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这是他们之间第一度交锋。加尔文明知道，在精神与宗教事情上面，卡斯特利奥远不会就此束手屈服。他意识到，藏在谨慎的谦恭后面的，是一切独裁的永恒敌手，是一个人的独立精神。从这时起，加尔文决计抓住头一个机会，便将那只听命于良心、而不睬旁人命令的人赶走。只要做得到，卡斯特利奥必得给逐出日内瓦。
口实是不愁找不到的，加尔文果然没有等多久。卡斯特利奥家累沉重，学院付给他的菲薄薪水难以为继，很希望得个合适又高薪的“上帝言语传道者”职务。自从逃出里昂城，这便是他的主要目标——做个《圣经》教义的仆人和辩护士。这杰出的神学家在汪多瓦教堂布道数月，未曾引起敌意的批评。在日内瓦，提议任命他做新教传教团成员，该是再顺理成章不过的事情。其实，市行政当局也同意任用卡斯特利奥。在一五四三年十二月十五日，行政当局一致通过决议，大意是：“由于塞巴斯蒂安学识渊博，颇适于做教会之仆人，兹明令任用。”
可行政当局忘了考虑加尔文。什么？像卡斯特利奥这样精神独立的人，只会给加尔文找麻烦；而他们竟敢加以任用，也不呈递给传教士的首脑？特别是把个传教士委任为宗教法庭成员，便更其无法接受。加尔文立即反对；在致法里尔的信上，他躲躲闪闪地为自己辩解道：“反对此一任命的理由甚为重要。我只向理事会暗示此类理由，而未公开解释；同时亦留意不攻讦其名誉，以求保护之，而防止错误的怀疑。”
读到这些晦暗神秘的话，我们自会觉得可疑。我们怎会不觉得，准保有什么事情，于卡斯特利奥不利？仿佛他做错了什么，不配传教士的尊荣；仿佛加尔文明知道他的什么污点，却宁愿以基督教兄弟之爱的幔幕遮蔽起来，以“保护”他！我们不禁自问，这深受尊敬的学者，能犯上怎样的过错——需要加尔文宽宏大量地遮掩。越过国境时受了贿赂？和什么荡妇同居过？此前他明明纯净无瑕呀；莫非这声誉的后面，有什么不可告人的过失？显然，加尔文一准想借这种模棱两可的怀疑氛围，迫卡斯特利奥投降——对一个人的名誉而言，还有什么比这含糊其词的“保护”更糟心？
然而塞巴斯蒂安？卡斯特利奥才不想得什么“保护”。他的良心一片纯净；了解到争取任命的努力落了空，他便将原委和盘托出，坚持加尔文必须在市行政会前公开说清，何以拒绝任命他卡斯特利奥做传教士。如今加尔文被迫摊牌，他得说清楚卡斯特利奥犯了什么神秘的过错。这不就是么——加尔文曾巧妙地将这罪行遮掩了起来。这过错好不骇人，涉及到《圣经》文字的两处无关紧要的解释，对此卡斯特利奥的看法与加尔文小有不同。一处是卡斯特利奥宣称所罗门的雅歌并非圣诗，而是世俗的诗篇。书拉密的赞歌，说她的乳房“好像一对小鹿，就是母鹿双生的”，这纯属世俗的情诗，绝非颂扬教会的比喻。第二处分歧同样微不足道——卡斯特利奥对耶稣降入地狱的看法与加尔文有所不同。
看来这替卡斯特利奥“宽宏大量地遮掩”的罪名实在无关宏旨，而就为这样的过错，卡斯特利奥得被拒绝任命为传教士。而这实际上重要得很，因加尔文那样的人，只要关乎教规，任何事情都绝不会微不足道。对他严整刻板的精神而言，既经在他的权威首肯之下，建立了教会当中的至高统一，则表面上无足轻重的分歧，其危险并不稍逊于严重的失误。在他以坚实的路线建成的逻辑大厦里，每块石头，每个小小的碎片，都须各得其所；在宗教领域，正如在政治生活与习惯、法律方面一样，他原则上拒斥任何形式的自由。如若他的教会还要存在，势必彻底保持独裁统治；如若有谁不承认他的至高领导，对自由心怀热望，在他的国家便绝不容生存。
