第二件，户部官收受浙西秋粮，应该入仓四百五十万石，郭桓等只收六十万石入仓，钞八十万锭入库。以当时牌价折算，可抵了粮二百万石，其余一百九十万石不曾入仓。郭桓等接受浙西等府钞五十万贯贿赂，致使府县官黄文等人勾结刁顽人吏沈原等作弊，将其私分入己。
第三件，浙西各地有关机构，在征收税粮时，对百姓的扰害甚如虎狼。我们列出以下的例子，就能看出这种横征暴敛有多么触目惊心了：官府折钞征收秋粮——就是让老百姓交钱充抵税粮——府、州、县官，每发米一石，应该折钞二贯，但征收者巧立名目，征一石米就索要水脚钱一百文、车脚钱三百文、口食钱一百文，库子（看管仓库的）又要办验钱一百文、蒲篓钱一百文、竹篓钱一百文和沿江神佛钱一百文。有的读者可能不明白：什么叫沿江神佛钱？这个钱，其实就是在运输官粮的时候需要求神拜佛以保佑官粮押运平安的钱——这样征收，可谓花样出尽。于是，一石米除折钞二贯外，又征收杂费九百文！
第四件，户部侍郎郭桓等官收受应天、太平、镇江、宁国、广德五府州纳草人徐添庆等户的赃钞，不征收应该收缴的马草，却向已经交纳马草的安庆农户多收取，以补足五府州所欠数目。
第五件事，也是最恶劣的，他们还搞纳粮入水、纳豆入水的勾当——每年都有一些奸顽大户伙同仓官在豆中拌水，以增加斤两。每仓一间容量不下一万余石，往往只因为一户奸顽搀水交纳，导致官粮经湿热一蒸而满仓全坏。这是多么恶劣的行径！郭桓的事败露之后，主持调查的人发现他们把成百上千石毁烂的官粮全都埋到了地下。
《大诰》中列举的郭桓罪行不一而足。他盗卖的官粮达到多少石呢？朱元璋说，我都写出来怕人们不信，只略写为七百万石，再加上其他各项，一共损失精粮总数达到两千四百余万石。
朱元璋认为郭桓盗卖的官粮实际上比这个数还多，为什么只说七百万担呢？一是因为数量尽管确实很多，但其中可能有一点虚的成分——自元朝以来，官场上有一种虚报数字的恶习：说仓里收了多少多少粮食，就表示有政绩，这数字中有水分。二是如果认真检查，仓里又没有那么多粮食，那按什么治罪呢？按虚的数量治罪，可能就有点冤了。所以朱元璋说，我只给郭桓算了七百万担，其实，朝廷一共损失精粮两千四百万担。这样惊人的浪费与损失让平民出身的皇帝心疼不已，他感叹说：“古往今来，贪赃枉法大有人在，但是搞得这么过分的，实在是不多！”
那么，朝廷如何解决那些盗卖、损失的官粮呢？朱元璋说这个好办，咱们一点点查吧，不是交到户部了吗？户部所收赃款肯定是从布政司来的，我就把布政司的官员抓来，问他赃自何处而来？布政司相当于现在的省政府机关。布政司必然会供出赃款来自于府，那就把府官抓来，问他们赃自何处而来？府必然说来自州县，那好，就把州县官抓来，问他们赃是从哪里来的？他们肯定说是老百姓送上来的。这样还能隐瞒吗？从哪儿来的贿赂，就查到哪儿，一查到底，要求官员如实退赔。
可是，上有政策，下有对策。官员们有办法，你让我退赔，我装到口袋里的东西能往外倒吗？他们下发通知，要求老百姓各家各户摊派，包赔赃款。朱元璋对此大为不满，要求各地耆民赴京面奏，揭发地方官的犯罪事实，下决心严厉惩处各级官员和牵连案件的富民。《明史》里记载，在这一大案中，“自六部左、右侍郎以下，赃七百万，词连直、省诸官吏，系死者数万人”。也就是说，从中央六部左、右侍郎以下，直隶和各省的好几万人都牵连在这个案子当中，被关进监狱或处死。“核赃所寄借遍天下，民中人之家大抵皆破”——更令人吃惊的是，窝赃的人遍于天下，也都遭受到惩处，全国中等人家大多数因此破产。
这是多么惊天动地的事啊！于是，有人说，皇帝玉石不分，一些好人被冤枉了。
