毛泽东为此起草了中共中央《关于目前时局与党的任务的决定》，该决定在1月31日召开的中共中央政治局会议上讨论通过，决定提出了力争时局好转的十大任务，其中第七条便是巩固与扩大各个抗日根据地，建设几个革命阶级联合的民主专政的抗日政权。关于抗日民主政权的性质问题，毛泽东在政治局会议上指出，目前华北的抗日政权还不是工农小资产阶级政权，而是抗日民主政权，是几个阶级联合的政权。中共中央的这个决定于2月1日发出。同时还发出《中央关于抗日民主政权的阶级实质问题的指示》。
3月6日，中共中央政治局会议决定由毛泽东起草关于政权问题的指示。同日，毛泽东为中共中央起草了《抗日根据地的政权性质》的党内指示，正式提出抗日民族统一战线的政权在人员构成上实行“三三制”。指示说：“在抗日时期，我们所建立的政权的性质，是民族统一战线的这种政权，是一切赞成抗日又赞成民主的人们的政权，是几个革命阶级联合起来对于汉奸和反动派的民主专政。”“根据抗日民族统一战线政权的原则，在人员分配上，应规定为共产党员占三分之一，非党的左派进步分子占三分之一，不左不右的中间派占三分之一。”指示还强调，在政权建设上，应力避过右和过左的倾向，必须保证共产党员在政权中占领导地位，但目前更严重的是忽视争取中等资产阶级和开明绅士的“左”的倾向。
1940年3月11日，中共中央书记处召开会议。毛泽东在会上提议目前拟采取和平攻势策略问题，他说：山西新旧军的斗争，我们失去11个县，但得到晋西北及新军全部，并使阎锡山中立。现在各处磨擦已处在一种新的形势，我们要采用和缓些的政策，军事上实行休战，政治上实行和平攻势。
同一天，毛泽东在延安党的高级干部会上作《目前抗日统一战线中的策略问题》报告。他根据反磨擦斗争特别是打退第一次反共高潮的经验，指出：“抗日战争胜利的基本条件，是抗日统一战线的扩大和巩固。而要达此目的，必须采取发展进步势力，争取中间势力，反对顽固势力的策略，这是不可分离的三个环节，而以斗争为达到团结一切抗日势力的手段”。“以斗争求团结则团结存，以退让求团结则团结亡”。关于争取中间势力，毛泽东指出：“就是争取中等资产阶级，争取开明绅士，争取地方实力派。这是不同的三部分人，但都是目前时局中的中间派。”“争取中间势力是我们抗日统一战线时期的极严重的任务，但是必须在一定条件下才可能完成这个任务。这些条件是：（1）我们有充足的力量；（2）尊重他们的利益；（3）我们对顽固派作坚决的斗争，并能一步一步地取得胜利”。“在中国，这种中间势力有很大的力量，往往可以成为我们同顽固派斗争时决定胜负的因素，因此，必须对他们采取十分慎重的态度”。毛泽东在报告中还阐述了同顽固派斗争的自卫原则、胜利原则和休战原则，即有理、有利、有节的策略原则。
毛泽东在《目前抗日统一战线中的策略问题》的报告中指出：“顽固派，目前就是大地主大资产阶级的势力。这些阶级，现在分为降日派和抗日派，以后还要逐渐分化。”不久，毛泽东就把中央军又从顽固派中分化出来。
1940年3月14日，毛泽东在为中共中央书记处和中央军委起草的致朱德、彭德怀等的电报中指出：反磨擦斗争必须注意自卫原则，不应超出自卫的范围。如果超出这个范围，则对全国的影响和统一战线很不利。毛泽东在此处特别提出“尤其对中央军应注意此点，因国共合作主要就是同中央军的合作”。
3月25日，毛泽东在为中共中央书记处及中央军委起草的指示中明确提出：“应使干部明白，所谓国共合作，主要就是同中央军合作，我全体干部在加强对一切军队的团结说服工作中，要特别着重对中央军的团结说服工作。”
4月11日，毛泽东在致彭德怀的电报中提出，今后统一战线应有更广泛的开展，而中心点是争取国民党政府的200万军队。
