“九一八”后不久，蒋介石为加强对全国军事的领导，特设军事委员会，自任委员长，并在自己身边组织一个办事机构。这是个非常重要的机构，到这时已分设三个处：第一处主管军事机要，第二处主管党政，第三处主管人事，而以第一处为重点。张治中到侍从室就是担任第一处主任。蒋对张的任用是非常重视的，而张也确实不负所托，把全部精力时间投进去，处处表现得好，深得蒋的欢心。
由于工作关系，张、蒋两人每天在一起，蒋对张极为信任，重大事项，当面一商量，马上执行，举几件突出事例为证。
1939年秋，日军在广东钦州登陆，越过十万大山攻取南宁，然后回兵扫荡攻占昆仑关要地。国民党兵力并不少，但作战不力，结果全军大败，国内震动。蒋介石为此亲临柳州，在郊区大石洞召开军事会议，参加者张治中、陈诚、白崇禧、林蔚、张发奎、梁寒操和总司令、军、师、旅长等四五十人。张治中认为，此次失败主要在将不用命，士无斗志，为了挽回颓势，必须整顿军纪，严明赏罚，因此约会陈诚、白崇禧、张发奎、林蔚等，建议他们在会上作出检讨并自请处分，从白、陈、张起到总司令、军、师、旅长，或降一级，或记一过，或革职查办，或交军法审判，开列名单，送请蒋介石定夺。蒋认为很好，当即在会上宣布，一时全军震动，士气为之大振。蒋再次调兵遣将，重新部署，在昆仑关打了一个胜仗，夺回据点，击毙日军旅团长中村正雄、联队长三木及以下四千多人。“七七”抗战开始，蒋介石在全国先后设置十二个战区。单位多了，大本营直接指挥多有不便，于是在桂林设西南行营，以白崇禧为主任，在天水设西北行营，以程潜为主任，分领若干战区。但是实行结果，感到指挥难通。首先，军事指挥多一层次，命令到达行营再到战区，再到集团军、军、师、旅，不能如臂使指，影响效率。其次，行营原是委员长派出机构，作战时，一方面代表委员长指挥军事，另一方面又不能不根据下级要求向大本营提出申请，地位欠明确，常常出现梗阻。第三，蒋介石指挥军事往往直接到军、师、旅，甚至到团，多一层次即多一手续，难于适应。因此，张治中向蒋建议撤销行营一级。蒋经慎重考虑，同意照办。
蒋介石向来喜欢兼职。抗战中期，一度兼了行政院长，后来四川地方派系闹纠纷，出了问题，蒋又要兼四川省主席。张治中力言不可，说：“第一，做得好，是应该的，做得不好，有损威信；第二，您是行政院长，又是省主席，主席决定的事要不要行政院长同意？自己指挥自己，不成体制；第三，中央人才多，物色一两个省主席，应不成问题。”蒋说：“你说的是，可是找不到适当人选。”过了没多久，蒋亦感到不方便，就辞掉了。
最笑话的一件事，抗战时大后方交通业务庞杂重要，尤其是滇缅路通车后，缺少一个统一的领导机构，大家建议在军委会下设置一个“交通运输统制局”。主管人事部门请示局长人选时，蒋在签呈上批了“自兼”两个大字。张治中看了，深深不以为然，向蒋劝阻说：“您是全国最高军事统帅，怎可以兼一个事务性的小单位的局长？太不成体制了。如果您认为这个单位重要，非有分量的人充任不可，还有参谋总长嘛。”蒋说：“好，那您去征询何应钦的同意。”开始何应钦表示不愿意兼，张对何说：“如果你不兼，委员长要自兼，你也不好意思。”何无可奈何才答应了。后来这个运输统制局成立，流弊百出，怨声载道。张心下深庆蒋没有兼，否则威信受损，还招来烦恼。
张治中与蒋介石关系之密切，还表现在几乎知无不言、言无不尽上面。
有一次，大概是1942年吧，在黄山蒋的官邸举行军事会报，张治中慷慨陈词，直言不讳说：“当前高级干部思想保守，惮于改革，不求进步，充满畏难苟安的习气，毫无创造进取的精神，一天天老大腐败下去。党内外到处充塞不满的呼声，如继续每况愈下，前途将不堪设想。”又说：“目前物价飞涨，政府无法制止，一般人民和公教人员生活艰苦已到极点，主管无法解决，行政院尤应负主要责任。”蒋介石听了皱起眉头说：“大家都是这样，我有什么办法？我只有一个人决心累死算了！”会后出门，何应钦拍拍张治中肩膀说：“文白先生，你何必说这样多！”
