民族、背叛祖国的罪恶道路是不容置疑的。由于噶尔丹突袭喀尔喀，把戈洛文解救出来，直接打击和瓦解了蒙古人民的抗俄斗争；同时，圣祖派出的使团前往斯莫楞斯克与沙俄谈判，也因噶尔丹占领喀尔喀而受阻，不得不中道返回，致使清使团及其护送的军队招致重大损失。钱良择：《出塞纪略》载：“全军人死者九百余，畜死者驼千余，马二万七千余，耗银二百五十余万（两）。”清朝原拟将中俄边界包括喀尔喀蒙古北界一次性划定，亦不得不拖延下来，直到40年后才重开谈判，相继签订《布列斯奇条约》（1727年）和《恰克图条约》（1728年）。此间，沙俄又侵占了喀尔喀北部大片领土。《康雍乾经营与开发北疆》，82页。这一巨大损失，是无法弥补的。所以，噶尔丹吞并喀尔喀的事件，给当时及后来造成的恶果都是极其严重的。这一事件迅速地把他推入同清朝的战争，最终也使他不能不付出沉重的历史代价！
圣祖接纳了喀尔喀三部属民，将他们分别安置在乌珠穆沁、苏尼特、乌喇特诸部，对土谢图汗与其弟哲卜尊丹巴也予以保护。蒋良骐：《东华录》，卷14，237页。噶尔丹则要求朝廷：对土谢图汗兄弟“或拒而不纳，或擒之。”《东华录》，卷14，236页。圣祖断然拒绝他的无理要求，在给他的敕谕中阐明了朝廷的基本方针：“朕欲尔等解释前仇，互市交易，安居辑睦，永息战争。”《清圣祖实录》，卷140，26~27页。指令噶尔丹“遵旨议和”《东华录》，卷14，236页。。明确地表达了和平解决争端的愿望。
噶尔丹置圣祖的和平方针于不顾，于康熙二十九年（1690年）五月三日率军两万余，渡过乌尔扎河，展开了新的大规模军事行动。《清圣祖实录》，卷146，6页。他们沿克鲁伦河南下，进入蒙古乌珠穆沁部境内，于六月十四日至乌尔会河东乌兰地方，该部额尔德尼贝勒博木布所属部民之牲畜、男女人口、财产“多被劫掠”，据报，“掠及四佐领之人”《清圣祖实录》，卷146，18页；卷147，14页。。噶尔丹已闯入边，但表面上还不想与清朝决裂，一再声明：“中华与我一道同轨，我不敢犯界内地方”，“但索土谢图汗、哲卜尊丹巴而已。”《清圣祖实录》，卷146，21~22、25页。他闯入乌朱穆秦部时，声明：“我攻我仇喀尔喀耳，不敢犯中华界。”《清圣祖实录》，卷146，18页。同年七月，噶尔丹遣达尔汉格隆谒见圣祖，传达其言：“喀尔喀，吾仇也，因追彼阑入汛界，向在中华皇帝道法之中，不敢妄行。”《清圣祖实录》，卷147，13页。连达赖喇嘛也偏袒噶尔丹，向圣祖游说：“但擒土谢图汗、泽（哲）卜尊丹巴胡图克图畀噶尔丹，则有利生灵。”《清圣祖实录》，卷143，11页。圣祖识别了他们的意图，断然拒绝了他们的无理要求。
噶尔丹横行大草原，威震西北，仍然惧于清朝的强大，还不敢明言同清朝开战。他口口声声追拿土谢图汗兄弟，不过是一个借口。圣祖根据多方侦察所得情报，一语道出了实质：“噶尔丹迫于内乱，食尽无归，内向行劫。”圣祖指出：“喀尔喀已归顺本朝”，噶尔丹攻击喀尔喀，实际上已“开兵端也”。《清圣祖实录》，卷146，8页。原来，噶尔丹已处内外交困的窘境。自噶尔丹夺取准部政权，到康熙二十七年，已经过去了近二十年。他的三个侄儿策妄阿拉布坦、索诺木阿拉布坦、丹津鄂木布（均为僧格之子）已长大成人。其中，索诺木阿拉布坦应为准部珲台吉的合法继承人，噶尔丹视为一大威胁，遂设计将其毒死。策妄阿拉布坦的未婚妻阿海长得美艳动人，被噶尔丹看中，强行霸占为己有，还试图谋害策妄阿拉布坦，以收斩草除根之效。噶尔丹残虐亲族的禽兽行径，激起了族内人的强烈不满。策妄阿拉布坦怀着满腔愤怒，毅然于康熙二十七年（1688年）冬，率部众5000人及其父时的旧臣数人，脱离噶尔丹，逃到博罗塔拉（今新疆博罗县境）。噶尔丹率兵追赶，被击败，士气大拙，人心涣散。《清圣祖实录》，卷143，13页。还有，噶尔丹的叔父楚虎尔乌巴什之子额林臣也继策妄阿拉布坦之后，于次年十一月出逃。楚虎尔乌巴什有五子，额林臣排行第五。康熙十五年，噶尔丹攻伐叔父楚虎尔乌巴什，将其俘虏，杀其长子班第，后二及三子、四子俱死，惟剩额林臣与父同被囚禁。去年（即康熙二十七年）噶尔丹率师北征喀尔喀，额林臣乘机携子弟台吉10余人、弓箭手500余人，计1000余人来投清朝。报至圣祖，给予接纳，做了妥善安置。《清圣祖实录》，卷143，5页。楚虎尔乌巴什，在《实录》中写作“楚虎尔吴巴锡”，写法稍异。
