但仔细读历史，《明史·胡惟庸传》里清楚记载着：“惟庸既死，其反状犹未尽露。”就是说，胡惟庸被处死的时候，他谋反的罪行还不清楚。胡惟庸的罪状像故事传说一样，逐步添枝加叶，越到后来越显得完整。他的罪状包括：谋刺徐达；毒死刘基；与李善长勾结往来谋逆；通倭（其实这一罪名是到了洪武十九年，即1386年时才发现的），甚至派遣明州卫指挥林贤下海勾结日本，欲借兵为助；通蒙古（称臣于元嗣君这一罪名，则是到了洪武二十三年，即1390年时才发现的），派遣元故臣封绩致书元嗣君称臣，并约为外应，等等。经过史家考证，胡惟庸的上述罪状多属捕风捉影之词。
胡惟庸的罪行一件一件被发现，已经是胡惟庸被处死很多年以后了，也就是说，当胡惟庸案发的时候，他并没有正式的罪名。明末清初，史学家谈迁对胡惟庸罪状的真实性提出了疑问：比如，《明太祖实录》详细记载了胡惟庸案处理的情况，但没有关于胡家出醴泉而邀请朱元璋观看的事；云奇揭发胡惟庸，功劳很大，但《明太祖实录》中却没有记载。谈迁认为，这一连串的故事可能是虚构的，离奇的“云奇告变”，也是无稽之谈。
晚明学者钱谦益说：“云奇之事，国史野史，一无可考。”史家潘柽章更认为云奇之事为“凿空说鬼，有识者所不道”。胡惟庸如果要谋反，他在家里埋伏刀兵，能让人在城墙上轻易看见吗？几百年以后，也就是到了现代，明史学家吴晗写了一篇著名的文章叫《胡惟庸党案考》，把胡惟庸的案子从头到尾缕析了一遍，最后证明，胡惟庸案是一个冤案。
那么，既然胡惟庸没有正当罪名，又为什么会被杀死呢？
《明史》上说，他多年受到朱元璋的宠爱，自己独揽丞相大权，有的时候，发生了一些事情也不向皇帝报告，还随便提拔人和处罚人，当时有很多人奔走于他的门下，送给他的金银财宝不计其数。朱元璋最恨的就是胡惟庸的专权，因为他专权，即使他没有罪，也要把他杀掉。丞相的权力太大，杀了胡惟庸，如果再立一个丞相，仍然不免要与皇帝分享权力。于是，朱元璋干脆一劳永逸地取消丞相制度，就不会再有丞相与皇帝分权了。
可见，胡惟庸之罪在于擅权僭侈，而这正是最不能为朱元璋所容忍的。
胡惟庸本是定远人，在朱元璋起兵后投奔了朱元璋。胡惟庸从元帅府的奏差、宁国县的主簿、知县，逐渐爬到了左丞相的高位。朱元璋对胡惟庸的专权早就怀恨在心，早已在胡案爆发之前，就悄悄采取了行动。
洪武十一年（1378年），朱元璋下令限制中书省的权力，命令以后臣下上奏书，不许“关白”中书省。“关白”是什么意思？就是凡是送给皇帝的奏章，都要同时送给中书省丞相一份。作为皇帝，朱元璋希望大权独揽，掌控生杀予夺，决定一切，怎么能允许这个权力被丞相分割呢？至于洪武十三年（1380年）他除掉胡惟庸，废除丞相制度，不过是洪武十一年不许“关白”中书省的措施的延续。在丞相被撤消以后，六部尚书直接对皇帝负责，六部与皇帝之间，没有了丞相这一中间管理层，朱元璋实现了大权独揽。
明朝是朱家的天下，朱元璋要把它传给子孙，他不仅不愿意自己的权力被丞相分割，而且不允许子孙的权力被丞相分割。因此，他把撤消丞相制度这件事写到《祖训》里头，规定说子孙后世永远不许立丞相，如果有人建议立丞相，必须严惩。
所以，我们说，胡惟庸的案子既是一个冤案，又不是冤案。
说它是冤案，是因为在将胡惟庸处死时，他还没有罪名，后来所指的罪行都没有实证，所以说他是冤枉的。他死后，才说他谋反，说他勾结蒙古人，说他勾结倭寇，罪名越加越多。这些罪证一件件揭发出来时，已经到了朱元璋的晚年。
说胡惟庸的案子不是冤案，是因为他死于专权，他影响到了皇帝的集权，就该死，所以说皇帝没有冤枉他。
在胡惟庸案中被牵连的李善长死后第二年，虞部郎中（负责山林绿化的官员）王国用就上书为他鸣冤，意思是说李善长的地位已经很高了，即使帮助胡惟庸篡位成功，地位也不会更高，李善长不会为此冒这么大的风险。李善长这样有大功的人得到如此下场，将会令天下人寒心。
