“暂理藏王事务”、附近喇嘛、番众等俱已归顺，官兵八十余人和百姓一百一二十人逃往布达拉，“达赖喇嘛给银养赡”。十八日达赖传令“各塘照旧应付官兵”，又令“各番不得伤害汉人”，二十三日。班第达已拿获逆首卓呢罗卜藏扎什，捕获逆党过半，劫去饷银亦追出大半，粮务通判常明和兵民俱回原处居住，局面稳定下来。［16］
乾隆帝于十一月十四日收到四川总督策楞的奏折，知悉傅清、拉布敦计诛叛王为国捐躯，十分哀痛，于十一月十六日下谕封授二人爵位说：
“（傅清、拉布敦被害）朕深为悯侧，不觉涕零。因思傅清、拉布教若静候谕旨遵行，或不至是。但珠尔默特那木扎勒反形已露，倘不先加诛戮，傅清等亦必遭其茶毒，则傅清、拉布教之先几筹划，歼厥渠魁，实属可嘉，非如霍光之诱致楼兰而斩之也。夫临阵捐躯，虽奋不顾身，然尚迫以势所不得不然，如傅清、拉布敦揆几审势，决计定谋，其心较苦，而其功为尤大，以如此实心为国之大臣，不保其令终，安得不倍加轸惜耶！傅清、拉布敦著加恩追赠为一等伯，著入贤良祠、昭忠祠春秋致祭，傅清并入伊家祠从祀。伊等子孙给与一等子爵，世袭罔替，以示朕褒忠录庸之至意。”［17］
不久，乾隆帝又赐傅清、拉布敦之家各银一万两，赐拉布敦之妻房屋一所，将拉布敦之子交大学士傅恒“照应教训”，并以驻藏大臣之通思岗衙署改为傅清、拉布敦祠堂，赐名双忠祠，又于京师石大人胡同建双忠祠以祀二人。
傅清、拉布敦仅仅依靠微不足道的百余士卒，就诛杀了兴兵作乱势倾藏地的郡王珠尔默特那木扎勒，为彻底平叛奠定了基础，避免了满、汉、藏族互相残杀的大灾难，为此而英勇就义，确系有胆有识、大智大勇、建树殊勋的功臣，他俩得到追赠爵位等厚遇，是完全应该的，是当之无愧的。但是，乾隆帝之种种殊恩，是否还包含着内疚和补过的因素？看来是有些原因的。姑且不谈乾隆帝多次拒绝傅清、拉布敦奏诛藏王之请，如早从其言，派遣大军入藏，“双忠”可能还在人间。就是当十四年十二月四川总督策楞奏请恢复旧制派兵五百常驻西藏时，若帝从其议，也许傅清二人还不至于血染官署。因为通司岗的驻藏大臣衙门，“系三层楼房，楼高墙固，即偶有意外之事，易于防守”。［18］设若傅清、拉布敦领有新派驻兵五百，连原有一百余名兵士，六百余人倚险坚守，珠尔默特那木扎勒已死，余党虽有数千，但系乌合之众，战斗力不强，只要坚持一二天，达赖喇嘛就能调遣僧俗官民前来救援，内外结合，就可消灭叛军，保住两位大臣及其属下官员兵民的性命。可是，乾隆帝担心藏王起疑，犹豫不决，未果断下令多派驻兵，以致傅清等人兵微将寡，为国捐躯。回思几年内对藏事处理的欠妥，乾隆帝很难不有悔恨内疚之意。他曾下谕论述事变之因说：“珠尔默特那木扎勒凶悖肆恶，本因向来威权太盛，专制一方，致酿此患，乃朕加恩过重，有以纵之，不可不追悔从前之不早为裁抑。”［19］这也许是他厚赠傅清、拉布敦的原因之一吧，藉此以示补过。这样作，是完全应该的，无可非议。
四、乘机整顿藏地 “酌定西藏善后章程”
乾隆帝于乾隆十五年十一月十四日知悉傅清、拉布敦诱斩叛王珠尔默特那木扎勒，为逆党所害以后，十分愤怒，准备大举进剿，立谕四川总督策楞、提督岳钟琪带兵三千名，速往西藏，命建昌镇总兵董芳领兵二千名随后策应，调兵三千预备派遣应援，命陕甘总督尹继善至川，筹办、经管输送粮饷、调兵接应、奏报军情等事，令云南提督冶大雄查寻所有路径，集兵待旨，以便从滇入藏，又派侍郎那木扎勒、兆惠赶往西藏，会同新任驻藏大臣理事。寻因藏中大局已定，首逆擒获，他便从策楞之请，仅拨兵八百名随其进藏，令岳钟琪回驻打箭炉。
他交与策楞，班第等大臣的使命，是处理好西藏善后事宜，尽量把西藏管好，不要再生事端。
十五年十一月十七日，即知悉变乱后的第三天，他下谕给军机大臣，提出了乘此机会彻底整顿西藏的方针和重要政策。他说：