策妄阿拉布坦及额林臣等大批人叛离，产生了重大影响，“下人散亡略尽”，纷纷逃走，实力大减。噶尔丹的经济状况也在迅速恶化，“又极饥窘，至以人肉为食。”《清圣祖实录》，卷143，13页。可以想见噶尔丹已到山穷水尽的地步！
第三部分西北扬威平叛（5）
噶尔丹眼见众叛亲离，势力已衰，无可奈何。他离开本土，居于遥远的喀尔喀“王廷”，对天山及新疆南部渐失控制，而其侄策妄阿拉布坦渐有发展，有取而代之之势。噶尔丹将军事重心移离本土，其治下所属南疆如喀什噶尔、叶尔羌先后爆发起义，虽被镇压下去，但噶尔丹的统治亦步入衰落之期。
显然，在这种困境中，噶尔丹仍然挥师南下，尾追土谢图汗兄弟不舍，直至冒巨大风险而进入清朝的辖区，貌似强大，实则空虚，如圣祖已看出，其本意是来内地“行劫”，维持部众的生存，再谋出路。
尽管噶尔丹反复声明“不敢”犯朝廷，却一再拒绝圣祖的和平方针，拒不执行圣祖提出的一系列有关和解的指令，而以不断扩大的军事行动向清朝不宣而战。圣祖早已认识到，噶尔丹“其势日张，其志益侈”《亲征平定朔漠方略》，卷2，16页；《圣武记》，卷3，116页。，不容小视。但圣祖除指令各边口严加防范，并不急于出兵，静观事态发展，等待时机；同时千方百计而耐心劝诫噶尔丹，希图他悬崖勒马，和平了结。康熙二十九年六月，他在给噶尔丹的敕谕中，强调指出：“夫兵，凶器；战，危事，互相仇怨，无有已时，非计也。”《清圣祖实录》，卷146，21页。圣祖的友善告诫改变不了噶尔丹的野心，几道圣旨也阻止不住噶尔丹的铁骑的奔驰。当他肆意深入之际，圣祖迅速作出决策：调集八旗劲旅，向噶尔丹进犯之地集结。约从三月间，圣祖开始发兵。此前，还在二月时，圣祖仅派理藩院侍郎文达率少量兵马前赴喀尔喀侦探噶尔丹动向。《清圣祖实录》，卷144，120页。随着噶尔丹军事行动的逐渐深入，圣祖陆续增派军队，特命理藩院尚书阿喇尼与一等侍卫阿南达统领鄂尔多斯、归化城（今内蒙呼和浩特）、喀尔喀，四子部落等蒙古军队约计6000余人，前往与文达会合。命都统额赫纳、护军统领马喇、前锋统领硕鼐等出征，先赴归化城，与文达调遣的喀尔喀兵赴土喇，与阿喇尼会合。《清圣祖实录》，卷145，4~5页。至四月初，再选精锐600名，再从汉军每旗选章京一员，领炮8门及炮手增援阿喇尼、额赫纳。因不足用，每旗发2门炮，计16门炮；每炮派将领一员、军校炮手2名。《清圣祖实录》，卷145，10、13页。五月初，阿喇尼率部进驻洮濑（儿）河畔。
噶尔丹率2万余兵马，正在内逼，形势日益紧张。圣祖意识到阿喇尼军队尚少，于是，增调科尔沁10旗的预备兵2000人；命喀喇沁、翁牛特、巴林等各出兵400人或500人不等，从禁军及汉军中派出部分军队。满洲、蒙古、汉军各佐领出骆驼一头运粮。《清圣祖实录》，卷146，7~8页。
在调兵遣将时，圣祖采取策略，利用矛盾，分化瓦解噶尔丹。他给噶尔丹之兄子策妄阿拉布坦及族人额林臣以优厚待遇，已如前述，即是一例。他还展开外交活动，警告沙俄不得帮助噶尔丹，否则即与中国“重开兵端”，自失其言，有损中俄已签订的《尼布楚条约》。《清圣祖实录》，卷146，8页。沙俄遂不敢轻举妄动。