据说，王国用的这封信是学士解缙代为起草的，虽然批评尖锐直白，但入情入理，无可辩驳。朱元璋读了如此冒犯的话，心知理亏，竟然不予追究，足见李善长死得有多冤枉。
胡惟庸一案导致胡家三族被诛，因被指控为所谓“胡党”而遭屠戮的人达一万五千之众，其中有很多公侯。前面我们说了，此案还牵连到辅佐朱元璋有大功的韩国公李善长。这是怎么回事呢？因为有人说李善长跟胡惟庸的关系不错，李善长弟弟的儿子是胡惟庸的侄女婿，他们是亲戚。而胡惟庸又是李善长介绍来的，所以应该惩治李善长。朱元璋说，李善长跟我这么多年，忠心耿耿，不能处死。但是，令人不解的是，胡惟庸案发十年以后，有人又告发说李善长早就知道胡惟庸要谋反而不揭发，因此他就是“胡党”。于是，朱元璋就把李善长抓来杀了，李善长一家七十多口都被处死。李善长从朱元璋一起兵的时候就跟随他，在他的左右给他出谋划策，并供给军饷。但朱元璋在集权问题上从不手软，终将李善长处死，这就是所谓的“胡惟庸案”。杀了李善长后，胡惟庸案宣告结束，此案的后果是废除了丞相制度。
丞相制度在中国历史上延续将近两千年之久，中书省撤消以后，中国的丞相制度从此取消。明朝从此不再有丞相，什么“救时宰相”于谦、“奸相”严嵩、张居正，都不是原来意义上的丞相或宰相，所谓的“崇祯五十宰相”，也不是真宰相。清朝承袭明朝制度，依然没有设宰相。大家耳熟能详的“宰相”刘罗锅，实际也不是宰相，只有宰相之名，而无宰相之实。真的追究起来，这些大臣是连宰相的名也没有的——所谓宰相，不过是内阁大学士或首席大学士。在明清习惯上把所有的大学士都叫宰相，那只是沿袭以前的说法。
朱元璋杀了胡惟庸以后，改变了中国将近两千年的丞相制度。没有了丞相，皇帝的权力增大了，皇帝直接统辖了吏、户、礼、兵、刑、工六部，控制了一切生杀大权。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第三部分练就的残忍（3）
洪武二十八年（1395年），朱元璋敕谕廷臣说：“国家罢丞相，设府、部、院、寺，分理庶务，立法至为详善。以后嗣君，其勿得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑。”
与废除丞相制度同时，朱元璋对掌握国家最高军事权力的机构也加以改组，他下令解散原来的最高军事权力机构大都督府，因为大都督的兵权太大了。他把大都督府划分为中、左、右、前、后五个都督府，即五军都督府，每个都督府都有一个掌握着一定兵权的都督。这样，统领天下兵马的大都督兵权就被瓜分了。每个都督的权力只有原来大都督的五分之一，不足以对皇帝构成威胁。并且五个都督互相制约，互相监督，听命于皇帝，如果一个都督要造反，其他四个将会形成牵制；退一步说，即使有两个或三个都督串联起来要造反，也不太容易。
总之，将这些举动联系起来，都可以看作是朱元璋集中皇帝权力的一个完整过程，朱元璋的改革使得皇帝的位子坐得更稳了。从此，皇帝不再允许自己的权力分散，中国君主宗法制的专制制度被推向了一个新的阶段。
朱元璋对于权力的追求似乎没有止境，因而对于权臣的防范也就没有止境，越到晚年，他的这种心态也就越严重。他感到年老体衰，他要为未来的继承者留下一个安全的世界，措施之一就是再次大开杀戒。
《毛佩琦细解明朝十七帝》 第四部分蓝玉案之谜（1）
蓝玉案，或称“蓝党之狱”，爆发于洪武二十六年（1393年）。
蓝玉也是定远人，本是开国公常遇春的妻弟，在常遇春手下当兵，临敌勇敢，所向披靡，积功至大都督府佥事。后来，他又先后跟随中山王徐达征讨北元残部，跟随西平侯沐英征讨西番，跟随颖川侯傅友德征云南。由于屡立战功，蓝玉被封为永昌侯，而且其女被册封为蜀王妃。蓝玉最著名的军功，是洪武二十年（1387年）作为左副将军随大将军冯胜出塞，降服了北元悍将纳哈出；洪武二十一年（1388年）作为大将军出塞，征讨北元嗣君脱古思帖木儿，一直打到捕鱼儿海（今贝加尔湖），大胜而还，蓝玉因此以军功而晋升为凉国公，他是继中山王徐达、开平王常遇春之后的明军重要将领。