1942年2月，蒋介石拟出访印度，召集高级干部十多人征求意见。张治中首先起来反对说：“您是一国的元首，要是罗斯福或丘吉尔邀请您去华盛顿、伦敦访问，是可以的。现在您自动访问印度，接受英国殖民地总督的接待，是不合适的。不仅看不出有什么意义，而且也引起英国的猜疑。”蒋不接受，出去了。事后证明，蒋带了一肚子气从印度回来了。
某次日机侵入重庆市上空，张治中陪同蒋介石夫妇进入防空洞。在谈话中张指出：“现在有一种不好的现象，大家不敢讲话，显得衰老消沉，不是一个革命党内应有的气氛，请您多多鼓励大家说，发扬自我批评与相互批评。”蒋听了连连点头，说：“为什么大家不讲话？”张说：“不讲话是因为不敢讲，也不愿讲，如果您鼓励大家讲出自己心里的话，大家是会讲的。”宋美龄在旁说：“讲话是可以，但是不能乱讲？”（当时国民参政会有人检举揭发孔祥熙、宋子文的事情。）
有一天晚上，蒋介石约了张治中、陈诚、熊式辉往见，征询大家对行政院院长人选的意见。大家感到不大好说，希望蒋先提一些人选再讨论。蒋看大家不开口便说：“没有人能做，只有我兼了。”张说：“我的设想，现在能做行政院长的人一打半打都能找出来，不知您用什么标准衡量说是没有人能做？”蒋大声失笑说：“有那么多的人能当行政院长吗？”在蒋心目中，中国确实是没有人才的，所以他什么职位都兼。全国各种类型的军事学校以千计算，他一律兼上校长，挂名而不管事。有一个时期，还兼了教育部长、中央大学校长等。
从1940年至1949年，是张治中一生政治生涯中的黄金阶段，也是他在中国政治舞台上最活跃的阶段。贯穿着这一阶段的活动就是“和谈”。当然，这些活动都离不开蒋介石的幕后牵线。
日帝侵华，民族矛盾上升，国共两党结成抗日民族联合阵线。在抗战开始后一两年间，和平合作的局面尚能勉强维持，往后就不行了。从1939年起，两党摩擦和地区冲突不断发生，蒋介石先后颁布了“防止异党活动办法”、“共产党活动最烈之区应实行连保连坐法”、“共党问题处理办法”，并于1939、1941、1943年先后三次掀起反共高潮，把两党关系推到破裂的边缘。尤其是1941年发生的“皖南事变”，叶挺被俘，项英身死，新四军几乎全军被歼。事前，在黄山蒋介石官邸会议上，张治中向蒋介石进言：“对共党问题，应有冷静之考虑，慎重之措施，勿任有成见而好冲动者为无计划、无限制之发展。”蒋听了不作声，背后却指使顾祝同、上官云相等采取军事围攻手段。事件发生以后，张又向蒋反映三事：其一为美总统罗斯福私人秘书居里访华，约见中共代表周恩来，在军委会召开的党政军联席会议上，有人主张把周恩来软禁一天，勿使会面。其二为军令部对新四军的处置提出甲乙两案，甲案为明令撤销新四军番号，乙案为不撤销番号，任其北上。张治中主张两案并呈核夺，白崇禧力主只呈甲案，并对张厉声斥骂。其三为军委会办公厅于新四军事件后通报各单位，今后行文“异党”一律改称“奸党”。张认为这三件事将导致两党全面破裂，上书请求蒋加以纠正。蒋竟不理不复。
第六部分十一、张治中与蒋介石（5）
新四军事件一经公布，国内外震动，冯玉祥大骂何应钦搞阴谋。于右任愤然地说：“他（指何应钦）欺骗了我！”张冲说：“这使我无脸见人。”连孙科都表示忧虑。在香港的宋庆龄、何香凝、柳亚子、彭泽民则通电反对。黄炎培说：“这是绝对错误的！”美总统代表居里正式向蒋声明：“在国共纠纷未解决前，无法大量援华。”英国政府也表示要蒋停止国内冲突。反对之声，来自国内外四面八方。蒋介石自知理亏，于是指派张治中和张冲去和周恩来谈判解决办法。
