軍的做法，徵募、訓練、武裝五千名兵丁）以及安徽、浙江與福建。左宗棠不但善於用兵，也在戰區重建、鼓勵農耕、糧食儲備、教育、種植棉花與造船方面，同樣表現出色。一八六六年九月，左宗棠出任陝西總督，承命掃蕩此地的回亂。一八六七年夏天，左宗棠抵達陝西，一八六八年十一月左宗棠移居陝西首府西安籌劃戰事。
左宗棠實事求是，耐心經營這曾使前人受挫的西北回疆問睿Ｋ芤骒蹲约哼^去對西域地區所做的研究，以及昔日與林則徐的一席話，當時林則徐正從鴉片戰爭後流放伊犁的罪責中獲得免刑而於返回中土的途中。除了本身帶兵殺敵的經驗與農業實驗之外，對左宗棠最有裨益的還是和曾任林則徐幕僚且長期居住在陝西的一名儒生的長談與書信往還。這位儒生告訴左宗棠：「明公上奏，先與朝廷約，勿求速效，勿遽促戰，必食足兵精始可進討，請以三年為度。……至它日進兵，視彼中尤驍黠者，誅翦之，餘不能盡誅，俟其畏服。」（裕Ф模�
從左宗棠後來的部署可以看出，他把馬化龍視為必先打擊的首酋，進而嚴密監控其一舉一動。當時馬化龍已在金積堡建立固若金湯的據點，其周圍有縱橫交錯的壕溝，以及逾五百座堡壘的拱衛。馬化龍被奉為「新教」宗教領袖的代表人物，許多信眾相信他是「拢‘」的化身，有先知穆罕默德般的力量。縱使左宗棠兵力充足，但還是耗費了十六個月才攻下金積堡，並折損了一員大將。最後金積堡內回族守軍僅能以草根、獸皮，甚至袍澤的屍體果腹，馬化龍才於一八七一年三月投降。馬化龍與其家人被凌辱處死；逾八十名「官員」遭斬殺；成上千萬的回族商賈、婦孺被遷往其他城市或流放滿洲北境。回民不得再定居金積堡。
此後，戰爭的勝負已判。左宗棠並說服朝廷將他省稅銀移作其軍餉，向外國商人舉債或開徵關稅，藉以充實財源。此外，左宗棠主張採屯田政策，使兵馬所需的糧秣可自給自足。左宗棠的力量循著旅行商隊之貿易路徑向西伸展至蘭州，並在此建造一座軍械庫，栽種農作物以供應軍需。左宗棠不顧朝廷所下即刻用兵的諭令，依然細密籌劃秣馬厲兵，準備給予甘肅西北的肅州最後一擊。一八七三年十一月，左出兵攻打肅州，屠戮守軍，放火焚城。雖有部分回民向西逃往哈密，需要耗費數年予以追剿，不過各省亂事至此大致底定。自一八五○年以降，除條約口岸的地位曖昧不明外，中國全境再次統一在滿清政權之下。
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9 改革的中興之治
儒士的改革
當馬克思在一八五○年代末寫道，清朝不久即將傾覆，歷史演進的邏輯似乎站在他這邊。但令人詫異的是，清王朝不僅未立即土崩瓦解，甚至還苟延殘喘了整個十九世紀，而延續到一九一二年。
清代政治家慣以「中興」一詞來形容此一延續，歷代亦經常為轉危為安、維護帝國道德與社會秩序的時期冠上「中興」一詞。此故，「中興」這一概念既指涉對過去的緬懷，同時也吐露出悲喜交集的情愫：因為歷代的中興即使再富意義，畢竟均已一一消逝，國祚也無法綿延。清王朝的中興之治不似過去，它欠缺強而有力的領導中心。同治年間即為清代的中興之治，但同治於一八六一年登基時年僅五歲，他還來不及施展權力，即於一八七五年崩殂。同治政權雖由儼然攝政王地位的母后慈禧、皇叔恭親王（一八六○年朝廷偅偬与x京城時，獨留恭親王與洋人斡旋），以及一、二位有影響力的大學士統攝，然滿清的國祚畢竟還須仰仗鎮壓太平天國之亂、捻亂、回亂有功的各省督撫鼎力襄贊。曾國藩、李鴻章、左宗棠是其中最為顯赫的，還有若干督撫的才幹也相當卓越。這些地方大員時而彼此齊心協力，時而各自為政，提振經濟，構築新的體制，讓大清國有了目標。在國政形同崩解的背景下，這確實是一項傲人成就。