因此，行政会传讯卡斯特利奥与加尔文公开辩论，届时来提供各自观点的书面证据，便成了徒劳之举。用不着老是重复，加尔文只希望教导，绝不愿聚拢来听旁人的教导。他拒绝跟任何人讨论，而只是发号施令。当他就此事首次发言，便要求卡斯特利奥得“回归我们的想法”，还警告他不宜“自以为是”，这会与教会实质性的团结相冲突。至于卡斯特利奥，正如加尔文一样的忠于自己。在他看来，良心自由乃是精神上至高的善，为这自由，他准备着付出一切世俗的代价。他知道，自己只需在这两个无关宏旨的细节上面占了加尔文的上风，在宗教法庭便可获取有利地位。
于是，卡斯特利奥便以其坚强不屈的独立精神予以答复。他说，任什么也不能导致他做出无法履行的承诺，因这承诺会使得他的行为有悖于良心。因此，卡斯特利奥与加尔文的一次公开辩论根本就无济于事；在此一特殊关头，这两个不同性格的人——要求宗教事务全部自由的自由派宗教改革家，与正统派宗教改革家，便出现了对立。既经与卡斯特利奥进行了这场于事无补的辩论，加尔文这样在文章当中替自己辩解道：“基于我们的讨论，我只能断定，他对我意见甚多，绝难相信尚能相互理解。”
那末，卡斯特利奥对加尔文有什么意见？加尔文在文章里道出了这一点。“塞巴斯蒂安总是以为，我渴望着支配一切。”可是其实，有什么比实际情形更加简截明确？两年以来，卡斯特利奥了解的情形尽人皆知——由于自己暴戾的欲念，加尔文只能容得日内瓦有一个人的意见，便是他自己；在他精神的影响所及，除去贝兹以及类似的信徒，时刻准备着在教规的每字每句上面悉听加尔文的指挥，其他的人便绝无容身之地。如今卡斯特利奥再无法呼吸这窒息的空气，再不能忍受这精神的压制。他自法国流亡，逃避天主教的宗教法庭，绝非为着让自己委身于新教的另一个控制监督；他抛弃旧的教条，绝非为着变成新教条的奴隶。加尔文是将福音书视为刻板系统的法典；而在卡斯特利奥眼里，耶稣在人类当中最有人性，堪称伦理楷模，每个基督徒都应自行效仿，以理性之光谦卑阐发，而这便意味着那提出一种新解的人，绝非惟一掌握了真理的人。卡斯特利奥无法不愤怒地看到，日内瓦的传教士们注疏上帝言语时信心冲天，仿佛只懂得这样的态度一般。他们如此固执己见，如此信心十足，竟不断坚称他们受到的感召才是神圣尊严，旁人则一例是些可怜的罪人——如此种种，令卡斯特利奥大为震怒。一次公开会议，解经至使徒的话：“反倒在各样的事上表明自己是上帝的用人，就如在许多的忍耐”——卡斯特利奥起而要求“上帝的传信者们”遵守这试探的结果，而不要审问、惩罚、杀害持不同意见的人。不幸我们只能由加尔文编辑的一本评论集，来推测卡斯特利奥实际上讲了些什么——而加尔文，是只要占得了对手的上风，篡改起《圣经》的文字也是毫不犹豫的。然而通过加尔文充满偏见的描述，我们依然能够推知，卡斯特利奥公然承认，每个人都难免犯错，包括他自己也会有错误；“保罗是上帝的仆人，我们则只是事奉自己。保罗耐心十足，我们则绝无耐心。保罗遭人不公的折磨，我们则迫害清白无辜的人。”
这次会议加尔文亦曾参加，仿佛卡斯特利奥的攻势令他大为惊愕。换上路德，那暴躁自信又好争论的人，一准忙不迭激烈地顶回去；而人文主义者像伊拉斯谟之流，更可能来一番学术争论，倒不至过于激动。然而加尔文永远是彻头彻尾的现实主义者，既讲策略，又重实效，很清楚如何压住自己的情绪。他自会发现，卡斯特利奥的话给与会者造成何其强烈的印象，也晓得立时予以反击绝不合适。于是他将薄嘴唇抿得更紧，不去反驳。“那时我一片平静，”他这样辩解自己奇特的克制，“我只想免于在许多外人面前，搞一场激烈讨论。”
