洪武三十年（1397年），他公布了《大明律》，规定以后一律不许使用酷刑，一切刑狱按照《大明律》办事。所以，朱元璋并不是一味地主张使用重刑的暴君。《大明律》是经过长期编写、改订而成的法律，它“草创于吴元年，更定于洪武六年，整齐于洪武二十二年……日久而虑精，一代法始定”。朱元璋要求，以后“中外决狱，一准三十年所颁”。一般认为，《大明律》是中国古代一部极有代表意义的法律。
朱元璋重典之“重”，是与法律条文相比的——对违法者的惩处往往比法律条文规定的要重，或者是超出法律规定之外的，甚至干脆是法律条文没有规定的，是法外施刑。明初的重典治国是特殊历史时期的产物，带有极明显的朱元璋个人的色彩，这在中国历史上也是少有的。我们在考察朱元璋重典治国的时候，要注意它的两个特点：一个就是重典治国的对象，重典不是针对百姓，而是专门为了整治贪官污吏的；第二，他的重典治国只行于一时，并明确要求后世不得使用，相反，他还不断强调后世要按《大明律》办事。
洪武二十八年（1395年），朱元璋下令说：“朕起兵，惩创奸顽，或法外用刑，本非常典。后嗣只循律典，不许用刺、、阉割之刑。臣下敢以请者，置重典。”又说：“仁义者，养民之膏粱也，刑罚者，惩恶之药石也。舍仁义而专用刑罚，是以药石养人，岂得谓善治乎？”
可见，朱元璋并非偏爱严刑重法，他主张宽严相济，而且认为严刑重法只是一时不得已而为之，不足以垂范后世，忠厚仁义才是继任者的久远之规。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第三部分大义灭亲，驸马欧阳伦之死（2）
另一方面，朱元璋并不是对所有人一律用重典，而是官民有别，重典主要用于贪官污吏；在对百姓的执法方面朱元璋则主张平恕，而且常常表现出重亲情、重人性的一面。
朱元璋说：“鞠狱当平恕，古者非大逆不道，罪止及身。民有犯者，毋得连坐。”在制定法律条文或执行法律时，朱元璋对涉案老百姓的处置都体现出了平恕和原情的原则。比如，一平民因被诬陷而遭逮捕，他的儿子直接到刑部为父亲诉冤，司法机关判儿子越级上诉。朱元璋说：“子诉父枉，出于至情。不算犯罪。”又如，一平民犯法，其父贿赂官员请求将儿子免罪，御史要将其父一同治罪。朱元璋说：“子论死，父救之，情也。但论其子，赦其父。”父亲是因为爱儿子，而去贿赂官员，因此免于追究。看起来这似乎纵容了行贿的行为，但其实质是对父慈子孝的朴素社会风气的鼓励。再如，一平民殴打孕妇致死，按照法律条文应当处以绞刑，犯人的儿子请求替父亲去死。大理寺卿邹俊认为，“子代父死，情可矜。但死妇系二人之命，犯人当二死之条。与其存犯法之人，孰若全无辜之子？”也就是说犯人罪重，儿子无辜，不允许子代父死，朱元璋对此深表赞同，这就可以看出朱元璋用刑用律稳健平恕的一面。
遗憾的是，到了明朝中后期，国家法律大坏，很多重大案件往往得不到及时处理，往往由皇帝下一纸诏书，就能对罪犯宽大无边。甚至对于没有犯死罪的人，皇帝在宫中写一张条子，就能把人抓进诏狱，这样混乱无序，为祸惨烈。与此同时，吏治的败坏和贪污腐败已无可挽回。因此，嘉靖年间的清官海瑞就深切地怀念太祖朱元璋的时代，呼唤用重典惩治贪官，他上书给嘉靖皇帝说：“陛下励精求治，而治化未臻者，贪吏之罪轻也。”他意思是说，因为对贪官处罚得轻，所以国家得不到有效治理。他列举明太祖“剥皮实草”之法及洪武三十年（1397年）规定的“枉法八十贯者论绞”的规定，即贪赃枉法八十贯就处以绞刑的律条，说当今应该用此法惩贪。我们看，洪武两百年后的清官海瑞，比许多前人更清楚腐败有多么难于治理，也更理解当年朱元璋的良苦用心。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第三部分偏狭的心胸