康熙二十九年（1690年）六月二十二日，圣祖召集朝廷大臣，下诏亲征噶尔丹。七月二日，发布命令，任命其兄和硕裕亲王福全为“抚远大将军”，皇长子允禔为副将军，此为左翼，率主力出古北口；以其弟和硕恭亲王常宁为“安北大将军”（很快又改派康亲王杰书），和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂扎为副将军，此为右翼，率此主力出喜峰口。命内大臣国舅佟国纲、佟国维、内大臣索额图、阿席坦、诺迈、明珠、阿密达、都统彭春等14人随军参赞军务。七月六日，圣祖为福全等众将士送行。常宁率大军也已于前二天，即四日自北京出师。两支大军按圣祖指示的路线浩浩荡荡，出长城，北向巴林部，迎击正在南下的噶尔丹军。十四日，圣祖也自北京出发，亲临前线视师，欲“一举而定”，“以靖喀尔喀之肆”《清圣祖实录》，卷147，8~16页。。
清军先发两路，加上圣祖自率一路，计三路出兵，兵力多少？清朝官方未予透露，只记载从各处调兵，有零星数目，却不计总数。从调兵情况看，确已动员了国中精锐，但没有调驻守江南的八旗兵，除了从京城、盛京（沈阳），远至乌喇（吉林）调发满洲八旗禁旅，主要是漠南蒙古诸扎萨克及漠北喀尔喀蒙古军队构成了主要兵力，总计约10万左右，超过噶尔丹四五倍。
在圣祖的策划下，将噶尔丹诱至乌兰布通（今内蒙克什克腾旗南），距京师仅700里。八月一日，在此展开激战，自中午开战，延至次日，噶尔丹军队被彻底击溃。清军统帅中了狡猾的噶尔丹的假降之计，停止追击和拦截。到了晚上，噶尔丹利用夜色掩护，乘机溜走，马不停蹄，“狂奔绝漠而北，沿途饥踣死亡，得还科布多者仅数千人。”《圣武记》，卷3，117页。此役即于本月结束，圣祖下令班师，凯旋而归。
有关乌兰布通之战的前前后后，学术界已有诸多论著作了详细阐述，就史实本身已无异议，这里，不再赘述。
自噶尔丹狼狈逃出内蒙古，辽阔的草原又恢复了昔日的平静。然而，噶尔丹残破喀尔喀却给他们留下了严重教训。由于喀尔喀内部相互侵夺仇杀，清朝对他们尚未建立起有效的行政管理和法律制约的严密制度，给噶尔丹以可乘之机，经不起进攻，便迅速溃败，军队解体，部民走死逃亡，倾国南迁，寄居于漠南蒙古，不得返回家园。圣祖认识到，朝廷疏于管理和控制，后果严重，正如他说：“喀尔喀来降者，饥困已极，自相劫掠，应速置扎萨克，遣蒙古王、台吉等晓示法度，收集离散。”《清圣祖实录》，卷142，12页。喀尔喀王公贵族也从此次惨败中醒悟过来：如没有清朝的庇护，他们就无立足之地！因此，车臣汗之叔纳木扎勒倡议，诸王公贵族们主动要求，在喀尔喀实行与内蒙49旗同样的管理制度。在这种情况下，给喀尔喀编旗队，确属水到渠成。朝中议政王大臣们，依据圣祖指示，迅速落实。
第三部分西北扬威平叛（6）
这项编旗队的工作，始于康熙二十八年（1689年）十月，即在噶尔丹残破喀尔喀之后、乌兰布通大战之前，圣祖为重建漠北的统治秩序，收集离散之众，以便组织力量抗击噶尔丹的侵略。他派遣漠南蒙古科尔沁土谢图亲王沙津、理藩院侍郎文达等十余人，又从每旗的都统、副都统、参领、长史中抽调二人，分赴喀尔喀各部，具体进行编旗、增设扎萨克事宜。经圣祖批准，在车臣汗旗下纳木扎尔额尔德尼济农、盆楚克伊尔登、车臣伊尔登济农、洪俄尔戴青台吉、车卜登额尔克台吉；信顺额尔克戴青旗下敖巴额尔克阿海台吉、右翼白苏特察罕巴尔、车臣台吉、额尔德尼哈滩巴图尔台吉等，增设扎萨克。圣祖在解释设扎萨克时，强调说明：“今见尔等并无法度，不能约束。以强凌弱，自相劫夺，倘不速行晓谕，定法督察，则汝见在人民，益至离散矣。”所设扎萨克，圣祖规定其职责是；“收集离散之众，分为旗队，以便督察，禁止盗贼妄行，教以法度。”《清圣祖实录》，卷142，15~16页。此次，在喀尔喀编定15旗。《康雍乾经营与开发北疆》，115页。又，孟昭信《康熙大帝传》认为编旗一二。见该书228页。
圣祖以喀尔喀内乱、噶尔丹侵掠“邻封”为契机，及时地把太宗时创立的