可是，朱元璋不以为然。他说，当各衙门祸害百姓的时候，如果有人能够对百姓的疾苦产生恻隐之心，不与奸官同流合污；当贪官们向百姓科敛的时候，或者拒绝在公文上签字画押，或者阻止贪官的行为，使他们不能得逞，或者用密封的奏书报告给皇帝，对百姓予以关怀体恤，那么，这时候我不分轻重一律惩处，才是枉及无辜。可惜，每次奸官们科敛时都无人阻挡，贪官们横征时也没有人有恻隐之心，大家合伙贪污，又有什么可以区分的呢！
当初这么多人贪污，有谁阻拦过？既然谁都没阻拦，一起治罪也不冤枉，还说什么玉石不分！当然，朱元璋不糊涂，后来他还是发觉处罚面确实有些扩大化了，于是他给自己找了个台阶下，把责任推给了办理郭桓案的右审刑吴庸等人，将他们处死，以抚平人们的怨气。对郭桓案的惩治面虽然扩大了，但是朱元璋所针对的只是贪官污吏以及那些勾结贪官污吏为害乡里的富民。惩治贪官污吏，对普通老百姓无疑是有好处的。
在郭桓案中，龙江卫仓官等人因为伙同户部官郭桓等盗卖仓粮，被处以墨面、文身之刑，即在他脸上、身上刺上耻辱的印记，挑断脚筋、割去膝盖后，仍旧留在本仓看管粮食出入。然而，没过半年，一个进士到仓库放粮，早晨发出筹码二百根，到晚上竟然收到二百零三根。进士当面责问，发觉是已经受刑的仓官康名远不思改悔，奸顽依旧，偷出放粮筹码，转卖给同样受过刑的小仓官费用来盗支仓粮。
朱元璋听了这事也感慨说：“朕谓斯刑酷矣，闻见者将以为戒。”——我认为那种刑法已经够残酷了，听到看到的人都会引以为戒。哪里想到，康名远等人“肢体残坏，形非命存，恶犹不已，仍卖官粮”——他们肢体残了，面容毁了，仅存一条活命，但还是没有停止作恶，仍然盗卖官粮！他愤怒地问道：“此等凶顽之徒，果将何法以治之乎？”——对于这样凶顽的人，还有什么法可以治吗？所以，严刑峻法是无可选择的选择。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第三部分郭桓案之谜（2）
为了反腐惩贪，朱元璋不得不使用重典。但是，不论如何处罚，顶风作案者仍然没有收敛。除了严刑重典，朱元璋几乎没有别的选择。他既然不能放弃对国家的治理，其刑罚因而也就一步一步残酷到了极至，以致几百年后的文豪鲁迅对此也大为感慨，说刑罚如此之残酷，令人感到不像是在人间。
朱元璋使用重典，是对元朝以来官场松懈腐败恶习的一种矫正。朱元璋常说，吾处乱世，不得不用重典。朱元璋规定对贪赃者的处罚严到什么程度呢？凡赃款达六十两白银以上的，就要将犯者枭首、剥皮示众。当时，在县、卫附近都设一土地庙，作为剥皮行刑场所，称作“皮场庙”。被剥下的案犯人皮，其中填满草，悬挂在官府公堂座旁，以示警戒。后任官吏于此办公，无不触目惊心。
酷刑成为洪武时期执法的显著特征，当时的酷刑，“除凌迟处死之外，有洗刷，裸置铁床，沃以沸汤；有铁刷，以铁帚扫去皮肉；有枭令，以钩钩脊悬之；有称竿，缚之竿杪，似半悬而称之；有抽肠，亦挂架上，以钩钩入谷道而出；有剥皮，剥赃贪吏之皮，置公座之侧，令代者见而儆惩云。”此外，还有挑筋、剁指、刖足、断手、刑膑、去势等酷刑，一时间，明初官场简直如人间地狱。
久而久之，大臣们对于朱元璋的一些细节也研究得很透了，只看其穿戴，就知道他心情好不好——“太祖视朝，若举带当胸，则是日诛夷盖寡，若按而下之，则倾朝无人色矣。”这句话意思就是说，朱元璋上朝的时候，如果把玉带系得高高的，这天他杀人就会少；如果他腰间的玉带被按得很低，这天所有的大臣都会面如土色，惴惴不安。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第三部分大义灭亲，驸马欧阳伦之死（1）
朱元璋疾恶如仇，他要扫除一切通往他的理想国道路上的障碍。他的严刑峻法不仅施用于一般官员，即使是他的亲属犯法，他同样不会饶过。没有亲疏之别，没有等级之分。在他眼里，法对所有的人都是一样的。他的至亲、驸马欧阳伦因为动用公家车辆走私茶叶，破坏了茶马之法，被他断然处死。朱元璋认为，他所赏赐的官职、爵位，不是用来作威作福的，他们应该为大明朝的长治久安接受法律的约束。