当时，周恩来住在上清寺曾家岩五十号，距张治中住处桂园甚近。张访周谈了几次，首次表示歉意说：“这是少数人的过激行为，希望能和平解决，不影响两党团结和抗战大业。”周恩来严正地说：“事件的性质很清楚，绝不是蒋所说的‘问题很简单，事件也很普通的整顿军纪的局部问题’，而是国民党反动派反共投降的一次大暴露，方式是突然袭击。问题是很严重的，怎可能不影响两党关系？”张说：“事已至此，总得设法和平解决为好，希望以全局为重，以抗战大业为重。”周说：“从各方面的强烈反应来看，国民党此举是极端不得人心的，对这个反共投降大阴谋，我们要号召全国人民起来加以制止！”反复商谈多次，最后周恩来代表中共提出六项要求：（1）取消一月十七日反动命令；（2）惩办祸首何应钦、顾祝同、上官云相，恢复新四军番号；（3）恢复叶挺自由，释放被俘干部战士，抚恤死难将士；（4）逮捕各亲日派首领，交付国法审判；（5）停止华中几十万大军的“剿共”战争，平毁西北的反共封锁线；（6）严整抗日阵营，坚持抗日到底。张治中抄报蒋介石，蒋悍然置之不理，谈判遂中止。
自此以后，国民党反共气焰虽甚嚣张，但双方的谈判仍在不断进行。到1942年秋，中共中央又加派林彪来重庆参加谈判。林是黄埔四期，张治中的学生，蒋介石就指派张治中负责。张和周恩来、林彪对谈，谈了八个月之久，周将最后意见四点抄给张，张转报蒋介石：（1）党的问题，在抗战建国纲领下取得合法地位，并实行三民主义。中央亦可在中共地区办党办报。（2）军队问题，希望编四军十二个师，请按中央军队待遇。（3）陕北地区，照地区改为行政区，其他各区另行改组，实行中央法令。（4）作战区域，原则上接受中央开往黄河以北之规定，但现在只能作准备布置，战事完毕，保证立即实施；如战时情况可能（如总反攻时），亦可商承移动。
在张治中看起来，中共所提条件相当宽大，如确具合作抗日诚意，应予接受，随着这一条款的执行，两党摩擦有可能终止。无奈蒋介石及其属下坚拒，和谈又一次中止。
到1944年5月间，中共中央又派林祖涵到重庆继续谈判。蒋介石派张治中和王世杰为代表参加。谈判时间由5月至10月底，地点由西安到重庆，过程遥长、曲折而又艰苦。最后林代表中共提出组织联合政府、召开国是会议等主张，蒋介石一口拒绝，和谈又一次失败。最后仅由张治中、林祖涵二人在国民参政会分别作报告，诉之于社会公断。
到同年11月，美国总统罗斯福派私人代表赫尔利来华，表示愿调解国共两党争端。国共双方同意。中共代表是周恩来，国民党代表是张治中、王世杰（宋子文当时代行政院院长，亦有时参加），加上赫尔利，从11月谈至1945年夏，双方互提条件。关键在于蒋介石坚持不肯立即结束党治；党派会议的决定和施政纲领须通过国民政府召开的国是会议方能成立；拒绝中共派人参加旧金山联合国会议等。因此未能达成协议。
两党谈判断断续续，时松时紧，但到1945年8月15日，日本宣布无条件投降，毛泽东到重庆，却把和平谈判推上了第一个高峰。
先是1943年夏某一天，蒋介石电约张治中往见说：“我想请毛泽东到重庆来，我们当面谈一切问题。你看好不好？”张听了很兴奋，说：“很好，很好！我完全同意。”于是蒋立书一亲笔信给毛泽东，发出邀请。信由林彪带返延安，但杳无信息。日本无条件投降，全国热烈庆祝，张却忧心忡忡。因为他目睹两党关系已恶化至极点，内战一触即发，因此向蒋介石旧事重提，请再次发出对毛泽东的邀约。蒋立予同意（按：事后知吴鼎昌亦有同样建议），连发三电，毛泽东欣然同意。蒋介石于是派张治中做代表会同赫尔利坐专机到延安迎接——这是张治中一到延安。
事情进行顺利，张治中于8月28日把毛泽东接到重庆，把自己的官邸——桂园借给毛泽东、周恩来使用，当晚又陪同毛泽东到蒋介石官邸欢宴洗尘。经过双方商洽，当即派定谈