但是，蓝玉因立有军功和受朱元璋的宠爱，渐渐骄傲恣肆，曾经纵容家奴侵占民田。御史对其家奴的不法行为进行质问，他就驱逐御史。蓝玉带兵北征回还，夜半来到喜峰关城下，要求开门，关吏限于制度没有及时开门，他就毁关而入。后来，又有人告发他，说他私自占有元朝皇帝的妃子，致使元妃因羞愧而上吊自杀。在军中，他为所欲为，擅自升降将校。参加西征后，他被升为太傅，而与他同时出征的宋国公冯胜、颖国公傅友德却被封为太子太师，他对此大为不满，整日满腹牢骚。
洪武二十六年（1393年）二月，锦衣卫指挥蒋揭发蓝玉谋反。经审讯，说是蓝玉串通景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东伯何荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋划在朱元璋出宫耕种田时起事。朱元璋当然不能容忍谋反之事，于是，蓝玉被族诛，凡连坐的都称为“蓝党”，一律处死。朱元璋亲手写诏布告天下，并将蓝玉谋反的事实编为《逆臣录》。朱元璋在诏书中说：“蓝贼为乱，谋泄，族诛者万五千人。自今胡党、蓝党概赦不问。”杀了一万五千多人以后，朱元璋似乎还觉得自己已经很宽容了。然而，仅列入《逆臣录》的高官就有一公、十三侯、二伯。经这一次杀戮之后，明初的功勋宿将差不多都被杀完了，各军府卫所被株连诛杀的军官达几万人。这时候，朱元璋还说什么“自今胡党、蓝党概赦不问”，很明显这完全是一句骗人的话，因为此时已经无人可追问了。
如此众多手握重兵的高级将领，为什么会毫无反抗地束手就擒呢？显然，他们没有任何要同朝廷作对的准备，也就是说，他们并没有反谋。与之相反，朱元璋却早为这次杀戮做了精心准备。
虽然朱元璋对权臣的防范由来已久，但蓝玉案爆发还是有一个重要的导火线。蓝玉案爆发前一年，洪武二十五年（1392年），朝中发生了一件大事：四月二十五日，年仅三十九岁的太子朱标死了。皇位继承人的死，对朱元璋的打击太大。他在皇宫东角门召见群臣时说：“朕老矣，太子不幸，遂至于死，命也！”不禁大哭，这时他已经六十五岁了。
按嫡长子继承制，皇位只能由皇太子的长子接任，而朱标的长子早已夭折，这时排行老大的允才十五岁。朱元璋诛杀权臣，本来想要为子孙铲除后患，当年，朱元璋曾对朱标明确表示，铲除权臣如同除掉荆杖上的棘刺，是为了便于掌握，但是他没想到太子朱标会死在自己的前面。
有一则记载说，当初马皇后去世以后，朱元璋一直处于郁郁不乐的状态，戮杀大臣的行为也更加恣意。有一次，太子朱标进谏说：“陛下您杀大臣杀得太多，恐怕会伤了君臣间的和气。”朱元璋听了以后不说话，沉默很久。第二天，朱元璋把太子叫来，将一根荆棘扔在地上，命令太子去捡起来，面对长满刺的棘杖，太子觉得很为难。朱元璋说：“这根荆棘你拿不起来，我替你将刺磨干净了，难道不好吗？现在我所杀的人，都是将来可能威胁到你做皇帝的人，我把他们除了，是在为你造莫大的福啊！”太子跪下来给朱元璋磕头，但心里不同意朱元璋的观点，低头说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”他这是什么意思呢？他这是表明，父亲您似乎不是尧舜那样的明君，否则哪来那么多乱臣贼子？你想，朱元璋听了这话能不生气吗，老皇帝气得搬起坐的椅子就扔了过去，要砸太子，太子吓得赶忙逃走。
朱元璋把一切都设计得很美妙，但是惟一没设计到或者说他控制不了的因素就是，朱标早逝，死在了他的前面——朱元璋把荆棘上的刺磨得再干净，一旦后继乏人