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余懋学这人，其实很清廉，只不过有些不识时务罢了。
这个小小的风浪刚过，到年底，更大的风潮又来了。
河南道试御史傅应祯上疏，讽谏万历失德，实际是暗指张居正误国。他提出，王安石曾以“三不足”误宋神宗，皇上可千万不要自误。他还为余懋学喊冤，认为一个言官以忠言上谏，竟然终身不用，“远近臣民不悟，遂谓朝廷讳直言如此，其逐谏官又如此。相与思，相感叹，凡事有关于朝政者，皆畏缩不敢陈矣”。
——你做得好，自然不应该怕人说；你做得不好，难道说说还不行吗？
哪个当头儿的愿意听这话？傅应祯这下可惹火了万历，要动用“廷杖”伺候。张居正则表示反对，说圣旨一下，人心自当畏惧，就无人再敢于妄言了，劝皇上还是“行仁行义”。于是万历亲笔批示“着锦衣卫拿送镇抚司好生打着问了来说”。镇抚司是属于锦衣卫的机构，专管诏狱，直接奉旨办案，用刑尤其惨酷。傅应祯被打成重伤，到年底发配浙江定海充军。
在这个事件中，大明官员不怕“逆鳞”的倔劲儿又表现了出来。给事中徐贞明心生不忿，半夜光着脚悄悄潜入诏狱，给傅应祯送去药粥（国家监狱看守似乎也不严）。御史李祯、乔岩也毅然前往探监。三人均被锦衣卫告密，后被贬官。
此时是万历三年，张居正的专横还没有达到膨胀的程度，傅应祯因此躲过了廷杖这一劫。
但不怕死的仍然有，这一次，蹦出来的人叫人大吃一惊。此人居然是张居正的门生，也是傅应祯的老乡——巡按辽东御史刘台。
刘台，字子畏，江西安福人，隆庆五年的进士。张居正不但是他的会试主考、廷试读卷官，还曾举荐他当了现在的这个官。但刘台认为张居正钳制言论、斥责言官、结党营私，都是动摇国本的行为。虽然自己是张一手提拔的人，但也不愿坐视不问。他声称：“忠臣不私，私臣不忠。终不可以荐举之私恩，忘君父之大义。”（《安福县志》）
就在傅应祯被发往福建一个月后，万历四年正月二十三日，刘台上了一道著名的《恳乞圣明节辅臣权势疏》。不再拐弯抹角，而是直呼其名，谴责“大学士张居正作威作福，蔑祖宗法”。奏疏言辞激烈，且条分缕析，把张居正执政以来的专横与不检点之处，大加鞭挞。
刘台首先从内阁权限说起，他说，国初设置内阁，官职不高，因此没有总揽之弊。二百年来虽有作威作福者，总还是怕人议论，惴惴然避宰相之名。惟独“大学士张居正专政以来，每每自当必曰：吾相天下，何事不可作出，何人不可进退？”致使大小臣工，不是惧怕他的威势，就是感怀他的恩德。
接着的驳难几乎势不可当。他说，既然张居正自称“吾守祖宗之法”，那么——
兴王大臣狱，诬陷高拱又是何企图？高拱擅权是有的，谋逆则闻所未闻。先是诬之逐之，逞宰相之威；后又私下里写信安慰，布宰相之恩。“祖宗之法”有这样的吗？
如今一有诏旨下，如果是严厉的，则张居正曰，我费力多少才不至于更严厉，于是人不敢不先谢他。如此，人们畏张居正甚于畏陛下。如果诏旨是温和的，则张居正曰，我多少费力方如此，人们又不敢不先谢他，于是人们感激张居正甚于感激陛下矣。“祖宗之法”有这样的吗？
张居正又设立考成之法，使内阁权力在部、科之上。本来内阁是没有大印的，官职属于翰林，不过是聊备顾问而已，不能直接处理政务。张居正创立考成法，是想辖制科道大臣，令他们只听他一己之令。“祖宗之法”有这样的吗？
而后，又将张居正的“劣迹”逐一开列——
逐大学士高拱去国，竟然不容旦夕之缓；
引用阁臣张四维、吏部张瀚，均不通过廷推；
贬斥言官余懋学、傅应祯等，几乎扫空了言路；
为固宠计，献白燕白莲以为祥瑞，招致严旨切责，传笑天下；
为夺好田宅，授意地方府道诬陷辽王，滥加重罪；
为让家族子弟连中乡试，许诺御史某人以堂官、布政使某人以巡抚；