4月12日，毛泽东同王稼祥电示朱德、彭德怀：同意武安、涉县由卫立煌派县长，向卫再让一步。目前应力争八路军和中央军的和好团结。并嘱朱总能否与卫立煌一晤。同一天，毛泽东起草致朱德电报，告以见卫立煌谈话中心，在于强调团结抗战，缓和中央军中一部分顽固派的反共空气，向他们声明，只要中央军不打八路军，八路军决不打中央军。同一天，毛泽东还起草了致陈光、罗荣桓、彭雪枫、刘少奇等的电报，指出：当地方实力派进攻时，八路军、新四军应在不防害自己根本利益条件下，先让一步，求得妥协；当他们不顾一切向我进攻，防害我之根本利益时，应对其一部进行坚决打击，作为警告，然后求得妥协。只有中间派转变成了坚决的不可变化的顽固派，才采取完全决裂、彻底消灭的政策。毛泽东强调：国民党中央军来进攻时，八路军、新四军也应同样采取上述方针，决不能把中央军看成都是顽固派。
1940年4月9日，项英在致毛泽东的电报中，答复毛泽东4月3日来电询问皖南部队是否已做好应付突然事变的准备的问题。项英说，对袭击已有相当准备，但损失不可免。关于突围方向，项英说：“向南，为黄山、天［目］山，纯石山，人少粮缺；靠江，则须经过敌友之间，极不利；渡江，绝对不可能，敌在长江封锁更严，江北桂军已密布江边。”“向东，某方已有布置，须冲过两道封锁，经过几次战斗，才能与陈支会合。到苏南，地区不利，处在敌友夹击，地区狭小。只有在广德、宁国一带坚持，继续战斗。”
4月21日，陈毅、粟裕等致电中共中央，建议皖南部队东移苏南，电报说：“苏南为解决人、枪、款良好地区。皖南则地形好，为向苏浙赣发展战略要点。但目前坚持力量不够，应先放弃皖南，集中全力发展苏南，直到海边。”
4月26日，中共中央书记处致电项英、陈毅并告刘少奇、张云逸，指出：“皖南军部以移苏南为宜。”毛泽东在4月29日的中共中央政治局常委会上，就目前应采取上山还是下山的问题说，现在一切偏僻地方都成为国民党的地区，我们不要上山，而要下水，深入敌后活动。
4月28日，陈毅致电毛泽东、王稼祥，建议皖南、苏南新四军合并，认为“合则两利，否则两面孤军，而且目前主要发展方向是向苏南”，“军部东移领导力量增强，干部加多，且可控制主力在手中以应付事变，并提高质量，故为比较稳当政策”。
5月4日，毛泽东根据中共中央政治局会议决定，起草中央关于在抗日战争及抗日民族统一战线中的策略问题对东南局及新四军的指示，强调应坚决执行中央多次提出的方针，向一切敌人占领区域发展，不受国民党的限制，独立自主地放手扩大军队，坚决地建立根据地。
5月5日，毛泽东起草中共中央书记处关于新四军兵力部署问题致项英、陈毅电，指出：一、同意新四军军部、后方机关及皖南主力移至苏南，但皖南阵地仍须坚持并发展。二、新四军一、二、三支队主力的主要发展方向不是在溧阳、溧水、郎溪、广德等靠近中央军的地区，而是在苏南、苏北广大敌人后方直至海边的数十县，尤其是长江以北的地区。三、应在吴淞口至南京之间及芜湖以西长江两岸控制多数渡口，务不使被切断渡江交通。四、速令叶飞在长江北岸扩大部队，建立政权。
但是项英对速移苏南的部署犹豫不决，6月12日，项英在致中共中央的电中说：“军部移动已停滞。如自加移动，因由皖［南］至苏南中间地区在两河之间，彼方军队已布置，须两日半行程才能通过，加以这段地区地方工作最差，很可能为彼方借词进攻。这一带作战极不利，故目前只有作待机移动。”这样，中央关于皖南新四军速移苏南的部署被拖下来了，一直没有落实。