难道事后他在亲信中间会说什么？他会把自己与卡斯特利奥两人之间及其观点之间的分歧讲讲清楚？他会把卡斯特利奥召到宗教法庭，向对手提出挑战，拿有名有姓有事实有根据的文件证明自己的指控？才不会哩。在政治方面加尔文从来不想直截了当。在他看来，每次企图提出批评，都显得比之神学上的分歧意见更严重；这同时也是对国家的侵害，这正正就是犯罪。如今，这罪行必得借助世俗的武力来对付才行。卡斯特利奥未被传到宗教法庭，倒给传到世俗当局；于是这道德方面的争论，变成了法律处罚程序。加尔文给日内瓦市行政会提交了起诉书，其中说：“卡斯特利奥败坏了牧师的威望。”
行政会才不愿考虑这样的问题，也不愿传教士们大打出手。我们必得认为，宗教法庭僭取权力，令到世俗当局惴惴不安。行政会委员们延宕许久才做决定，而其最终的判决又是模棱两可。卡斯特利奥虽受训斥，但未予惩罚，也未免职；然而在另行通知以前，他在汪多瓦的布道工作暂时停止。
或许人们会觉得，这个温吞吞的惩戒该让卡斯特利奥觉得满足。然而他另有想法。这事件只是强化了他先前的考虑，显然在日内瓦，有加尔文这样的暴君施行独裁，自由精神就休想存在。于是他请求行政会免去他的职务。通过这第一次的较力，通过考量对手的策略，他学到了许多，清楚那般政治党羽，一旦企图以真理听命于他们的政策，便会对真理肆无忌惮，任意妄为。他预见得清清楚楚，若他坦率果断地拒绝了高官显职，只会叫他的敌人大放厥词，说他卡斯特利奥由于行为不端，才丢了官职。于是在离开日内瓦以前，卡斯特利奥要求得到此事的书面报告。加尔文无从选择，只得在这报告上面签了名；时至今日，这报告还保存在巴塞尔图书馆的国家文件里。那上面说，单因为卡斯特利奥在两个无关紧要的神学问题上面持有分歧，他才遭拒绝任命为传教士。报告的最后部分原文如下：“无人可误解塞巴斯蒂安？卡斯特利奥去职之缘由。我们全体宣布，他实乃自愿辞去学院院长之职，且其克尽职守，慎始敬终，跻身教士，亦当之无愧。然情事难料，此绝非因卡斯特利奥稍有失检，其全部缘由有如上述。”
然而加尔文毕竟把惟一起而敌对他的人逐出日内瓦，这到底算得上他的胜利。不过这样的胜利，好叫他损失惨重。卡斯特利奥德高望重，许多人把他的离开视为本城的一大损失。人们公然宣称，“加尔文大大错待了卡斯特利奥先生”；在人文主义者的圈子里面，人人都觉得在日内瓦，加尔文除去那般只会对他俯首称是的人，就容不得旁人。过了两百年，伏尔泰提到对卡斯特利奥的压制，他把这事件当做加尔文态度的关键证据：“我们可依据加尔文此事里卡斯特利奥所受的迫害，衡量出这暴君何其刻毒——卡斯特利奥之为学者远比加尔文伟大，而加尔文嫉妒成性，竟至于将他逐出日内瓦。”
以加尔文的性格，对批评乃是过分地敏感。他立即悟到舆论与他敌对，大家普遍认他该对卡斯特利奥的黜免负责任。他好歹遂了心愿，将那惟一的独立派成功逐出日内瓦；可卡斯特利奥因之陷入了艰苦困顿，而如此种种皆要他加尔文负责，思虑及此，他又不免苦恼万分。成功的喜悦，敌不过难忍的苦恼。真正讲来，卡斯特利奥的决定实在出于绝望；从政治方面讲，加尔文堪称瑞士最权倾一时的新教徒，卡斯特利奥却公然同他敌对，因此便无法指望，马上就能得到新教教会里的其它职位。他离开日内瓦的决定太嫌卤莽，竟使他沦于赤贫。这位日内瓦新教学院的前院长，而今饥肠辘辘，得挨家挨户乞讨口粮；而加尔文可算聪明绝顶，他清楚败绩的敌手一旦走投无路，总会背水死战。如今卡斯特利奥已经不在身边给他搅乱，于是加尔文便想给这穷途末路的人留条退路。在这当儿，他一准花了许多时间，一封接一封写信替自己开脱。他声称，卡斯特利奥已然穷困潦倒；为给他谋一个适当的