起大宅于江陵，费资十万，规模直逼皇宫，且派遣锦衣卫官员监造；
天下哪个不知，江陵地面膏血已枯，有人还在大起违禁宫室！
我看，张居正贪污的来源，不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙；
否则，何以入阁仅仅几天，即富甲全楚，究竟是用何法致富？华屋宝马，妻妾成群，有如王侯，究竟又是谁人供给？
——刘台的这个奏疏，虽然炮火猛烈，但也不是蛮干，他多少用了一点策略，就是刻意离间万历与张居正之间的关系。
他说：当此之时，给皇帝提意见易，给大臣提意见难。当大臣的，每听到有人批评，则接着皇帝宠信，激怒皇帝，或加罪一人以警告众人，或株连多人以杜绝后来者。如此，大臣之恶日益滋长，天下国家之事大势去矣！
这简直就是一篇讨张檄文，虽有夸大，但也其源有自，并非捏造。尤其是侵占辽王田宅一事，把陈年旧事也牵起来了。
应该说，张居正在大明的官员中，虽不属十分廉洁，但也不是贪渎成性之人。他历来标榜“私宅不见一客，非公事不通私书”。曾有一知县向他行贿遭拒绝，以为是嫌少，便又多加了一条玉带再送去。张居正两次奉还，并致信说：我一直以“守己爱民”四字与你共勉，你居然会以为我嫌礼品少，还是认真思之以自励吧。据他自己说，两广将帅先后欲向他送的礼，有万金之多，他都一概拒绝了。
那么，他在江陵的万贯家财又从哪里来？原来是他的父亲、子弟和仆人大开了受贿之门（不收就太脱离群众了）。
据说，隆庆六年，湖广抚按建议为张居正修建牌坊，张居正没有同意。抚按就把募集来的钱送到了张家。因这钱不大好退回，张居正便提议，此钱交给地方官府，作为张家购买辽王府的款项。但后来这钱只做了废王府的装修款，而且大大超支。张居正表示，愿用历年的工资、赏赐和田租来偿还，但最后还是由地方官“统筹解决”了。因此，说张家在江陵修建的大宅来自民脂民膏，亦不为过。
此等隐私，又如何解释得清？
张居正就是铁打的身躯，读了这样犀利的檄文，怕也要冷汗直冒！
自万历二年以来，倒张的力量就在积蓄。一部分言官因张居正弹压言路，产生忿恨，连他的功绩也一概抹煞。他们倒不一定是自身利益在改革中受损，但其言行却代表了一批反对改革的朝官。
刘台的弹劾，只是是一次大的爆发。反对派意在逼迫张居正下台或做大幅度退让；而张居正则处在刚把局面打开、欲放手大干之际；两下交锋，双方已无一点回旋余地。
面对如此系统的攻击，无论真伪，张居正也不免尴尬，只有去见皇帝面奏自辩。他没有检讨自己的问题，只是极力推测刘台的动机。他对皇上说：刘台因与傅应祯交情素厚，见傅被充军，怕自己将来也不免，就反攻为守，泄愤于臣。这样既可以免于处分，又可以沽名钓誉。
张居正说着，忍不住泪下如雨，哀叹自被弹劾以来，门可罗雀，谁都不敢来了。“国朝二百年来，并未有门生排陷师长，而今有之。”（《万历邸抄》）
次日，张居正依惯例递交了《被言乞休疏》，要求辞职，并在家等候处理。
据说张居正在递交辞呈时，曾伏地痛哭。万历慌忙将张居正扶起，说：“先生起，朕当逮刘台入狱，关他一辈子以谢先生。”
看过了辞呈，万历当即下旨慰留：“卿赤忠为国，不单是刻在朕心，实天地祖宗所共鉴。那邪恶小人，已有旨重处。卿应以朕为念，速出辅理，不要介意那些浮言。”
二十五日，张居正再次上疏乞休。他说，现在诸事未安，臣岂敢言去？但臣乃不得已也！臣所处之者，实乃危地也。因为所理之事是皇上之事也；所代者乃皇上之言，现在言官说我作威作福，而我是在代王行政，那么肯定非威即福。如此，事事都可以说是作威，事事也可以说是作福，谗言日日喧哗于耳，虽然皇上圣明，不可能听他们的，不能让臣背负恶名，但作为一个臣子不应让皇上如此费心。所以望皇上特赐罢归，以消除议论。另外再选一个德才兼备的人来担大任吧。