国民党军第三战区司令长官顾祝同，于1940年4月间多次提出要江北新四军全部南调，并要新四军政治部主任袁国平到上饶谈判。4月中旬，袁、顾谈判开始。4月14日，项英向中共中央提出将江北新四军全部南调的意见。16日，中央军委复电项英，指出江北部队不应南调，应配合八路军向苏北发展。同日，项英又致电中共中央：“袁到上饶正求缓和，以我估计，江北部队不南调，冲突仍不免，全国局势日益恶化，我主张将近调之叶张两团（指叶飞领导的新四军第一支队原第六团和张道庸领导的新四军第二支队原第四团）全部急返江南，以应大事变。”20日，中共中央又致电项英，指出：蒋介石、顾祝同的阴谋是想把新四军江北、江南部队全部集中到苏南敌后狭小区域，隔断八路军与新四军之联系，尔后在适当时机消灭新四军。同时还强调指出：皖北、皖东、淮南、苏北是我军在全国最重要的战略地区之一，是击败蒋介石把八路军、新四军全部困在敌后，消灭新四军之阴谋的重要斗争地区。因此，在与顾祝同的谈判中，绝对不能答允四、五支队和叶、张两团南调。叶、张两团及苏北部队均暂归中原局指挥，调动应依照中央的电令。至于江南部队如何部署，可视情况自行决定。
为使项英坚决执行中共中央关于发展华中的战略方针，毛泽东于5月4日，为中共中央起草了给东南局的关于在抗日战争及抗日民族统一战线中的策略问题的指示（简称“五四”指示，建国后编入《毛泽东选集》第二卷时，题目改为《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》）。指示强调指出：在一切敌后地区和战争区域，应强调同一性，不应强调特殊性，否则就会是绝大的错误。不论在华北、华中或华南，不论在江北或江南，不论在平原地区、山岳地区或湖沼地区，也不论是八路军、新四军或华南游击队，虽然各有特殊性，但均有同一性，即均有敌人，均在抗战。因此，我们均能够发展，均应该发展。所谓发展，就是不受国民党的限制，独立自主地放手扩大军队，坚决建立根据地，在这种根据地上独立自主地发动群众，建立抗日政权，向一切敌人占领区域发展。同时明确指出，由于国民党顽固派坚持执行防共反共限共政策，“我们应强调斗争，不应强调统一，否则就会是绝大的错误”。斗争是克服投降危险、争取时局好转、巩固国共合作的最主要的方法，是应付可能的全国性的突然事变的正确方针，当然这种斗争应坚持有理、有
利、有节的原则。指示要求东南局和新四军军分会诸同志讨论中央的这一策略指示，并传达到党和军队的全体干部，坚决执行。
朱德于1940年5月26日从前线回到延安。5月27日，毛泽东出席延安各界在中央大礼堂举行的欢迎朱德从抗日前线回到延安的晚会。
5月29日，中共中央书记处召开会议，听取朱德关于国共磨擦的报告。朱德在报告中说，从打退国民党这一次反共磨擦中，我们得到一个大的教训，这就是争取中间力量是非常重要的。他在报告中还提出，对顽固势力我们也要争取。毛泽东非常同意朱德的意见，他在会上发言说，朱总报告说得很对，我们还要争取中间势力，对顽固势力也要争取与分化，即使打了他们，也还要争取他们。不能把顽固派当作汉奸打，把中间派当作顽固派打。目前顽固派势力削弱，中间派的势力增大，要争取中间势力，就必须有统一战线的办法，如实行“三三制”的政权等，同时在理论上也要多作说明。
6月10日，中共中央书记处召开会议，讨论怎样纪念“七七”抗战三周年，会议提出中央准备发表纪念宣言，并发一个指示，政治局的同志都要写纪念文章等。毛泽东在谈到写纪念文章时指出，要解答一些实际问题，例如政权问题，应当公开说明“三三制”问题，说明只有统一战线政权才能争取中间力量。目前党内错误倾向主要是“左”倾，表现在政权问题、土地问题、群众工作等方面，要发一个中央关于纠正“左”倾错误的指示。
7月7日，根据中央政治局会议的精神，中共中央发出关于目前形势与党的政策的决定。决定指出，必须纠正在执行统一战线政策中的“左”倾错误，一年以来在反磨擦斗争中发生了许多“左”的错误，主要是：在军事斗争中有些地方没有坚持自卫原则；乱打汉奸；财经工作中侵犯商人财产，滥罚款滥征税；在政权问题上不执行