“西藏经此番举动，正措置转关一大机会，若办理得当，则可保永远宁谧，如其稍有渗漏，则数十年后又滋事端。朕前传谕班第，以西藏事必当众建而分其势，目今乘此兵威，易于办理，惟在相度机势，计虑久远，方为万全。傅清等虽曾许班第达为藏王，然伊筹办理珠尔默特那木扎勒之初，不知班第达曾经与闻否？设先预闻，必先有成约，如伊果能统所属人众，救护策应，则卓呢罗卜藏扎什未必猖撅至此，乃伊不行救护，而先奔至达赖喇嘛处，……其居心狡狯为何如者。伊若一为藏王，即使恭顺如颇罗鼐，而其子孙亦不可保，此其可虑，岂在珠尔默特那木扎勒之下哉。策楞等至藏，细加体访，如其人实无他能，听受约束，即量子爵秩，……（若因不封王而怨望）即声其不救护驻藏大臣之罪，相机加之显戮。……至珠尔默特那木扎勒之子，必不可留，其所有赀产，岁入必极丰厚，应入官为驻藏大臣公用，足供驻兵千人而有余。……噶隆事务，于事权极有关系，必须驻藏大巨管理，呼应方灵。即如珠尔默特那木扎勒一言而塘汛断绝，班第达一言而塘汛复通，信息往来，惟藏王之言是听，而驻藏大臣毫无把握，如此即驻兵万人，何济于事。策楞、岳钟琪到彼，目击情形，务须将此事彻底熟筹，……
令自我出，方为扼要。将来不但西藏应留兵驻守，即打箭炉为西藏咽喉，亦应添驻重兵。以方今时势言之，国家全盛之力，岂以添兵多费为虞耶？现交议政王大臣会同军机大臣等详悉定议，可并备细传谕策楞、岳钟琪等知之。”［20］
这道谕旨讲了六个问题。其一，确保西藏隶属中央，使藏区永远宁谧。乾隆帝清楚地认识到，过分优待和姑息珠尔默特那木扎勒，是使其谋叛和未能及早防止变乱的重要原因。这固然是有损个人威严的不光彩之事，但他并不灰心丧心，没有淹没在无穷无尽的惟知后悔、羞惭的狂浪之中，而是痛定思痛，总结经验教训，振奋精神，知难而进，变被动为主动，探讨新的方针，决心利用平叛机会，实行大的改革，彻底解决西藏间题。所以他特别强调要充分利用这个“措置转关一大机会”，要“办理得当”，以保“永远宁谧”，不要“稍有渗漏”，使数十年后又滋生事端。
其二，不封班第达为藏王。乾隆帝看准了封授藏王之欠妥，一为藏王，就会象珠尔默特那木扎勒那样“专制一方”，“威权太盛”，从而可能产生谋叛不轨的念头。如果班第达当上藏王，即使本人识时务安分恭顺，也难保其子孙永远忠顺，这将使西藏永远不能安宁，严重危害中央对西藏的管辖。设若班第达因未封王而怀怨恨，就要列数其不救驻藏大臣傅清之罪，加予诛戮。
其三，驻藏大臣管辖噶隆。乾隆帝从这次叛乱的爆发和制止，深刻地认识到噶隆之重要。达赖虽为藏民拥戴和崇拜，但其终日念诵经文，潜心修行，不理俗事琐事，军政财刑诸事主要由噶隆负责，藏民视他们为达赖的代表，听其统辖驱策，因此，珠尔默特那木扎勒一声令下，不许藏民应付汉土官兵商民和文书传送，塘汛即断，班第达被达赖委以“暂理藏王事务”后，传令各塘照旧工作应付官兵，塘汛即通。有鉴于此，乾隆帝着重指出“噶隆事务，于事权极有关系，必须驻藏大臣管理，呼应方灵”，才能“令自我出”。
其四，处置首逆。珠尔默特那木扎勒之子，必不能留之于世，将叛王家产全部抄没，以供驻藏大臣之用，这样就可解决驻兵一千余人之需。
其五，驻兵西藏。这次叛乱，充分表明了乾隆帝撤去驻藏兵士的做法十分谬误，西藏不是驻兵太多，而是驻兵太少，更不应该取消驻兵。乾隆帝吸取了教训，强调必须在西藏驻兵，甚至在为西藏咽喉的打箭炉，也要添驻重兵，“国家全盛之力”，能够供应这笔费用。
其六，管好塘讯。西藏拉萨距京数千里，运送文书，正常时间一般需二十八九日才能到达。塘汛一断，音信不通，下情不能上达，谕旨难到臣手，情况不明，决策难定，且易失误，因此，必须管好塘汛，将此权掌握在驻藏大臣手中。