朱元璋起自微寒，做了皇帝以后，能够不隐晦他的出身，显示出他作为最高统治者的信心。但是，他的微寒身世和残酷斗争的经历，也在他的身上留有明显的印记，导致他心胸偏狭、滥用权力、残忍无情，严重地影响了他的行为方式。总而言之，他不允许别人向他的权威挑战；细而言之，他最担心别人对他不尊重。
有一个故事说，一天朱元璋在京城中微服出行，忽然听到一个老婆婆私下叫他为“老头儿”。朱元璋大怒，随后来到太傅徐达的家，走进房中怒气还未消，绕室而行，嘴里还不停地嘟囔着。当时徐达不在家，徐夫人大为恐惧，担心会发生别的不测，她惶恐地一再向朱元璋行礼，说：“难道是妾夫徐达负罪于陛下了吗？”朱元璋说：“不是，嫂子不要往那儿想。”他随即紧急下令，召五城兵马司官员带领全部兵马过来，他说：“当年张士诚曾经短时期窃据江东，吴民至今还称他为张王。如今朕身为天子，此邦居民竟敢呼喊朕为老头儿，这是为什么！”他下令将胆敢对他不恭的一大批百姓家籍收没，以泄私愤，以示惩戒。
还有一个故事，是说翰林供奉唐肃，起先因为上朝有误而被免官，回到了乡里。朱元璋看重他的才能，再次把他召回任职。一次，朱元璋命他陪着一同吃饭。吃完饭，唐肃拱手，举着筷子向朱元璋表示恭敬。朱元璋问道：“这是什么礼节？” 唐肃回答说：“这是臣小时候学的俗礼。”朱元璋一听，发怒说：“俗礼可以对天子施行吗？” 唐肃因此被以“不敬”治罪，贬到濠州当兵戍守。
有时，朱元璋与臣下斤斤计较，睚眦必报，心胸未免狭小。朱元璋曾经下诏，免除江南各郡县的赋税。但是到了秋天，还是向这些郡县征了税。一个担任右正言的官员周衡，觉得不妥，向朱元璋进言说：“陛下曾经有诏，蠲免了那里秋季的赋税，天下都为之庆幸。如今又要征税，这让天下人看来是没有诚信。”朱元璋也觉得自己理亏，说：“你说得对。”事情到这似乎已经完结了，可没过多久，周衡请假回乡探亲。周衡是无锡人，无锡离南京很近。他和朱元璋约定，六日以后恢复朝参，但是周衡第七天才回来，误了期限。朱元璋愤怒地说：“朕失信于天下，你失信于天子！”然后竟然下令将周衡处死。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第三部分练就的残忍（1）
然而，朱元璋的残忍并不是天生的。当年他在社会底层，苦难深重，呼天天不应，叫地地不灵，朱元璋只能忍受。也许，他自幼就对富人对官府充满了仇恨，可又能够向谁发泄呢？但现在他的地位变了，他的手中有权力了。他可以发威、发怒，相对地，别人对他也无可奈何了。他的心越来越狠，一天一天练就了残忍的性情。
在朱元璋起兵之初，他就面临一个处理将帅关系的问题。朱元璋从普通战士“渐至提兵”，他所统帅的将领，许多人经历都和他差不多。朱元璋必须确立自己的权威，才能驾驭这些如狼似虎的将帅。
由于对他的地位构成威胁，第一个被他除掉的是平章邵荣，那是在至正二十二年（1362年）。当时朱元璋所委任的将帅以邵荣、徐达、常遇春三人最为卓著。据称，当时邵荣“骄蹇有异志，与参政赵继祖谋伏兵为变”。事情败露后，朱元璋打算免邵荣之死，但同为将帅的常遇春说：“人臣以反名，尚何可宥？臣义不与共生。”所谓人臣，是相对于君主而言，当时朱元璋还没做皇帝，君臣关系还谈不到，朱元璋与邵荣之间，充其量不过是起义军军官上下级之间的关系，君臣的名分还远远没有确定。但是，正如明人所说的那样：“太祖之初振也，将属皆草莽粗士，人人欲试大位。”一群草莽粗士和朱元璋一同起兵后，人人都想当皇帝。当然，朱元璋最后还是杀了邵荣，但在杀邵荣之前，他“乃饮荣酒，流涕而戮之”。饮酒，流涕，表示兄弟情深，出手杀戮实在是不忍心。不过，这时的朱元璋还可能有点不忍之心，还不愿意表现得过于残忍。
权力的争夺是残酷的，能够最终胜出的都不是等闲之辈，争夺者不仅能力超群，而且往往凶残无情。朱元璋不仅在实践中增长经验，还从历史的教训中学习如何处理与诸将之间的关系。