杖缢姡瑵M清官員動員一切軍事資源，包括八旗與綠營軍、地方士紳組織的團練鄉勇，以及諸如湘軍、淮軍這類半私人性伲膮^域武裝力量，以摧毀反叛政權；他們實行屯田政策，建築壕溝、堡壘等防禦工事，有條件用洋人軍官、傭兵，這些措施只不過是中央一貫政策的序曲：同治中興時期的政治人物亟欲重建儒家政治的基本價值。
這種中興態度最重要的代表人物是湘籍儒將曾國藩。一八一一年，曾國藩出生於小康的士紳家庭，潛心修習儒家典籍，而於一八三八年中進士第，入翰林院，很快就精通典章禮儀。曾國藩的薪餉微薄，生活拮据，往往必須向京城內的同鄉富室舉債，才足以支付家用與諸弟的教育經費，一直到他奉派前往四川任鄉試正考官之後，經濟情況才告好轉：一些望子成龍的家庭經常孝敬曾國藩，他才有能力還清債務。
曾國藩克承的是嚴謹而中庸的儒學思想，試圖眨瓦_致儒家真理的三條路徑。其一，堅持道德至上以及經由教育成就個人的倫理價值觀；其二，採行主導清代考證學派的考據方法；其三，服膺像賀長齡這類思想家的經世致世之學，尋求穩固的基礎，得以重建健全、諏嵉男姓Y構。
歷經鴉片戰敗那幾年的研究和反思，曾國藩終於統攝了這幾方面。曾國藩在這些年陷入長考，在他那鉅細靡遺的日記裡，記載了他的閱讀心得與對自己行為舉止的反省。從這段文字可看出，曾國藩的儒學自省功夫是何等坦蕩：
起晏。心浮不能讀書，翻《陳臥子年譜》，涉獵悠忽。飯後，讀《易》「蹇卦」。因心浮，故靜坐，即已昏睡，何不自振刷也！未初，客來，示以時藝，贊嘆語不由中。予此病甚深。孔子之所謂巧令，孟子之所謂餂，其我之謂乎？以為人情好譽，非是不足以悅其心，試思此求悅于人之念，君子乎？女子小人乎？且我漳苎员刂倚牛黄廴耍煌Z，積久人自知之。不贊，人亦不怪。苟有試而譽人，人且引以為重。若日日譽人，人必不重我言矣？欺人自欺，滅忠信，喪廉恥，皆在于此。切戒，切戒！接次客來，申正方散。寫聯二付。燈后，仍讀《易》，心較靜。作〈憶弟〉詩一首。（裕б唬�
太平天國蹂躪了道德思想與學術知識模式，而這正是曾國藩安身立命的所在，於是他被迫重新思考他的價值觀。曾國藩堅信，清代中葉危機的背後耄Х裎拿鞯膲櫬洌值闹信d之道就是籌辦學校，重新開設儒學課程。他敦勉優秀學生應依循傳統正途參加科舉取仕，而非向朝廷捐迹I官，當時朝廷確實是通過賣官Ь舻氖侄蝸砘I集軍餉。他彙編刊印在剿匪征戰中壯烈成仁的義士名錄，使其典範得以流芳百世。曾國藩一如當時其他督撫，也意圖重整農耕秩序。他一面計畫將被驅逐的地主發還原籍，重新課徵土地稅，一面也避免佃農遭到剝削。此外，曾國藩重新安頓成千上萬受到兵焚之災波及而流離失所的老百姓。原本人文薈萃、富庶繁榮，一向吸引西部、北方各省移民前往的華枺⑷A中地區在連年征戰中飽受摧殘。
儘管這類政策受到朝廷的大致支持，但由於財源匱乏以及其他問睿臓恐