万历当然不可能让他真的走，遂再次劝慰。
另有阁臣张四维、吏部尚书张瀚，因刘台的“檄文”里将他们作为张居正提拔的私人，都觉得脸上无光，也依例上疏求去。万历同样一律打住。
纵是如此，张居正仍待在家里不肯出来视事。
万历无法，只得于二十六日派司礼监太监孙隆，带着亲笔手敕和一些礼物，去张府慰问。
孙隆高声宣旨道：“先帝以朕幼小，托付给先生。先生辅佐朕不辞劳苦。那些畜类丧心病狂，发表狂悖言论，动摇社稷，自有祖宗法度来治他们。先生还是以保社稷为重，马上出来干活儿吧。特赐长春酒十瓶（谁喝谁知道啊），以示关怀。先生不要再推辞了！”
君臣又经过几次书面往来，张居正才勉强出来上班。
此次风潮虽然是由言官而起，但部院堂官当中也有给予同情的。礼部尚书万士和就是一个，前此余懋学因言得罪，他就说“直臣不当斥”，并不怕杵犯张居正。而后，以病乞休。张居正这次也领教了反对势力的强大，一度真的想不干了。
风潮的主角刘台，自是难逃厄运。几天后，从辽东械送京师，一路带着枷锁押送过来，被打入诏狱。虽经严刑拷打，但他言辞反倒更为激烈。旁人都为他担心，他却泰然自若。镇抚司审讯之后，拟了“廷杖、遣戍”上报。
张居正虽然内心恨刘台入骨，但还是上疏请免用廷杖。因为上次傅应祯讪谤的是皇上，他出面讲了情。此次刘台不过是诋毁阁臣，自然也要免廷杖才说得过去。
最后刘台被削职为民，还归故里。然而，事情岂能如此罢休！张居正此后又派人去辽东及江西安福，追查刘台的所谓“贪赃枉法”旧事，企图加刘台以重罪。首辅的意图，下面自然有人领会，具体执行的，是江西巡抚王宗载和巡按于应昌。后来刘台果然因罪被遣戍广西浔州（现桂平市）。监督改造两年后，在戍所被诬再次入狱，受酷刑而死。死后连棺材衣服也无，极为凄凉！
以刘台为代表的科道官员，前仆后继地倒张，这类行为，在当代的研究者著作里均被视为“逆流”。向改革者发难而获此恶名，似乎没有什么异议。但这几个人，在品行上无大瑕疵，亦不是改革中的利益受损典型。他们提出的指责，多有所本，是对张居正在万历初年就已显露的专权进行抗议。在皇权机制下，权力无制衡，即使是有为之相也难免唯我独尊，破坏朝政中应有的权力平衡。刘台等人的奋起，应看做是对缺乏公议的决策过程、对一人独大的畸形行政机制而进行的阻遏。
这才是问题的本质。可惜，当时双方没有一个可以共商的平台，因此，不同的意见只能以残酷政争的方式表现出来。
固然刘台诸人进行的是绝望的一击，失败乃题中应有之义，但张居正也为取胜付出了沉重的道义代价，甚至是为他身后声名事业的迅速败亡埋下了伏笔。
——大明多少英才，就是这样有话没法好好说，在险恶的争斗中相厮杀、相诋毁，空洒热血，徒唤奈何！
此事平息了一年多后，万历五年九月，又一场大风波劈头盖脸扑来。
事起突然，牵动甚广，其烈度与惨酷，使人们感觉到仿佛严嵩时代又还魂了。
万历五年，本是张居正风光无限的一年。前一年底，他刚以一品九年考满，加左柱国、升太傅、并荫一子为尚宝司丞。这些荣衔，是大明臣子在生前可以得到的最高荣誉了。转过年来，次子张嗣修会试得中，进士及第。张居正谢恩，万历答曰：“先生大功，朕说不尽，只看顾先生的子孙。”
父贵子荣，皇帝又打了包票，张居正可以高枕无忧了。可惜，万历的这个承诺，到后来成了命运的讽刺。
万历五年五月，万历果然开始“看顾”张居正的子孙，下诏荫张嗣修为锦衣卫正千户。
就在这仕途如鲜花烈火之盛时，江陵传来噩耗，张居正的父亲张文明于九月十三日因病突然去世！
九月二十五日，讣告到京。
这一年初，张居正就得知老父患病，本想回乡探亲，却正逢皇上要大婚，因此决定推迟一年再回。哪里想到这一延宕，父子竟成了天