这道谕旨除了未涉及达赖外，基本上包括了藏务的重要问题。此后，乾隆帝陆续下谕，将这道谕旨所定的方针、政策不断充实、发展和完善。第二天，十五年十一月十八日，他给达赖、班第达下达专谕，着重讲了四个间题。其一，安抚、嘉奖达赖。他强调指出，变起之因及平定，皆表明了朝廷保护达赖之至意。“朕向因珠尔默特那木扎勒素不信奉达赖喇嘛，心怀仇隙，是以屡加训饬”，谁料其愈起疑心。驻藏大臣傅清等人因其“残暴性成，狂虐日甚，终恐不利于达赖喇嘛”，故奋不顾身，翦除凶逆，“凡此皆以为达赖喇嘛也”。今达赖肘腋之间，除此隐患，佛地肃清，“朕心深慰”。叛党杀害驻藏大臣，经达赖传谕解散逆党，安抚难民，地方得以宁谧，“朕甚嘉之”，特加恩赏赐物品，以示“朕优眷之怀”。
其二，不封班第达为藏王。珠尔默特那木扎勒本不应袭封郡王，因念其父颇罗鼐一生恭顺效力，故格外施恩，令其袭爵。不料其管理藏事后，奏撤驻藏官兵，茶毒藏民，杀害其兄及侄与众头人，抄占班第达家产，阻绝塘汛，欲尽害官兵。其之如此悖乱而未立被阻止，“亦因朕之加恩过厚，有以纵之。藏地之人虽怨彼，而以朕所封之王，不敢如何，朕实深为追悔”。傅清诛叛王时，虽有令班第达管理藏地之话，“实未奉朕谕旨”，亦不过因藏地不可无人统率，又欲其统兵相助，故从权委办。若班第达能践约统兵除贼，使两位大臣平安无事，藏地宁静，则即按二大臣的许诺办理，亦未为不可。乃班第达却不能救护大臣，“已不为无过”，但念其势孤力弱，姑置不问，岂可自居有功，“承受朕封王之异恩乎”？著其仍以公爵办理达赖喇嘛噶隆事务。班第达果能实心恭顺，妥协接应进藏官兵，与新设噶隆同心一意，秉公办事，“则为国家腹心之臣，可永享升平之福”。
其三，强调驻藏大臣之权，不使噶隆权势太大。从珠尔默特那木扎勒权大谋叛之事，可以看出，“办理噶隆之人，权势不可使太专”。此乃“朕所加恩永辑藏地亿万生灵之要道也”。著总督策楞等官会同达赖，于藏地头人中，择一“晓事安分而番众素所信服者”，任为噶隆，与班第达协同办事。寻常细事，听此二噶隆照旧承办，“至具折奏事，及兵备、驿递等重务，则令钦差驻藏大臣，会同噶隆二人办理，钤用钦差大臣关防，永为定制”。其驻防官兵、安设台站，及一切事宜，著策楞、兆惠、那木扎勒、班第等人会同达赖及班第达悉心筹酌妥议具奏。
其四，抚恤无辜去世的叛王之兄。叛王从前诬控兄长镇国公珠尔默特策布登谋反，加兵杀害，以病死捏奏，今真相已明，应为冤死者昭雪，著班第达查明其子，传帝谕旨，复给以公爵，令管辖阿里克地方，其父家产为叛王抄没霸占者，俱著察明给还。［21］
又过了十一天，十一月二十九日，根据策楞奏报逆党头目已擒，“藏地现已宁谧”等情，他专门下谕给达赖、班第达及“卫藏所属番众”，除了重申叛王之罪及朝廷欲擒叛王“以为达赖喇嘛除患，且为藏地番民除凶暴而抒公愤”以外，还讲了下述问题：叛乱已平，无庸派动大兵，只令总督策楞进藏，问候达赖，“办理一切事宜”。班第达平乱有功，加恩赏赐内库缎匹。所有已获佘党，牢固看守，俟总督策楞、钦差大臣兆惠、那木扎勒、班第等共同查审，照内地之例，惟诛首恶及附和为恶之人，其余胁从人员，俱从宽对待，概不株连。劫夺的府库银两，已交者贮库，未交者免追，以免累及无辜。最后，他着重指出，“朕此番办理，惟欲藏地永远宁谧，敬奉达赖喇嘛，令人心悦服。达赖喇嘛、班第达等，将朕此旨通行明白晓谕所属番众人等，令其安静乐业，永享升平之福，以副朕恩德绥怀之至意。”［22］
乾隆帝以上几道谕旨和其他有关上谕，对达赖、班第达、噶隆、叛党、受害者及西藏僧俗官民，都作了安排，确定了治藏的方针和重要政策，为处理善后事宜及安定藏区，奠定了坚实的基础。
四川总督策楞、驻藏大臣班第到藏后，执行帝旨，宣读上谕，抚慰达赖、