驸马欧阳伦案发生在洪武三十年（1397年）。欧阳伦是安庆公主的驸马，他凭着自己的势力派手下的人出去走私。他走私的是茶叶。当时，只有中原地区才产茶叶，而像西番、青海、西藏这些地区的人，他们吃牛羊肉需要内地的茶叶。明朝为了控制西番，就规定严格禁止茶叶走私。茶叶作为战略物资，由官府控制，用来交换西番地区的马匹。你给我马，我给你茶叶，既实施了控制，又得到了马匹、加强了自己的实力。所以，朱元璋规定：任何人不得走私茶叶。但欧阳伦怂恿家人走私茶叶，他们依仗自己是皇亲国戚，征用地方车辆，非法闯关。如果地方官员伺候得不好，还对地方官连打带骂。地方官不堪忍受，告到朱元璋那儿，朱元璋大怒，说：“我才行一法，你欧阳伦就要带头破坏吗？”朱元璋不管什么皇亲国戚，把欧阳伦抓来杀了。他为了什么？为了朱家的江山长治久安。欧阳伦的妻子是安庆公主，她是高皇后马氏生的女儿，是朱元璋最亲的人，欧阳伦则是朱元璋的亲女婿。马皇后只生了两个女儿，安庆公主是其中之一。朱元璋要杀欧阳伦，公主也不能救。他为了治理国家，为了建立一个有纪律、有效率、廉洁的政府和官员队伍，以法夺情，不惜大义灭亲。
朱元璋重典治国，一时间形成了人人自危的局面，因而遭到了激烈的批评。然而，面对吏治败坏的顽疾，也只有施用猛药才能收到些许功效。这足以令后人深思了。
由于朱元璋以重典治国，当时的官员都惴惴不安。早晨去上朝前就要跟家里告别，说今天走了还不一定回得来。晚上回到家里来，就对老婆说一句，哎哟，又过了一天，明天还不知能不能活着回来。可以说，当时百官是人人自危。
朱元璋重典治国也引来了不少批评。洪武九年（1376年），山西平遥县学训导叶伯巨上书，批评朱元璋 “用刑太繁”。他说：“朝信而暮猜者有之，昨日所进今日被戮者有之。乃至令下而寻改，已赦而复收，天下臣民莫之适从。”他又说：“窃见数年以来，诛杀亦可谓不少矣，而犯者相踵，良由激劝不明，善恶无别，议贤、议能之法既废，人不自励，而为善者怠也。”他希望能够区别善恶，并建立激励机制，鼓励官员上进。也就是说，要求道德规范与刑罚并举。
洪武二十一年（1388年），学士解缙上了封万言书，说道：“国初至今将二十载，无几时不变之法，无一日无过之人，尝闻陛下震怒，除根翦蔓，诛其奸逆矣。未闻褒一大善，赏延于世，复及其乡，终始如一者也。”他对朱元璋的批评，与平遥县学训导叶伯巨并无二致。
对于朱元璋来说，这么做自有他的道理，在当时的局面下，朱元璋的所作所为也是不得已的选择。朱元璋对百官的基本要求是洁己爱民，在他的整治之下，明初官僚队伍的整体面貌大大改观。朱元璋并不希望他的子孙还使用重典，而且，尤其需要指出的是，他对百姓也不使用重典。两百年之后，当明朝官僚队伍的腐败失去控制时，人们又开始怀念这位以重典治国的皇帝，希望借重朱元璋的雷霆万钧之力，再次开辟出一个清明世界来。
朱元璋惩贪的目的，从根本上说在于巩固自己的统治，但惩贪毕竟在很大程度上保护了老百姓的利益。朱元璋的雷霆手段使当时的吏治得到了澄清。《明史》这样评价那个时候的吏治：“一时守令畏法，洁已爱民，以当上旨。吏治焕然丕变矣。”《明史·循吏传》里记载，在有明一代的清官中，仅洪武一朝的清官数量就占整个明王朝清官总数的三分之二！这不仅缓和了官府和百姓之间的矛盾，而且成为明初完成国家统一、安定社会、恢复发展生产的有力保障。
朱元璋一再申明：“吾当乱世刑不得不重，子孙们治平世，刑自当轻。”但轻到什么程度算合适？实在难以把握。
洪武三十年（1397年），他公布了《大明律》，规定以后一律不许使