元至正二十五年（1365年）的一天，朱元璋阅读《宋史》读到赵普建议宋太祖收诸将兵权那一段，便对起居注詹同说：“普诚贤相，使诸将不早解兵权，则宋之天下，未必不五代若也。”他认为，帮助宋太祖收回兵权的宰相赵普是贤相，如果那时候宋太祖不能集中兵权，后来的国家局面将会像五代混乱一样。朱元璋的事业一步步发展着，他已逐步具备了正确审视历史的眼光。为建立一个统一的国家，削除诸将的兵权对巩固皇权也十分必要的。但是，我们必须承认，朱元璋在铲除政治权力对手时，手段之残酷亘古未有。
胡惟庸案之谜
胡蓝之狱，也称胡蓝党案，是胡党之狱和蓝党之狱的合称，“胡”指胡惟庸，“蓝”指蓝玉。
自秦始皇建立大一统的君主制国家以来，宰相或丞相就是皇帝之下的最高行政长官，负责协助皇帝处理国家大政，位高权重。宰相可以是皇帝的得力助手，也可以对皇帝的权力构成威胁——历史上宰相篡夺皇权的并不罕见。朱元璋历尽艰险登上大位，他决不能容忍别人与他分享权力，他对身边的任何权臣都会严加防范。从这个意义上说，在他身边的任何权臣都面临着危险。
胡党之狱又称为“胡惟庸案”。
洪武十三年（1380年）五月初二，朱元璋从西华门摆驾出皇宫，要到皇宫附近的胡惟庸家去。胡惟庸是谁？是中书省左丞相，是政府的最高行政长官，可谓“一人之下、万人之上”。正行走间，路上忽然有一个人迎着皇帝的车驾直冲了过来，拦住御驾车马，由于紧张，一下子说不出话来。朱元璋见他冲撞车驾，又不说话，极为愤怒。身边的卫士见这个人敢于如此冒犯圣驾，立即冲上去打。这个拦驾的人叫云奇，是西华门内使，一个宦官。云奇被打倒在地，胳膊都快给打断了，还拼命指着胡惟庸的家。朱元璋察觉到，一定发生什么事了，云奇才敢于拼死拦驾陈诉。既然云奇在他前往胡惟庸家的路上拦驾，那么此事就可能与胡惟庸有关。西华门离胡惟庸家很近，朱元璋登上西华门城楼向胡惟庸的家眺望，只见胡惟庸家里有重重壮士，皆裹甲执兵，埋伏于屏壁间。难道是胡惟庸想要趁朱元璋临幸时造反谋逆吗？因为西华门与胡惟庸家近在咫尺，内使云奇发现了这一逆谋后，便紧急赶来向朱元璋报告。这就是所谓的“云奇告变”，这件事被详细地记载在了一些史书中。
朱元璋为什么要到胡惟庸家里去呢？原来，丞相胡惟庸向朱元璋报告说，他家的井里涌出了醴泉，这在当时被认为是祥瑞之事。因为朱元璋国家治理得好，上天要降一些祥瑞之事，以示表彰，这叫天人感应。胡惟庸说家有醴泉，要请朱元璋到自己家里来观看祥瑞，朱元璋就兴冲冲地来了。想不到，这竟然是一场阴谋。
朱元璋马上调发禁兵，逮捕胡惟庸，然后召见云奇。没想到此时云奇已经气绝，不能做进一步的证明。朱元璋下令追授云奇为内官监左少监，以示旌表。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第三部分练就的残忍（2）
胡惟庸位高权重，为什么还要谋逆呢？据说，胡惟庸权力大了，逐渐骄恣不法。久而久之，野心败露，他担心受到惩戒，经常惶恐不安。这时，他远在定远的老家井里忽然长出了石笋，井水无缘无故涌起数尺，他家三代的坟墓上红光冲天。他以为这是天降的吉兆，预兆他将大贵。于是，他就有了非分之想。一次，他的儿子在大街上跑马踩死了人，惹怒了朱元璋，要将其治罪。胡惟庸感到，与其待罪接受处罚，不如先动手，以求一逞。于是，胡惟庸就串通了一些人，图谋造反。
后来，胡惟庸被处以极刑。朱元璋处死了胡惟庸，按说还可以选择一个人做丞相，但朱元璋决定从此不再设立丞相。可见，在朱元璋看来，不是丞相的人选有问题，而是设立丞相这一制度有问题。长时期以来，胡惟庸案似乎铁证如山，没有人对其表示怀疑。
但仔细读历史，《明史·胡惟庸传》里清楚记载着：“惟庸既死，其反状犹未尽露。”就是说，胡惟庸被处死的时候